同月，慈安太后、慈禧太后聯(lián)合恭親王奕?發(fā)動“辛酉政變”，處置了“顧命八大臣”，奪取了最高政權。咸豐十一年（1861年）十一月，同治帝奉兩宮皇太后前往養(yǎng)心殿，舉行垂簾聽政大典。奕?任議政王、軍機大臣，管理總理各國事務衙門事務，集內(nèi)政外交大權于一身，成為統(tǒng)治集團的核心人物。此后，持續(xù)二十年的“二宮垂簾，親王議政”的格局正式形成。在此期間，清政府暫時進入平靜時期，史稱“同治中興”。

慈禧太后隨著地位的穩(wěn)固，她和奕?之間爭奪權奪利的矛盾日益尖銳。同治四年（1865年）發(fā)生了“蔡壽祺事件”，慈禧太后趁機免去奕?的議政王一職，奕?的權力被大大地削弱。同治八年（1869年）七月，慈禧太后的心腹太監(jiān)安德海違反祖制，擅出宮禁，在未攜帶任何公文的情況下借機斂財。山東巡撫丁寶楨將安德海一行扣留，急速派人至京師請旨。慈禧太后聞訊之下，惶駭無措。慈安太后召奕?等人議之，決定將安德海就地誅殺。慈禧太后對慈安太后與奕?的處置舉措深為不滿，兩宮太后之間因此芥蒂日深。

同治十一年（1872年）秋，同治帝已十七歲，理應冊立皇后。在皇后人選的問題上，慈安太后傾向于戶部尚書崇綺之女，慈禧太后則執(zhí)意立員外郎鳳秀之女，同治帝同意慈安太后的意見，立崇綺之女阿魯特氏為皇后，選鳳秀之女沙濟富察氏為慧妃。親生兒子不聽自己的話，而聽命慈安太后，慈禧太后十分生氣。因此在同治帝婚后反復告誡，并命太監(jiān)對皇帝的行蹤予以監(jiān)視。這種粗暴干預，同治帝非常苦惱，使得他日益疏遠慈禧太后。

同治十三年（1874年）十一月，同治帝染病，御醫(yī)診斷為天花。在慈禧太后的授意下，所有內(nèi)外各衙門陳奏事件，由她批覽裁定。十二月初五日，同治帝病逝。慈安太后、慈禧太后選擇醇親王奕譞之子載湉（慈禧太后妹妹的兒子）繼位，為光緒帝，再度垂簾訓政。光緒七年（1881年）三月，慈安太后病逝。從此，慈禧太后總攬統(tǒng)治大權達三十年。

光緒十五年（1889年）二月，慈禧太后撤簾歸政。朝內(nèi)一切用人行政，仍出慈禧太后之手。因甲午戰(zhàn)爭大敗，光緒二十四年（1898年）四月，光緒帝發(fā)出“明定國是”的上諭，開展運動。八月初四日，慈禧太后令人將光緒帝送往瀛臺。從此，光緒帝失去了人身自由。初六日，慈禧太后發(fā)布上諭，由自己再行訓政。

光緒九年（1883年）十二月，中法戰(zhàn)爭爆發(fā)。戰(zhàn)爭期間，清軍接連受挫。次年三月，慈禧太后以奕?“因循委靡，決難振作”為借口，免去他的一切職務，撤去恩加雙俸，史稱“甲申易樞”。光緒十一年（1885年）二月，清軍大敗法軍于鎮(zhèn)南關（今友誼關）。慈禧太后決意趁機求和，下令撤軍，簽訂了《中法新約》。

光緒十一年（1885年）九月，清廷成立海軍衙門，以醇親王奕譞總理海軍事務。稟承慈禧太后的意旨，以辦海軍的名義，修葺被英法聯(lián)軍焚毀的清漪園，后改名頤和園。隨著光緒帝長大成人，慈禧太后的權力受到威脅。光緒十四年（1888年）十月，她擅自將胞弟桂祥之女靜芬，指立為光緒帝的皇后。侍郎長敘的兩個女兒同時入選，封為瑾嬪，珍嬪。次年正月，大婚禮成。為對慈禧太后包辦婚事的抗爭，光緒帝藉口有病，撤銷了宴請那拉氏家族的盛會。母子不和導致了夫妻反目，困擾晚清宮廷的帝后黨爭，已種下了根苗。

光緒二十年（1894年）六月，中日甲午戰(zhàn)爭爆發(fā)，北洋海軍全軍覆沒，被迫簽訂了喪權辱國的《馬關條約》。光緒二十三年（1897年）十月，德國出兵強占膠州灣，俄國強行租借旅順大連灣，其他列強也紛紛要求割地。征得慈禧太后同意后，光緒二十四年（1898年）四月，光緒帝發(fā)布了《明定國是詔》，以變法自強。因變法損害了以慈禧太后為首的守舊派利益而遭到抵制。九月，慈禧太后發(fā)動戊戌政變，光緒帝被囚，變法失敗。

光緒二十六年（1900年）春，以英國為首的八國聯(lián)軍發(fā)動侵華戰(zhàn)爭。十二月，慈禧太后表示要“量中華之物力，結與國之歡心，簽訂了喪權辱國的《辛丑條約》。條約規(guī)定賠款白銀4.5億兩，割讓臺灣，允許外國軍隊駐扎京津要地，中國自此徹底淪為半殖民地半封建社會。期間，俄軍占領中國東北并脅迫簽訂《奉天交地暫且章程》，掠奪資源。