沒想到火箭隊的目標(biāo)就是三神云的力量，他們破壞了神云的石碑引發(fā)神云大戰(zhàn)。借此火箭隊在三神云疲憊時抓捕了三神云，千鈞一發(fā)之際小智指揮寶可夢救出了三神云，無奈之下火箭隊只得放棄本次任務(wù)戰(zhàn)術(shù)撤退。最終土地云在島民的幫助下戰(zhàn)勝了雷電云和龍卷云，因此風(fēng)波總算平息，三神云也隱入天際。

在此之后小智來到帆巴道館提出挑戰(zhàn)，經(jīng)過數(shù)輪對決他與館主各自損失了兩名寶可夢。而在決戰(zhàn)之中小智的石丸子進(jìn)化為地幔巖，接踵而至的一招碎巖成功擊敗館主的鋼鉆鼴鼠，隨即小智得到第五枚徽章震動徽章。

之后大家繼續(xù)上路并再次見到了尾行而來的混混鱷，對方這段時間一直在暗中跟隨著小智等人。這次皮卡丘先和混混鱷聯(lián)手，在雙打?qū)Q中戰(zhàn)勝了蟾蜍王和蜈蚣王。接著兩者更是進(jìn)行了1V1的正面對決，在堂堂正正的擊敗了混混鱷后小智成功收服對方。

此后大家來到了吹寄道館，小智提出挑戰(zhàn)。方一開場混混鱷面對空中的心蝙蝠當(dāng)即不敵敗下陣來，好在咕咕鴿和皮卡丘穩(wěn)定發(fā)揮，先后擊敗了心蝙蝠和高傲雉雞。不過皮卡丘卻被館主的舞天鵝擊敗，危急關(guān)頭咕咕鴿實現(xiàn)進(jìn)化成為高傲雉雞。

兩大巨禽在空中爆發(fā)了激烈的交鋒，靠著新學(xué)會的絕招燕返高傲雉雞戰(zhàn)勝對手取得勝利，因此小智收獲了第六枚徽章噴射徽章。

第二天大家又參加了東·喬治格斗大會，這個比賽同樣吸引了一眾格斗系的高手參加，靠著滑滑小子小智獲得了四強的成績，而奪取冠軍的則是擁有打擊鬼的肯尼亞。

隨后小智在對戰(zhàn)俱樂部中遇到了暖暖豬的原主人，對方如今已經(jīng)收服了一只炎武王氣焰囂張，隨即小智和他進(jìn)行了一場對決，過程中暖暖豬進(jìn)化成為炒炒豬戰(zhàn)勝了炎武王。

一段時間后大家來到了雪華道館提出挑戰(zhàn)，第一輪對決滑滑小子戰(zhàn)勝了多多冰，第二場交鋒炒炒豬引爆了幾何雪花擊敗對手，第三場戰(zhàn)斗混混鱷打倒了凍原熊，于是小智成功得到了第七枚徽章冰柱徽章。

很快他就馬不停蹄來到了最后的立涌道館進(jìn)行挑戰(zhàn)，比賽規(guī)則為全員大作戰(zhàn)小智6VS館主3，沒想到館主的實力極為強大，第一個出場的瓦斯彈就擊敗了地幔巖和高傲雉雞，好在保姆蟲發(fā)揮穩(wěn)定戰(zhàn)勝殘血的瓦斯彈，見狀館主派出蜈蚣王上陣迎敵。

不過蜈蚣王雖然擊敗保姆蟲，可是卻被炒炒豬的火之誓言燃燒殆盡無力再戰(zhàn)，隨之館主派出終極王牌灰塵山作為壓軸，這只灰塵山異常剛猛，不僅用破壞光線正面轟穿火之誓言擊敗炒炒豬，更是用毒液沖擊侵蝕藍(lán)蟾蜍使其失去戰(zhàn)斗力，于是比賽進(jìn)入最終對決小智派出皮卡丘。

剛一開場皮卡丘利用身法和電勁與對手纏斗，然而灰塵山的滔天毒氣鋪天蓋地，避無可避之下皮卡丘被正面擊中毒液入體，就此皮卡丘戰(zhàn)勝了強大的灰塵山，小智得到最后一枚徽章毒性徽章。