西北回民反清運動平息后，時任陜甘總督的左宗棠主導(dǎo)善后事宜，他認為回民動亂的根源在于“聚居則易生事，勾結(jié)則難控制”，因此定下了“回民則近城非所宜、近漢莊非所宜、并聚一處非所宜”的三不準原則。

主要就是通過強制遷徙，將回民從富庶的平原、交通要道遷出，分散安置在偏遠、貧瘠且彼此隔絕的區(qū)域，徹底瓦解其族群凝聚力。

同治九年（1870年），金積堡被清軍攻破，馬化龍被俘處死，其部下及家屬成為首批遷徙對象。

根據(jù)左宗棠的命令，金積堡及周邊的回民“一律遷出，不準留居原地”。

此次遷徙涉及人數(shù)達一萬余人，包括回軍余部、家屬及當?shù)仄胀ɑ孛?，分為多個批次押解。

第一批遷徙的是回軍骨干及家屬，約三千余人，被押往平?jīng)龈A亭縣的化平川。

化平川是一片荒無人煙的灘涂，土地貧瘠，水源稀少，此前從未有人開墾。

回民到達后，被要求“按戶分撥土地，每戶給荒地數(shù)十畝”，官府僅發(fā)放少量種子和耕牛，讓他們自行開墾。

為了防止逃跑，清軍在化平川周邊設(shè)置了哨所，派官兵駐守，回民未經(jīng)允許不得離開區(qū)域半步。

第二批遷徙的是金積堡的老弱婦孺，約七千余人，被解赴固原州附城數(shù)十里的荒地安插。

這些回民大多缺乏勞動能力，遷徙途中病餓而死者不計其數(shù)。據(jù)記載，從金積堡到固原的路程僅三百余里，卻走了整整一個月，沿途有近千人因饑餓、疾病倒下，尸體被隨意丟棄在路邊。

到達安置地后，他們發(fā)現(xiàn)所謂的“荒地”多是鹽堿地，根本無法耕種，只能租種附近漢族地主的土地，繳納高額地租為生。

金積堡原本是寧夏南部的富庶之地，回民聚居于此數(shù)百年，形成了完善的農(nóng)業(yè)和商業(yè)體系。

回民遷徙之后，清廷將金積堡的土地全部沒收，分給前來屯田的漢族移民和鎮(zhèn)壓的清軍官兵，昔日的回民聚居區(qū)徹底變成漢民聚居地，至今寧夏吳忠、青銅峽一帶的民族分布，仍受此次遷徙影響。

同治十一年（1872年）馬占鰲降清后，左宗棠對河州的回民采取了“區(qū)別對待”的遷徙策略：甘回（本地回民）大多留在河州周邊，但需遷往偏遠鄉(xiāng)村。

陜回（從陜西逃至河州的回民軍）則必須全部遷出河州，前往平?jīng)?、會寧、靜寧等地安置。

此次遷徙的陜回共有六千余人，分為六個批次，每批次由清軍押解，路線各不相同，目的就是防止他們途中聯(lián)絡(luò)。

張代雨率領(lǐng)的二百九十一名陜回被遷往平?jīng)龅膹埣仪f、曹家莊；

拜崇花率領(lǐng)的五百三十七名陜回被遷往會寧的姚王家、曲家口。

這些安置地彼此相隔數(shù)十里，且都遠離城鎮(zhèn)和漢民聚居區(qū)，形成了“各居一隅、互不相連”的分布格局。

為了確保“隔離”效果，左宗棠特意下令，陜回安置地與甘回安置地之間必須保持至少二十里的距離，不準相互往來。

同時，嚴禁陜回返回陜西原籍，凡私自返回者，按“通匪”論處。許多陜回原本是陜西渭南、大荔等地的農(nóng)民，起義失敗后逃至河州，如今又被強制遷往甘肅中部的荒灘，一生歷經(jīng)三次遷徙，家園屢失，顛沛流離。

同治十二年（1873年），西寧被清軍攻破，回軍余部及家屬一萬余人成為遷徙對象。與其他地區(qū)不同，西寧的遷徙回民多為陜回，他們是從陜西逃至西寧的回軍殘部，由崔偉、禹得彥等率領(lǐng)。

左宗棠對西寧回民的安置策略是“化整為零”，將一萬余名回民分為十余個小批次，分別遷往平?jīng)?、秦安、華亭、清水等地。

每個批次的人數(shù)不超過一千人，且安置地必須選擇在荒山上，遠離交通要道。

例如，崔偉率領(lǐng)的兩千余名陜回被遷往平?jīng)龅拇蟛頊?，這里是一片深山溝谷，僅有一條小路與外界相通，清軍在路口設(shè)置關(guān)卡，嚴格控制出入。

遷徙途中，清軍對回民的管控極為嚴格，要求“每日行程不得超過三十里，宿營時需集中駐扎，由官兵看守”。

這些幸存者成為最后一批遷徙對象，被解往蘭州，分別安插在平番（今永登）、皋蘭、金縣（今榆中）等地。

肅州的回民遷徙規(guī)模雖小，但管控更為嚴格。

由于肅州回民反清堅持時間最長，清廷對當?shù)鼗孛竦牟录筛?，?guī)定“每戶回民需由一名漢族保長擔保，若有異動，保長連坐”。

安置地多為偏遠鄉(xiāng)村，回民被要求“編入漢民保甲，與漢民雜居”，但實際上漢民對回民多有排斥，兩者仍處于隔絕狀態(tài)。

清廷在回民安置地全面推行保甲制，規(guī)定“十戶為一牌，十牌為一甲，十甲為一?！?，每個牌設(shè)牌頭，每個甲設(shè)甲長，每個保設(shè)保正，全部由官府挑選的“恭順回民”或漢族地主擔任。

保甲長的主要職責是監(jiān)控回民的言行，“每日登記出入人數(shù)，每月上報有無異動，每年出具甘結(jié)，保證轄區(qū)內(nèi)無新教活動、無勾結(jié)行為”。

如果轄區(qū)內(nèi)出現(xiàn)回民聚集、私藏武器、傳播新教等情況，保甲長將被杖責八十，情節(jié)嚴重者流放邊疆。

為了避免連坐，保甲長對回民的監(jiān)控極為嚴格，甚至連家庭糾紛、宗教活動都要一一上報。

平?jīng)龌酱ǖ幕孛裨蛩较屡e行宗教儀式，被保甲長上報官府，結(jié)果參與儀式的十余人全部被杖責，宗教活動的領(lǐng)頭人被流放云南。

為了防止回民遷徙后相互聯(lián)絡(luò)，清廷推行路票制，規(guī)定回民“凡離開安置地，無論遠近，必須向保甲長申請路票，注明往返時間、目的地、事由，經(jīng)地方官審批后才能出行”。

路票上需詳細登記回民的姓名、年齡、相貌特征，沿途關(guān)卡逐一查驗，無票者或票證不符者，一律按“逃犯”論處。

回民的路票申請極為困難，若因耕作、就醫(yī)等正當理由申請，需等待數(shù)日甚至數(shù)月才能獲批；若申請前往其他回民安置地探親，幾乎都會被駁回。

華亭縣的一名回民因母親在靜寧安置地病重，申請路票探親，被官府以“防止勾結(jié)”為由拒絕，等他最終設(shè)法到達靜寧時，母親已經(jīng)去世。

路票制徹底切斷了各地回民的聯(lián)系，讓他們陷入“孤立無援”的境地。

清廷延續(xù)了乾隆朝的“扶舊除新”政策，禁止回民私建清真寺，不準增建或修繕原有寺院，宗教活動必須在官府指定的場所進行，且需由保甲長全程監(jiān)督。

不準回民邀請外來阿訇講學(xué)，不準私藏宗教典籍，違者重罰。

許多安置地的回民只能在自家窯洞內(nèi)秘密舉行宗教儀式，不敢公開禮拜。

起義前，陜西是回民的主要聚居區(qū)之一，關(guān)中平原的渭南、大荔、華州等地，回民“聚堡而居，戶口稠密”，僅西安城內(nèi)外就有回民三萬余人，全省回民總數(shù)不下百萬。

遷徙之后，陜西回民除西安城內(nèi)少數(shù)人外，其余全部被遷往甘肅，關(guān)中平原的回民聚居區(qū)徹底消失，至今陜西的回民人口占比仍遠低于甘肅、寧夏。

甘肅的回民分布則從原來的河州、寧夏南部等集中區(qū)域，擴散到平?jīng)觥⒍ㄎ?、天水、蘭州周邊等偏遠地區(qū)，形成了“大分散、小聚居”的格局。

例如，平?jīng)龅幕酱ā⑷A亭縣，定西的安定區(qū)，天水的清水縣，都因此次遷徙形成了新的回民聚居點，這些聚居點大多位于山區(qū)或荒灘，與漢民聚居區(qū)相互隔絕。

除了在國內(nèi)的遷徙，部分回民軍在反清失敗后選擇西逃新疆，甚至跨境進入中亞，形成了新的族群。同治十二年（1873年），白彥虎率領(lǐng)兩千余名陜西回軍從肅州西逃，經(jīng)過新疆進入俄國七河地區(qū)，這些回民在中亞定居，逐漸形成了東干族。

東干族至今仍保留著同治年間陜西、甘肅的方言和民俗，他們的聚居地被稱為“陜西村”“甘肅村”，成為西北回民遷徙的海外分支。