1950年3月1日晚，吳石在家中被保密局的人帶走，走前他對女兒學(xué)成小聲說了幾句話，學(xué)成哭喊著拉住吳石，抑制住自己的情緒說：“別怕，爸爸去了，媽媽就會回來的。你在家里帶好弟弟，好好念書啊！”

因為前一晚，吳石的太太王碧奎已被保密局的人先一步帶走問話了，在谷正文的誘騙中，她說出了朱楓的名字。

吳石被帶上了一輛黑色的轎車，保密局的人開始對吳公館查抄，只搜出了黃金10兩，此外就只有字帖書籍了，讓保密局的人都不好意思拿走這10兩黃金，說就留給學(xué)成姐弟倆過日子吧。

保密局在吳公館監(jiān)視居住了一個星期，學(xué)成健成姐弟倆從家中趕走，幸得被同族吳蔭先收留。

吳石

五天后，吳石從看守所被關(guān)到了只有五平米大小的監(jiān)獄五號房，23天后又轉(zhuǎn)移到了有13人的三號房，因人數(shù)過多，吳石的血壓猛增危及性命，于是將房中人數(shù)減到8人。

吳石被關(guān)押的時間，審訊工作不斷，葉翔之負責(zé)主審，也經(jīng)常被帶出去用刑，然后折磨得全身紅腫被丟回來，一只眼睛被打瞎。

平日里，吳石就盤腿坐在地上看《中國文學(xué)史》、《中國史綱》、《世界史綱》，幾乎不說話，不看書時就躺著。

在被關(guān)押的3個月零11天的時間里，吳石便一直在斷斷續(xù)續(xù)地寫遺書，他用行草寫下了兩千多字，藏在了《元趙文敏九歌書畫冊》的背面，寫的是他57年的人生經(jīng)歷，以及交代后事。

“我家累世寒儒，讀書為善，……余年廿九，方與碧奎結(jié)婚，……卅年夫婦，極見和睦。此次累及碧奎，無辜亦陷羈縲紲，余誠有負渠矣。
余惟一資財全在書籍?！麅狠咉w會余一生清廉，應(yīng)知自立為善人，謹守吾家清廉儉家風(fēng)，則吾意足矣。

1950年6月10日下午4點，特別軍事法庭開庭審理吳石等人案，蔣鼎文上將任審判長，韓德勤中將、劉詠堯中將等任審判官，短短10分鐘時間，就宣布了吳石、朱楓、陳寶倉、聶曦四人死刑，然后立馬押赴馬場町刑場。

下午4：30，兩聲槍響，穿透了吳石將軍的胸腔，同時還有45歲的朱楓、50歲的陳寶倉、33歲的聶曦，都倒在了這片空曠而荒涼的河灘上。

兩個月后，吳石將軍的另一位副官，27歲的王正均和31歲的作戰(zhàn)參謀林志森，慷慨赴死。

吳石在遺書中，還提及了他和妻子王碧奎總共生下的七個孩子的狀況：

大兒子吳美成，在讀武漢大學(xué)期間，1946年從郵輪返回南京途中遭遇火災(zāi)生死未卜；

二兒子吳展成，出生兩個月就夭折了；

三兒子吳韶成就讀于南京中央大學(xué)經(jīng)濟系；

四兒子在抗戰(zhàn)期間患腦膜炎，死于桂林；

五兒子也在抗戰(zhàn)期間患肺炎，死于貴陽；

大女兒吳蘭成畢業(yè)于上海醫(yī)學(xué)院；

小女兒吳學(xué)成在臺北讀中學(xué)；

小兒子吳健成才6歲，也是他最喜愛，也最放心不下的。

而令吳石就義前最放心不下的小兒吳健成，最終從臺大畢業(yè)后于1980年去了美國留學(xué)并定居，并把母親和姐姐學(xué)成都接去了美國團聚。

大女兒吳蘭成支援邊疆建設(shè)25年，在黑龍江的牙克石林業(yè)中心醫(yī)院做兒科醫(yī)生，1991年榮獲了北京五一勞動模范的稱號，享受國務(wù)院頒發(fā)的特殊津貼。

王碧奎在獄中被關(guān)押了9個多月，患上了嚴重的關(guān)節(jié)炎。

1983年王碧奎一家在美團聚照

1976年，上海地下民聯(lián)負責(zé)人吳藝五臨終前，還記掛著吳石，他說：“我們民聯(lián)還有一個人在臺灣，現(xiàn)在還絕對保密的，這個人叫吳石，1949年去臺灣……我們不能忘記他！”

而他不知道，吳石已在26年前就犧牲了。

吳石犧牲時，王碧奎還在被關(guān)押中，替吳石將軍領(lǐng)回遺骨的，就是收留學(xué)成健成的吳蔭先，將遺骨暫存于臺北郊外的寺廟中，40年后，吳石將軍的遺骨終于回到了大陸，1994年與夫人王碧奎合葬于北京香山公墓。