顧祝同去臺(tái)之初，除了“參謀總長(zhǎng)”與“陸軍總司令”外，開始還代理“國防部長(zhǎng)”一職。1950年3月，蔣介石重新當(dāng)上“大總統(tǒng)”，陳誠任“行政院長(zhǎng)”。顧祝同的代理“國防部長(zhǎng)”、“參謀總長(zhǎng)”及“陸軍總司令”的職務(wù)，分別由郭寄嶠、周至柔和孫立人接替。

顧祝同在大陸任參謀總長(zhǎng)與陸軍總司令期間，國民黨軍屢戰(zhàn)屢敗，從軍事上講，顧是要負(fù)一定責(zé)任的。所以到臺(tái)灣后，有人提出要彈劾顧祝同。因?yàn)?，顧祝同在國民黨內(nèi)的人緣不錯(cuò)，再加上有老蔣的保護(hù)，所以，顧祝同在交出所有軍務(wù)實(shí)權(quán)外，并沒有再受什么處分。

顧祝同被免職后，心情很不好。他成天郁郁寡歡，把自己關(guān)在家里，說是要好好思過。蔣介石知道后，打電話來安慰他，要他到外邊去走走，不要太難為自己。從那以后，顧祝同的心情慢慢好起來。他偶爾到過去下屬或者朋友那里坐坐，聊聊天。遇到天氣好，就到臺(tái)北附近有名的風(fēng)光名勝處看看。

沒過多久，顧祝同出任“總統(tǒng)府戰(zhàn)略顧問委員會(huì)副主任”，“總統(tǒng)府資政”、“國策顧問”等職。這些都是些只拿錢不干事的虛職。

1954年7月，顧祝同晉升為“陸軍一級(jí)上將”。1959年6月，顧祝同重新被任命為“國防會(huì)議秘書長(zhǎng)”。

“國防會(huì)議”為國民黨的最高決策機(jī)構(gòu)，由主要黨政軍機(jī)關(guān)的首腦組成，蔣介石親自主持，國民黨的一些重大決策，都是出此會(huì)議。顧祝同在“國防會(huì)議”當(dāng)了八年的秘書長(zhǎng)，足以說明蔣介石對(duì)他的重視與贊賞。這一點(diǎn)，顧祝同與其他去臺(tái)國民黨高官的命運(yùn)是不一樣的。

1967年2月，“國防會(huì)議”改組為“國家安全會(huì)議”，顧祝同辭去“秘書長(zhǎng)”職，再任“戰(zhàn)略顧問委員會(huì)副主任”。

1972年，81歲的顧祝同任“總統(tǒng)府戰(zhàn)略顧問”。四年后，又當(dāng)上了“中央評(píng)議委員會(huì)主席團(tuán)主席”。

1973年5月，82歲的顧祝同與何應(yīng)欽一起參觀訪問了金門與澎湖諸島。顧祝同在金門時(shí)，特地參觀了炮兵工事，他看得非常認(rèn)真仔細(xì)，直夸工事整修得堅(jiān)固。

那天天氣很好，他舉著高倍望遠(yuǎn)鏡，對(duì)著大陸方向，凝視了足有十幾分鐘，剛才還談笑風(fēng)生的顧祝同，一下子變得沉默寡語。人們?cè)谝慌哉局?，也不敢打攪他?/p>

顧祝同在想什么呢？是想他的故鄉(xiāng)江蘇漣水縣的顧家莊？還是回憶他留在大陸的親朋好友？

從炮兵陣地出來，顧祝同與何應(yīng)欽一起談?wù)撛诖箨懙耐?，談起?925年的那場(chǎng)棉湖之戰(zhàn)。何應(yīng)欽拉著顧祝同的手對(duì)別人說：“我的命可是顧上將撿來的，當(dāng)時(shí)要不是他帶人沖得快，再晚半個(gè)小時(shí)，我就有可能去見閻王爺了。”

顧祝同說：“老長(zhǎng)官，那不是我有功，是你的命大，老天爺不收你。”

顧祝同為人圓滑，工于心計(jì)，他沒有表現(xiàn)欲，干什么事不顯山露水，但頗有主見，這一點(diǎn)深得蔣介石贊賞。中原大戰(zhàn)后，顧祝同青云直上，被蔣介石任命為國民政府警衛(wèi)軍軍長(zhǎng)、第二軍團(tuán)總指揮、江蘇省政府主席、國民黨中央執(zhí)行委員。

爬到這樣的高位，從投靠蔣介石當(dāng)上上尉副官算起，顧祝同只用了10年時(shí)間。后來，顧祝同被任命為湘、鄂、贛、粵、閩五省“剿匪”總司令，指揮部隊(duì)進(jìn)攻工農(nóng)紅軍和革命蘇區(qū)。因“圍剿”紅軍有功，顧晉升為陸軍二級(jí)上將。

抗日戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)，顧祝同擔(dān)任第三戰(zhàn)區(qū)司令長(zhǎng)官，兼江蘇省政府主席。1938年1月，中國共產(chǎn)黨領(lǐng)導(dǎo)的新四軍在南昌成立，編入第三戰(zhàn)區(qū)，直屬顧祝同長(zhǎng)官部領(lǐng)導(dǎo)。

第三戰(zhàn)區(qū)處在日軍三面包圍中作戰(zhàn)，顧祝同提出了穩(wěn)定內(nèi)部、持久防御、保存實(shí)力的作戰(zhàn)方針。1940年初，日軍將進(jìn)攻重點(diǎn)轉(zhuǎn)向華北后，蔣介石掀起了第二次反共高潮，震驚中外的“皖南事變”，就是在這個(gè)時(shí)候爆發(fā)的，顧祝同留下最大污點(diǎn)。

日本投降后，國民黨的百萬大軍此時(shí)都布防在大后方，遠(yuǎn)離大城市和經(jīng)濟(jì)富庶的地區(qū)。而顧祝同的第三戰(zhàn)區(qū)部隊(duì)卻在華東一帶，南京、上海周圍。他得天時(shí)、地利、人和之便，按照蔣介石的命令，率先帶領(lǐng)部隊(duì)進(jìn)入了寧滬杭。后來，他的部隊(duì)就一直駐扎在這一帶。

全國內(nèi)戰(zhàn)爆發(fā)后，國民黨軍向各解放區(qū)發(fā)起了全面進(jìn)攻，顧祝同先兼任鄭州綏靖公署主任，負(fù)責(zé)指揮中原作戰(zhàn)失敗，后任參謀總長(zhǎng)。

1950年1月，蔣介石從臺(tái)北打來電話，要顧祝同飛臺(tái)北。顧祝同飛抵臺(tái)北后，蔣介石交待他，馬上去云南的蒙自，部署建立“滇西游擊基地”，同時(shí)將那里的主力部隊(duì)搶運(yùn)到臺(tái)灣。顧祝同這次去蒙自執(zhí)行蔣介石的這一命令時(shí)，卻差點(diǎn)被解放軍俘虜。

1987年1月17日，顧祝同在臺(tái)北去世，終年95歲。