光緒十二年（1886年），馬占鰲病逝，花寺門宦內部的權力平衡徹底被打破，積壓多年的矛盾全面激化。

馬永瑞的兒子馬如彪從麥加朝覲歸來后，結合海外宗教見聞，提出對花寺門宦進行宗教改革。簡化繁瑣的宗教儀式，調整部分教規(guī)教義，摒棄不符合時代發(fā)展的傳統(tǒng)習俗，這一改革主張得到部分年輕信眾的支持，被稱為新派。

而以馬永琳為代表的保守勢力，堅決反對任何形式的改革，主張嚴格堅守祖輩傳承的傳統(tǒng)教義與儀式，拒絕做出任何改變，這一派被稱為老派。

新老兩派的對立，從最初的教義爭論，快速升級為村落之間的武裝械斗。循化、河州作為花寺門宦的核心傳播區(qū)域，首當其沖成為沖突焦點。

兩派信眾以宗族、村落為單位，互相攻擊、焚燒房屋、搶奪財物，小規(guī)模沖突持續(xù)不斷，無辜群眾死傷頻發(fā)。

當地百姓深受其害，原本和睦的鄰里關系、民族關系，因教派紛爭變得緊張對立，河湟地區(qū)的社會秩序陷入混亂。

清代面對民間教派紛爭，地方官員通常深入調查矛盾根源，居中調解、安撫雙方，通過公平處置化解沖突，防止事態(tài)擴大。但當時主政西北的陜甘總督楊昌浚、西寧道臺陳嘉績等官員，昏聵無能、顢頇行事，既不了解伊斯蘭教門宦的內部結構，也不重視民眾的合理訴求，一味采取“高壓鎮(zhèn)壓、以殺止爭”的粗暴手段，最終將教派矛盾激化。

光緒二十一年（1895年）二月，陳嘉績奉命前往循化查辦新老教派械斗事件。循化當地的回族、撒拉族信眾聽聞官府派員前來，紛紛焚香跪地、攔道迎接，滿心期待官府能夠公正裁決，平息持續(xù)已久的紛爭。

然而陳嘉績入城之后，未做任何調查取證，不分新派老派、是非曲直，直接下令關閉城門，抓捕11名普通回族、撒拉族群眾，當場斬首示眾，妄圖用血腥手段震懾民眾。面對群眾的質疑與抗議，陳嘉績又下令士兵開槍驅散，造成無辜群眾傷亡。

這種不分青紅皂白、濫殺無辜的處置方式，徹底擊碎了民眾對官府的信任，原本局限于宗教內部的教派矛盾，瞬間轉化為對清朝腐朽統(tǒng)治的強烈反抗。被激怒的群眾放下教派分歧，團結一致對抗官府。

光緒二十一年（1895年）五月，循化各族群眾拿起刀槍、農具，圍攻循化廳城，河湟事變爆發(fā)。

事變爆發(fā)后，反抗浪潮迅速席卷河湟全境。河州、西寧、大通、巴燕戎格、門源等地的各族群眾紛紛響應，數萬民眾加入反抗隊伍，形成以回族、撒拉族為核心，涵蓋多個民族的反清力量。

這些反抗群眾大多是飽受壓迫的農民、手工業(yè)者，因不堪清廷的苛捐雜稅與民族壓迫，揭竿而起，迅速攻占清軍據點、摧毀地方政權，河湟地區(qū)全面失控。

此時的清朝軍隊，歷經鴉片戰(zhàn)爭、太平天國運動后，早已軍備廢弛、軍紀渙散，西北駐軍更是缺乏訓練、裝備落后，將領貪生怕死、指揮無能，面對群眾的反抗，幾乎一觸即潰。

固原提督雷正官率軍駐守河州，被反抗群眾圍困半年之久，城內糧草斷絕、軍心渙散，只能坐以待斃。甘肅提督李培榮率部馳援西寧，途中遭遇反抗隊伍阻擊，兩個月內寸步難行，多次求援無果。河州鎮(zhèn)總兵湯彥和率領八個營的兵力增援循化，在杉木莊遭遇伏擊，全軍覆沒，湯彥和僅帶幾名親信倉皇逃往岷州。涼州鎮(zhèn)總兵劉璞在窯街作戰(zhàn)失利，所部傷亡兩百余人，軍械物資全部丟失。新疆駐軍統(tǒng)領蘇貴興率部增援巴燕戎格，同樣遭遇慘敗，兩百余名士兵陣亡。

短短兩個月時間，河湟地區(qū)的清軍據點幾乎全部失守，西寧東關、南北川、大通等戰(zhàn)略要地均被反抗隊伍控制，清廷在西北的統(tǒng)治搖搖欲墜。消息傳至北京，清廷朝野震動，隨即下令改組西北軍政體系，嚴厲處置失職官員。

光緒二十一年（1895年）七月，清廷下旨將陜甘總督楊昌浚、固原提督雷正官革職查辦，罷免多名失職將領，調任新疆巡撫陶模署理陜甘總督，同時急調喀什噶爾提督董福祥率領精銳部隊入甘平叛。

董福祥抵達西北后，迅速制定“先剿后撫、步步緊逼、分化瓦解”的平叛策略。他首先率部搶渡洮河，攻克軍事要地太子寺，打開進軍河州的通道，隨后集中兵力，對河州反抗隊伍發(fā)起總攻。河州反抗隊伍因缺乏統(tǒng)一指揮、裝備落后，難以抵擋清軍正規(guī)部隊的進攻，很快潰敗。

光緒二十一年（1895年）十月，董福祥兵不血刃收復河州城，將起事首領馬永琳父子逮捕斬首，以儆效尤，河州地區(qū)的反抗斗爭率先被平息。

平定河州后，董福祥馬不停蹄，率領主力部隊西進西寧，與陜西巡撫魏光燾所部匯合，集中兵力清剿西寧周邊的反抗隊伍。此時西寧地區(qū)的反抗力量，雖仍在堅守，但已失去統(tǒng)一指揮，各支隊伍各自為戰(zhàn)，無法形成有效抵抗，在清軍的猛烈進攻下，接連丟失據點。

光緒二十二年（1896年）正月，清軍先后攻克西寧東關、北川蘇家堡兩大核心據點，反抗隊伍的主力部隊被徹底擊潰。至此，持續(xù)近兩年的河湟事變，基本被清廷鎮(zhèn)壓。

大部分參與反抗的群眾，在清軍的軍事壓力與政治招撫下，放下武器投降，接受官府安置，少數負隅頑抗的骨干成員，被清軍鎮(zhèn)壓處決。

在清軍的清剿過程中，有兩支隊伍拒絕投降。一支是劉四伏率領的蘇家堡余部，這支隊伍以西寧北川蘇家堡、西川多巴的群眾為基礎，匯合上五莊等地民眾，總人數達七八萬人，是河湟事變中規(guī)模最大的余部力量。另一支是冶八個率領的永安營余部，以大通永安營的反抗群眾為基礎，人數雖少，但作戰(zhàn)意志堅定，戰(zhàn)斗力較強。

兩支隊伍參照同治年間陜甘回變首領白彥虎的突圍路線。他們翻越祁連山，經玉門、敦煌等地，一路向西進入新疆，尋找遠離清廷統(tǒng)治的安身之地。

光緒二十二年（1896年）二月，劉四伏、冶八個分別率領隊伍，從西寧水峽口、大通野牛溝分路突圍，踏上了橫跨千里、九死一生的西遷之路。

河湟事變從光緒二十一年（1895年）五月爆發(fā)，到光緒二十二年（1896年）正月基本平息，持續(xù)時間近一年，戰(zhàn)火席卷青海、甘肅十余州縣，造成大量人員傷亡與財產損失，無數村落、城鎮(zhèn)被戰(zhàn)火摧毀，農業(yè)生產、商業(yè)貿易陷入停滯，河湟地區(qū)的社會經濟遭受毀滅性打擊。