大業(yè)十三年（617年），劉武周在馬邑（今山西朔州）起兵，被突厥冊(cè)封為定楊可汗，成為突厥的附屬國。劉武周稱帝后，遂任命在馬邑（今山西朔州）素有威望的苑君璋為內(nèi)史令，負(fù)責(zé)內(nèi)政事務(wù)。武德三年（620年），劉武周決定趁唐軍主力圍攻洛陽，晉陽（今山西太原）防務(wù)空虛之際，南下攻唐。

苑君璋勸諫劉武周，大唐的實(shí)力強(qiáng)悍，不要擅自起兵，劉武周不聽苑君璋的勸諫，執(zhí)意南征，并讓苑君璋留守朔州供應(yīng)大軍軍需糧秣。起初，劉武周勢(shì)如破竹，接連大敗唐軍，并州總管、齊王李元吉更是直接放棄晉陽“跑路”，河?xùn)|（今山西）州縣紛紛歸附劉武周，大唐的龍興之地幾乎全面失陷。

不久后，唐高祖李淵緊急命令秦王李世民節(jié)制所有唐軍主力討伐劉武周，李世民大破劉武周，劉武周率少數(shù)殘部逃回朔州，不久又逃到草原，苑君璋跟從之。劉武周在草原依舊不安分，暗中謀劃再次逃回馬邑，不料被突厥發(fā)覺，突厥處羅可汗派人處死劉武周，并將劉武周舊部交給苑君璋統(tǒng)率，又由郁射設(shè)（處羅可汗之子）就近監(jiān)視，苑君璋被完全綁上了突厥的戰(zhàn)車。

此時(shí)的苑君璋接管了劉武周生前的舊部和晉北若干州縣，成為突厥進(jìn)攻中原的中轉(zhuǎn)站和基地，此后，突厥歷次入侵大唐，苑君璋不對(duì)不跟從配合。武德四年（621年），代州（今山西代縣）總管李大恩擊敗苑君璋。武德五年（622年）三月，東突厥頡利可汗攜高開道、苑君璋往攻雁門一個(gè)多月，戰(zhàn)不利，退軍。武德六年（623年）五月，苑君璋與劉武周舊將高滿政夜襲代州（今山西代縣），不利。李淵派人勸說高滿政、苑君璋歸降大唐，以往的事情既往不咎。苑君璋不從，高滿政則殺死苑君璋的兒子以及200多名突厥監(jiān)軍，“反正歸唐”。武德六年（623年）十月，苑君璋帶領(lǐng)突厥兵攻陷馬邑，斬殺高滿政及其黨羽，算是為自己的兒子報(bào)了仇。

彼時(shí)，大唐日益強(qiáng)盛，而苑君璋的部下多是中原人，多有歸唐之意，苑君璋也派人到長(zhǎng)安與大唐談判，許諾為大唐防守北部邊疆以贖罪，李淵應(yīng)諾并派遣雁門人元普送給他丹書鐵券。但因?yàn)轭R利可汗監(jiān)視的非常嚴(yán)密，苑君璋不敢倉促起事，并拘捕元普，以換取頡利可汗的信任。

武德九年（626年）八月，李淵禪位給李世民，大唐進(jìn)入李世民時(shí)代。苑君璋素來畏懼李世民，再加上當(dāng)時(shí)突厥政事混亂，苑君璋知突厥汗國早晚不是大唐的對(duì)手。因此，苑君璋于貞觀元年（627年）五月率部舉馬邑等地歸降大唐，大唐得以兵不血刃統(tǒng)一晉北地區(qū)。苑君璋也成為李世民執(zhí)政以來第一件大喜事，可謂貞觀朝的“開門紅”，為此，李世民大方地冊(cè)封苑君璋為安州都督、芮國公，食邑五百戶，可謂優(yōu)渥之至。