光緒十二年（1886年），馬占鰲病逝，花寺門(mén)宦內(nèi)部的權(quán)力平衡徹底被打破，積壓多年的矛盾全面激化。

馬永瑞的兒子馬如彪從麥加朝覲歸來(lái)后，結(jié)合海外宗教見(jiàn)聞，提出對(duì)花寺門(mén)宦進(jìn)行宗教改革。簡(jiǎn)化繁瑣的宗教儀式，調(diào)整部分教規(guī)教義，摒棄不符合時(shí)代發(fā)展的傳統(tǒng)習(xí)俗，這一改革主張得到部分年輕信眾的支持，被稱為新派。

而以馬永琳為代表的保守勢(shì)力，堅(jiān)決反對(duì)任何形式的改革，主張嚴(yán)格堅(jiān)守祖輩傳承的傳統(tǒng)教義與儀式，拒絕做出任何改變，這一派被稱為老派。

新老兩派的對(duì)立，從最初的教義爭(zhēng)論，快速升級(jí)為村落之間的武裝械斗。循化、河州作為花寺門(mén)宦的核心傳播區(qū)域，首當(dāng)其沖成為沖突焦點(diǎn)。

兩派信眾以宗族、村落為單位，互相攻擊、焚燒房屋、搶奪財(cái)物，小規(guī)模沖突持續(xù)不斷，無(wú)辜群眾死傷頻發(fā)。

當(dāng)?shù)匕傩丈钍芷浜Γ竞湍赖泥徖镪P(guān)系、民族關(guān)系，因教派紛爭(zhēng)變得緊張對(duì)立，河湟地區(qū)的社會(huì)秩序陷入混亂。

清代面對(duì)民間教派紛爭(zhēng)，地方官員通常深入調(diào)查矛盾根源，居中調(diào)解、安撫雙方，通過(guò)公平處置化解沖突，防止事態(tài)擴(kuò)大。但當(dāng)時(shí)主政西北的陜甘總督楊昌浚、西寧道臺(tái)陳嘉績(jī)等官員，昏聵無(wú)能、顢頇行事，既不了解伊斯蘭教門(mén)宦的內(nèi)部結(jié)構(gòu)，也不重視民眾的合理訴求，一味采取“高壓鎮(zhèn)壓、以殺止?fàn)帯钡拇直┦侄危罱K將教派矛盾激化。

光緒二十一年（1895年）二月，陳嘉績(jī)奉命前往循化查辦新老教派械斗事件。循化當(dāng)?shù)氐幕刈?、撒拉族信眾?tīng)聞官府派員前來(lái)，紛紛焚香跪地、攔道迎接，滿心期待官府能夠公正裁決，平息持續(xù)已久的紛爭(zhēng)。

然而陳嘉績(jī)?nèi)氤侵?，未做任何調(diào)查取證，不分新派老派、是非曲直，直接下令關(guān)閉城門(mén)，抓捕11名普通回族、撒拉族群眾，當(dāng)場(chǎng)斬首示眾，妄圖用血腥手段震懾民眾。面對(duì)群眾的質(zhì)疑與抗議，陳嘉績(jī)又下令士兵開(kāi)槍驅(qū)散，造成無(wú)辜群眾傷亡。

這種不分青紅皂白、濫殺無(wú)辜的處置方式，徹底擊碎了民眾對(duì)官府的信任，原本局限于宗教內(nèi)部的教派矛盾，瞬間轉(zhuǎn)化為對(duì)清朝腐朽統(tǒng)治的強(qiáng)烈反抗。被激怒的群眾放下教派分歧，團(tuán)結(jié)一致對(duì)抗官府。

光緒二十一年（1895年）五月，循化各族群眾拿起刀槍、農(nóng)具，圍攻循化廳城，河湟事變爆發(fā)。

事變爆發(fā)后，反抗浪潮迅速席卷河湟全境。河州、西寧、大通、巴燕戎格、門(mén)源等地的各族群眾紛紛響應(yīng)，數(shù)萬(wàn)民眾加入反抗隊(duì)伍，形成以回族、撒拉族為核心，涵蓋多個(gè)民族的反清力量。

這些反抗群眾大多是飽受壓迫的農(nóng)民、手工業(yè)者，因不堪清廷的苛捐雜稅與民族壓迫，揭竿而起，迅速攻占清軍據(jù)點(diǎn)、摧毀地方政權(quán)，河湟地區(qū)全面失控。

此時(shí)的清朝軍隊(duì)，歷經(jīng)鴉片戰(zhàn)爭(zhēng)、太平天國(guó)運(yùn)動(dòng)后，早已軍備廢弛、軍紀(jì)渙散，西北駐軍更是缺乏訓(xùn)練、裝備落后，將領(lǐng)貪生怕死、指揮無(wú)能，面對(duì)群眾的反抗，幾乎一觸即潰。

固原提督雷正官率軍駐守河州，被反抗群眾圍困半年之久，城內(nèi)糧草斷絕、軍心渙散，只能坐以待斃。甘肅提督李培榮率部馳援西寧，途中遭遇反抗隊(duì)伍阻擊，兩個(gè)月內(nèi)寸步難行，多次求援無(wú)果。河州鎮(zhèn)總兵湯彥和率領(lǐng)八個(gè)營(yíng)的兵力增援循化，在杉木莊遭遇伏擊，全軍覆沒(méi)，湯彥和僅帶幾名親信倉(cāng)皇逃往岷州。涼州鎮(zhèn)總兵劉璞在窯街作戰(zhàn)失利，所部傷亡兩百余人，軍械物資全部丟失。新疆駐軍統(tǒng)領(lǐng)蘇貴興率部增援巴燕戎格，同樣遭遇慘敗，兩百余名士兵陣亡。

短短兩個(gè)月時(shí)間，河湟地區(qū)的清軍據(jù)點(diǎn)幾乎全部失守，西寧東關(guān)、南北川、大通等戰(zhàn)略要地均被反抗隊(duì)伍控制，清廷在西北的統(tǒng)治搖搖欲墜。消息傳至北京，清廷朝野震動(dòng)，隨即下令改組西北軍政體系，嚴(yán)厲處置失職官員。

光緒二十一年（1895年）七月，清廷下旨將陜甘總督楊昌浚、固原提督雷正官革職查辦，罷免多名失職將領(lǐng)，調(diào)任新疆巡撫陶模署理陜甘總督，同時(shí)急調(diào)喀什噶爾提督董福祥率領(lǐng)精銳部隊(duì)入甘平叛。

董福祥抵達(dá)西北后，迅速制定“先剿后撫、步步緊逼、分化瓦解”的平叛策略。他首先率部搶渡洮河，攻克軍事要地太子寺，打開(kāi)進(jìn)軍河州的通道，隨后集中兵力，對(duì)河州反抗隊(duì)伍發(fā)起總攻。河州反抗隊(duì)伍因缺乏統(tǒng)一指揮、裝備落后，難以抵擋清軍正規(guī)部隊(duì)的進(jìn)攻，很快潰敗。

光緒二十一年（1895年）十月，董福祥兵不血刃收復(fù)河州城，將起事首領(lǐng)馬永琳父子逮捕斬首，以儆效尤，河州地區(qū)的反抗斗爭(zhēng)率先被平息。

平定河州后，董福祥馬不停蹄，率領(lǐng)主力部隊(duì)西進(jìn)西寧，與陜西巡撫魏光燾所部匯合，集中兵力清剿西寧周邊的反抗隊(duì)伍。此時(shí)西寧地區(qū)的反抗力量，雖仍在堅(jiān)守，但已失去統(tǒng)一指揮，各支隊(duì)伍各自為戰(zhàn)，無(wú)法形成有效抵抗，在清軍的猛烈進(jìn)攻下，接連丟失據(jù)點(diǎn)。

光緒二十二年（1896年）正月，清軍先后攻克西寧東關(guān)、北川蘇家堡兩大核心據(jù)點(diǎn)，反抗隊(duì)伍的主力部隊(duì)被徹底擊潰。至此，持續(xù)近兩年的河湟事變，基本被清廷鎮(zhèn)壓。

大部分參與反抗的群眾，在清軍的軍事壓力與政治招撫下，放下武器投降，接受官府安置，少數(shù)負(fù)隅頑抗的骨干成員，被清軍鎮(zhèn)壓處決。

在清軍的清剿過(guò)程中，有兩支隊(duì)伍拒絕投降。一支是劉四伏率領(lǐng)的蘇家堡余部，這支隊(duì)伍以西寧北川蘇家堡、西川多巴的群眾為基礎(chǔ)，匯合上五莊等地民眾，總?cè)藬?shù)達(dá)七八萬(wàn)人，是河湟事變中規(guī)模最大的余部力量。另一支是冶八個(gè)率領(lǐng)的永安營(yíng)余部，以大通永安營(yíng)的反抗群眾為基礎(chǔ)，人數(shù)雖少，但作戰(zhàn)意志堅(jiān)定，戰(zhàn)斗力較強(qiáng)。

兩支隊(duì)伍參照同治年間陜甘回變首領(lǐng)白彥虎的突圍路線。他們翻越祁連山，經(jīng)玉門(mén)、敦煌等地，一路向西進(jìn)入新疆，尋找遠(yuǎn)離清廷統(tǒng)治的安身之地。

光緒二十二年（1896年）二月，劉四伏、冶八個(gè)分別率領(lǐng)隊(duì)伍，從西寧水峽口、大通野牛溝分路突圍，踏上了橫跨千里、九死一生的西遷之路。

河湟事變從光緒二十一年（1895年）五月爆發(fā)，到光緒二十二年（1896年）正月基本平息，持續(xù)時(shí)間近一年，戰(zhàn)火席卷青海、甘肅十余州縣，造成大量人員傷亡與財(cái)產(chǎn)損失，無(wú)數(shù)村落、城鎮(zhèn)被戰(zhàn)火摧毀，農(nóng)業(yè)生產(chǎn)、商業(yè)貿(mào)易陷入停滯，河湟地區(qū)的社會(huì)經(jīng)濟(jì)遭受毀滅性打擊。