通過單粒子電子顯微鏡（EM）可視化大分子復(fù)合物需要嚴(yán)格的生化純化、標(biāo)本制備、低劑量成像和3D圖像重建。

2008年3月17日，哈佛醫(yī)學(xué)院Deborah F. Kelly等人在PNAS 在線發(fā)表題為“Monolayer purification: a rapid method for isolating protein complexes for single-particle electron microscopy”的研究論文，該研究介紹了“Monolayer purification（單層純化）”方法，該方法使用鎳-硝基三乙酸（Ni-NTA）功能化脂質(zhì)，同時直接從細(xì)胞裂解物中純化his標(biāo)記的復(fù)合物，同時生產(chǎn)適合單顆粒EM的樣品。該方法是通過使用含有Ni-NTA脂質(zhì)的單層來特異性吸附昆蟲和哺乳動物細(xì)胞提取物中His標(biāo)記的轉(zhuǎn)鐵蛋白-轉(zhuǎn)鐵蛋白受體（Tf-TfR）復(fù)合物而建立的。在提取液中加入咪唑可提高方法的特異度和靈敏度。單層純化的Tf-TfR樣品可以玻璃化并用于計(jì)算復(fù)合物的三維重建。然后，通過過表達(dá)單個His標(biāo)記的核糖體亞基，使用單層純化從細(xì)菌中快速分離核糖體復(fù)合物。所得的單層樣品允許計(jì)算大腸桿菌50S核糖體亞基的冷凍電鏡三維重建。

2025年11月24日，該文章被撤回，主要原因是數(shù)據(jù)篡改及文章間圖片重復(fù)使用。

另外，在2025年11月18日，iNature報(bào)道了Deborah F. Kelly等撤回8篇文章）。

截止到2025年11月26日，Deborah F. Kelly已經(jīng)被PNAS，Science Advances ，Nanoscale及ADVANCED MATERIALS等撤回了9篇文章（文章后附列表）。最后，據(jù)了解，Deborah F. Kelly團(tuán)隊(duì)的21篇文章被質(zhì)疑數(shù)據(jù)異常，主要有4個原因：對不同條件和樣品的圖形和圖像的重復(fù)使用；電子顯微鏡下的圖像沒有預(yù)期的像素大??；與電子顯微鏡圖不相關(guān)的原子模型；電子顯微鏡圖在其規(guī)定的分辨率下沒有預(yù)期的特征。

以下署名作者根據(jù)哈佛醫(yī)學(xué)院的評審結(jié)論撤回這篇論文，并注明：“由于SI附錄表S2中的數(shù)據(jù)不可靠，我們撤回這篇論文。”我們?yōu)殄e誤道歉?！?/p>

此外，編輯注意到圖5D與文章[1]圖3B的明顯重復(fù)。

—Danijela Dukovski及Thomas Walz

這是值得關(guān)注的，因?yàn)閺膬煞N不同的網(wǎng)格準(zhǔn)備方式來看，這些分布圖不應(yīng)該相同。JMB論文中的圖3b是附著在親和性網(wǎng)格（預(yù)制Ni-NTA單層網(wǎng)格）上的50個S核糖體，該網(wǎng)格使用了來自274張圖像的最初52,507個粒子的數(shù)據(jù)集。而圖5d則是50S核糖體附著在Ni-NTA單層上，然后在單層上放置一個網(wǎng)格，該網(wǎng)格使用了來自591張圖像的最初45,444個顆粒的數(shù)據(jù)集。這兩個分布圖當(dāng)然不應(yīng)該是相同的。

文中所提文章：

[1]Kelly et al. 2008 [J. Mol. Biol. 10.1016/j.jmb.2008.07.023 (2008)].

Deborah F. Kelly的撤稿文章列表：

[1]Structural analysis of BRCA1 reveals modification hotspot，Sci Adv；

[2]Microchip-based structure determination of low-molecular weight proteins using cryo-electron microscopy，Nanoscale；

[3]High-Resolution Imaging of Human Viruses in Liquid Droplets，Adv Mater；

[4]Automated Tools to Advance High-Resolution Imaging in Liquid，Microsc Microanal；

[5]High-Resolution Imaging of Human Cancer Proteins Using Microprocessor Materials，Chembiochem；

[6]Liquid-EM goes viral - visualizing structure and dynamics，Curr Opin Struct Biol；

[7]Structural Insights of the SARS-CoV-2 Nucleocapsid Protein: Implications for the Inner-workings of Rapid Antigen Tests，Microsc Microanal；

[8]Cryo-EM reveals architectural diversity in active rotavirus particles，Comput Struct Biotechnol J；

[9]Monolayer purification: a rapid method for isolating protein complexes for single-particle electron microscopy，PNAS；

參考消息：

https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.1701386

https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2024/nr/d4nr90151g

https://retractionwatch.com/2024/09/11/penn-state-prof-earns-second-retraction-faces-third-following-university-probe/

https://pubpeer.com/search?q=Deborah+F.+Kelly

https://pubpeer.com/publications/63F200B2797421C8CC314C3993BBC0#2