1938年11月，上級將115師343旅685團(tuán)改編為蘇魯豫支隊(duì)，開辟湖西抗日根據(jù)地，任命彭明治為支隊(duì)長，吳為政委，副支隊(duì)長梁興初，政治部主任王鳳鳴。

湖西是微山湖以西，主要發(fā)展蘇魯豫一帶根據(jù)地。

部隊(duì)在蘇魯豫一帶打仗，部隊(duì)發(fā)展很快。根據(jù)形勢發(fā)展，陳光代師長同意派部隊(duì)到皖東北發(fā)展，政委表示要帶部隊(duì)去，支隊(duì)長認(rèn)為不妥，但代師長表示同意。就這樣，支隊(duì)分兩路發(fā)展。

就在政委率領(lǐng)部隊(duì)進(jìn)入皖東北后，張愛萍也在這里搞統(tǒng)戰(zhàn)工作，希望把這里抗日武裝力量統(tǒng)一起來，但張愛萍基本上是獨(dú)自去皖東北，吳帶領(lǐng)的隊(duì)伍給予很大支持。

也就是在這時(shí)期，湖西發(fā)生審查干部情況，不少干部受到影響，就連支隊(duì)副支隊(duì)長兼大隊(duì)長梁興初差點(diǎn)遭到不測。多虧羅政委及時(shí)趕到才阻止情況的發(fā)生，否則不堪設(shè)想。

當(dāng)時(shí)，吳在皖東北，雖然作為支隊(duì)政委表示并不知情，也沒有人向他匯報(bào)，上級雖然沒有怪他意思。但對他去皖東北提出批評，認(rèn)為他是部隊(duì)的政治主官，離開部隊(duì)思想工作怎么辦？

1940年2月，讓吳沒想到的是上級突然把115師保衛(wèi)部部長朱滌新調(diào)來，問身邊的彭明治對方來干什么，彭告訴他朱滌新來當(dāng)政委，你曾對上級表示過，不愿當(dāng)政委，愿當(dāng)政治部主任，所以根據(jù)你的要求決定的。

為何把他從政委改為政治部主任呢？真是因?yàn)閰窃?jīng)說過這番話嗎？湖西發(fā)生的問題影響很大，威信受到損害。上級說：“你是蘇魯豫支隊(duì)的政委你離開大部分主力部隊(duì)，單獨(dú)帶一支部隊(duì)出去活動(dòng)，這樣做行嗎?”言外之意，他雖然不知情，但作為政委離開主力，使得事情沒有及時(shí)處理，反而影響很大，要不要承擔(dān)領(lǐng)導(dǎo)責(zé)任呢。

當(dāng)吳得知自己降職了，心有不愿，自己過去卻是說過這樣的話，認(rèn)為當(dāng)政委不容易，擔(dān)子重，但最后當(dāng)政委后工作開展的也算順利。如今把自己降職，給上級發(fā)電報(bào)要求調(diào)動(dòng)工作，甚至詢問上級：突然把自己降職，這是為什么，語氣很沖，很不冷靜?？蓪Ψ?jīng)]有回電報(bào)。

后來，他又發(fā)第二份電報(bào)，再次重申要求離開蘇魯豫支隊(duì)，自己覺得有什么問題一樣，可組織又沒找他談話，不知道為何這樣變動(dòng)。結(jié)果上級依然沒有回電。沒辦法，只能繼續(xù)留在支隊(duì)工作。新政委團(tuán)結(jié)他，對方也是奉命上任，也不能怪在人家頭上。

不過，他對上級的處理是有點(diǎn)意見，事先不找自己談一談，讓自己很被動(dòng)。

后來，黃克誠等部都來到皖東北，上級黃統(tǒng)一皖東北互不隸屬都武裝，成立八路軍5縱，蘇魯豫支隊(duì)改編為1支隊(duì)，支隊(duì)長彭明治，政委朱滌新，副支隊(duì)長田維揚(yáng)，吳仍為政治部主任。后來，吳提拔為5縱政治部主任，皖南事變后，5縱改編為新四軍3師，1支隊(duì)改編為7旅，吳擔(dān)任3師政治部主任。