1961年，李琪出任北京市委常委、宣傳部長(zhǎng)，他上任以后，堅(jiān)持文藝的“二為”和“二存”方針，一再提醒宣傳部的工作人員：文藝革命既要積極，又要慎重，“文藝革命兩點(diǎn)論，一要緊，二要穩(wěn)，同時(shí)要準(zhǔn)備反復(fù)”。在李琪的領(lǐng)導(dǎo)下，北京市委的宣傳工作很快步入正軌，他也因此深受北京市委第一書記彭真的器重。

1963年，江青打著“戲劇革命”的旗號(hào)，到北京來搞所謂的“調(diào)查研究”。北京市委決定由李琪與江青聯(lián)系，李琪雖然接受了這一任務(wù)，但在回到家后對(duì)妻子李莉說：“江青不好共事，又是主席夫人，萬一出了問題，非同小可。這對(duì)我個(gè)人事小，對(duì)市委事大?！?/p>

此后李琪在和江青打交道的過程中，一直謹(jǐn)言慎行，給她以應(yīng)有的禮遇。但江青在文藝上推行的是極左路線，平時(shí)也非常專橫跋扈，時(shí)間長(zhǎng)了以后，李琪看清了江青究竟是個(gè)什么人，他和江青的矛盾也越來越激化了。

1963年12月，京劇《地下聯(lián)絡(luò)員》排練完成，定于12月某日正式上演，頭三場(chǎng)的票已經(jīng)售出。開演前夕，江青來看彩排，當(dāng)場(chǎng)沒有表示意見，卻在回去后立即給李琪打電話，對(duì)這個(gè)戲橫加挑剔，不許上演。最終已經(jīng)售滿的三場(chǎng)戲只好退票。

江青

本來，一出新排的戲不可能盡善盡美，有缺點(diǎn)可以不斷加工提高，江青卻來了個(gè)“突然襲擊”，顯然是有意給北京市委一個(gè)“下馬威”，以炫耀她的權(quán)勢(shì)。李琪深知江青這么做不僅是對(duì)著他來的，更是沖著北京市委和彭真來的，此后江青找他開會(huì)、看戲，他都盡量推托。

1965年，李琪到房山縣黃辛莊搞“四清”，他以為這樣就可以避開江青，感到很高興。不久以后，江青卻以談工作為名，把李琪叫到了上海。李琪到上海后，江青卻不見他，每天只讓張春橋從中傳話。直到半個(gè)月后，江青才召見李琪，而且一見面就指責(zé)他說：“不準(zhǔn)老子試驗(yàn)，老子到別處試驗(yàn)！”

李琪聽后大怒，拂袖而去，事后他生氣地對(duì)別人說：“我這個(gè)人是寧折不彎，我這個(gè)宣傳部長(zhǎng)又不是專管文藝的，把我叫去，兩個(gè)多禮拜不見，真是豈有此理！”

李琪回到北京后，給彭真寫了一封信，控訴江青“像皇太后”，“比西太后還壞”。李琪還對(duì)李莉說：“江青如此胡來，我總有坐牢、殺頭的一天，你思想上要有準(zhǔn)備。”他已經(jīng)意識(shí)到，這是一場(chǎng)殊死的斗爭(zhēng)。

李琪和妻子李莉

1965年底，由江青幕后指揮、姚文元在上?！段膮R報(bào)》上拋出的《評(píng)新編歷史?。己Ｈ鹆T官＞》一文，將批判的矛頭指向北京市副市長(zhǎng)吳晗。李琪看到這篇文章后，深知這次批判一定是江青在上海發(fā)動(dòng)的，批評(píng)北京市的副市長(zhǎng)，又不向北京打招呼，這是有意將北京的軍，他在市委工作會(huì)議上一再?gòu)?qiáng)調(diào)：“吳晗在民主革命時(shí)期是左派，反右時(shí)也是左派?！?/p>

1966年2月，李琪在北京市委宣傳部全體干部會(huì)上激動(dòng)地拍著桌子說：“嘉靖皇帝那么殘暴，有些宰相進(jìn)諫，一句話不中他意，就被亂棍打死。而海瑞不顧個(gè)人生死，敢于上罵皇帝，這種為國(guó)家不顧生死的精神是可貴的。我們今天有一些共產(chǎn)黨員還不如明代的海瑞?！彼€指出姚文元的文章“簡(jiǎn)單化，不是一分為二”，“對(duì)歷史人物，破容易，立就難了。別看姚文元寫了批判文章，要讓他寫出正確評(píng)價(jià)海瑞的文章，就不那么容易了”。“指出別人臉上有麻子是容易的，但要讓你治好別人的麻子，就不容易了?！痹跒踉泼懿嫉漠?dāng)頭，李琪的這番話說得多么痛快淋漓！

1966年5月16日，報(bào)紙開始公開點(diǎn)名批判李琪，但他處變不驚，他在這一天還找市文聯(lián)的同志一起研究《北京文藝》的工作，并坦然地說：“今天報(bào)上點(diǎn)了我的名，只要不撤我的職，不停止我的工作，我就要堅(jiān)守工作崗位。”

報(bào)紙批判李琪的文章

但沒過多久，李琪被扣上種種莫須有的罪名，并經(jīng)常遭到批斗，甚至辱罵和毆打。但李琪始終頭腦清醒、心胸坦蕩，他說：“我同江青在工作中有分歧，有不同意見，我究竟犯了什么錯(cuò)誤？報(bào)紙上點(diǎn)名批判我包庇了一位歷史學(xué)家，歷史將證明這位歷史學(xué)家是不是犯了錯(cuò)誤。”

1966年7月10日，李琪因不堪批斗中的辱罵與迫害，選擇結(jié)束了自己的生命，終年52歲。李琪去世前給妻子留下遺書說：“歷史將證明我是無罪的！”

“四人幫”倒臺(tái)后，中共中央為李琪恢復(fù)了名譽(yù)，并肯定了他堅(jiān)持原則的行為。