在朱元璋看來，元朝統(tǒng)治盡管不足百年，但蒙古人統(tǒng)治在北方士子中，仍然留下了深刻的印記。當(dāng)時(shí)，北元依舊存在，北方邊境這種復(fù)雜的政治戰(zhàn)爭(zhēng)局勢(shì)，性情多疑、手段殘酷的朱元璋非常敏感，當(dāng)時(shí)，明朝在開國后，明朝境內(nèi)尤其是北方地區(qū)，仍然有不少讀書人死忠于元朝，并以元朝遺臣、遺老自居。因此，如何籠絡(luò)北方讀書人的人心，是明朝初期的政治大事。

所以，作為開國皇帝，朱元璋的內(nèi)心深處對(duì)秉持考試公平、卻不講究政治正確的考官劉三吾，以及主持復(fù)查的老狀元張信等人，內(nèi)心無比惱火。于是，在南榜事件之后，朱元璋，最終決定以簡(jiǎn)單、粗暴、極端的方式，來解決由于南榜事件引發(fā)的北方考生騷動(dòng)不滿問題。

在讀書人劉三吾和張信看來，這是一場(chǎng)純粹的考試公平問題；而在開國皇帝朱元璋看來，這則是一個(gè)有關(guān)帝國開邦、對(duì)抗北元、鎮(zhèn)撫人心、安定北方的政治遠(yuǎn)略問題。

思想單純的讀書人，沒有領(lǐng)略開國皇帝的宏圖遠(yuǎn)略，如果碰到一位像劉秀一樣的開明皇帝，或許只是挨一頓訓(xùn)、降職或貶官了事，但碰到一位像朱元璋一樣出身草莽、手段毒辣的開國皇帝，這注定又將是一場(chǎng)腥風(fēng)血雨。

因此，對(duì)于朱元璋來說，在南北榜案中，殺掉兩位狀元和幾個(gè)主考官，平息下北方考生的怒氣，實(shí)在是太輕松了。對(duì)于一位將動(dòng)輒殺人，作為政治權(quán)術(shù)的帝王來說，這實(shí)在不值一提。

不僅如此，朱元璋還宣布將南榜中中舉的全部52位南方考生，“俱不刻《登科錄》”，也就是說，他還宣布，南榜的考試成績(jī)，無效。在朱元璋的刻意安排和親自閱卷提拔下，在當(dāng)年六月的北榜中，三甲都是北方人。此外，還有58位北方考生被錄取為進(jìn)士。在南榜事件之后，集體鼓噪的北方考生們，最終踏著兩位狀元陳?和張信的人頭和血泊，在帝國政治中走上了金鑾殿，高中進(jìn)士。

南北榜案之后，在整個(gè)朱元璋執(zhí)政時(shí)期，包括南北榜在內(nèi)，共錄取各科進(jìn)士共867人，其中南方籍620人，占總數(shù)達(dá)71%。盡管朱元璋開始有意矯正這種南北方科舉考試全面失衡的局面，但南北榜案后的第二年，71歲的朱元璋最終駕崩。

宣德二年，明宣宗朱瞻基最終將南北分卷制度付諸實(shí)施，并按照“南六北四”的比例錄取進(jìn)士，以實(shí)現(xiàn)科舉考試的區(qū)域均衡，景泰五年，明朝最終將南北卷制度，詳細(xì)劃分為南、北、中卷制度，其中還對(duì)南、北、中卷所屬地區(qū)進(jìn)行了詳細(xì)劃分，其中規(guī)定：

南卷，應(yīng)天及蘇、松諸府，浙江、江西、福建、湖廣、廣東；

北卷，順天、山東、山西、河南、陜西；

中卷，四川、廣西、云南、貴州及鳳陽、廬州二府，滁、徐、和三州也。

在這種分南、北、中區(qū)錄取的制度安排下，大明帝國的科舉考試公平和區(qū)域公平問題最終得到了有效的均衡，而為了防止部分考生利用規(guī)則，考試移民到北區(qū)和中區(qū)報(bào)名考試，明朝官方還規(guī)定“妄報(bào)中卷、北卷者，本部指名參退”，明確規(guī)定，如果查出屬于考試移民，將明確除名處理，目的就是為了維護(hù)南北區(qū)域的考試公平。

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