1990年代末，中國引進2艘956E/EM“現(xiàn)代級”驅逐艦，配套采購Shtil-1（SA-N-7）艦載防空系統(tǒng)（9M38/9M317導彈、3S90單臂發(fā)射架、MR-750“頂板”雷達、6部MR-90“前罩”火控雷達）；同期052B驅逐艦（168/169）也直接裝該俄制系統(tǒng)，這是中方獲得Buk-M1艦載技術的唯一官方渠道；

當時，俄官方（俄聯(lián)邦軍事技術合作局、Rosoboronexport）僅向中方出口Shtil-1成品系統(tǒng)、配套導彈及有限維護/生產(chǎn)技術支持，未轉讓Buk-M1陸基完整生產(chǎn)圖紙、核心火控與雷達源碼；合作限定在艦載防空技術范疇，不涉及陸基Buk-M1/SA-11的完整技術轉移；

而中方立項在1999年7月：紅旗-16正式立項（早于現(xiàn)代級完整交付），明確以Shtil-1（Buk-M1艦載版） 為技術基礎，走中俄聯(lián)合研發(fā)+中方自主改進、陸海通用路線；

俄方向中國科研部門轉讓9M38/9M317導彈的邊條翼布局、單室雙推力固體火箭發(fā)動機、半主動雷達制導（半主動末制導+指令修正） 核心設計原理、部分結構參數(shù)與測試數(shù)據(jù)；中方獲得導彈彈體、推進、制導的基礎技術方案，非完整生產(chǎn)圖紙；此外，俄方還向中國提供Shtil-1的火控邏輯、多目標照射機制、與“頂板”三坐標雷達的協(xié)同接口；協(xié)助中方適配國產(chǎn)艦載雷達與垂發(fā)系統(tǒng)，未轉讓MR-90火控雷達的完整源碼與生產(chǎn)技術；

俄羅斯“阿爾瑪茲-安泰”提供艦載防空系統(tǒng)的總體架構、導彈-雷達-指揮的交聯(lián)規(guī)范、抗干擾與低空掠海攔截的算法參考，它還負責協(xié)助中方完成早期試驗與定型驗證；

中國研究透徹SA-N-7系統(tǒng)以后，針對自身儲備和未來軍改、戰(zhàn)爭的需求，放棄了了它的傾斜式發(fā)射模式，采用垂發(fā)發(fā)射裝置：我國舍棄俄Shtil-1的單臂傾斜發(fā)射，自研H/AKJ-16垂直發(fā)射系統(tǒng)（冷發(fā)射），適配054A護衛(wèi)艦，反應速度、火力密度大幅提升（單艦32單元，多目標能力增強）；經(jīng)過更新發(fā)射藥、彈體材料、制導系統(tǒng)、動力裝置等，俄制原版9M317最大射程約25–30km，而紅旗-16A（海/陸）射程提升至40km、最低射界15m、多目標能力（1個火力單元跟蹤8/打擊4）、抗干擾與低空反導能力全面超越Shtil-1；

為了確保通用化需求，我國基于艦載SA-17部分技術，自主開發(fā)陸基紅旗-16A，配國產(chǎn)新型相控陣搜索/火控雷達（無源）、高機動輪式底盤，實現(xiàn)野戰(zhàn)防空，完全脫離俄Buk-M1陸基的履帶式、裸彈傾斜發(fā)射架構—最核心的還是中國半導體工業(yè)、稀土材料的飛速跨代，讓紅旗16迅速躋身先進中程模塊防空導彈行列；

它的后續(xù)升級（紅旗-16B/C、LY-80出口型）均為中方完全自主改進，射程增至70km+，俄方未再提供技術支持，符合中俄軍貿(mào)與技術合作邊界；

紅旗-16出口巴基斯坦、中國海/空軍服役以后，針對用戶反饋的意見、使用經(jīng)驗，中國又對紅旗+16實施改進：全面提升有效殺傷距離、制導頭改進、燃料改進、彈體重新改進等……

按照用戶意見和使用反饋，取消紅旗-16早期彈體的主彈翼，僅保留尾翼（光桿彈），大幅減阻、提速、增程；彈體加長、采用單室雙推力新型固體火箭發(fā)動機：最大斜距160km（紅旗-16B僅70km）；最低攔截高度7m、最高25km，覆蓋超低空到中高空；制導體制為“捷聯(lián)初制導+指令中制導+間斷照射半主動/主動雙模雷達末制導”（前代僅半主動+指令），末端自主尋的、抗干擾極強、多目標能力躍升；

彈體機動控制采取“氣動力+直接側推復合控制”，末端最大過載35G，可橫移機動，大幅提升對高機動戰(zhàn)機、彈道導彈攔截概率；最大飛行速度4馬赫+，可攔截超音速巡航導彈、戰(zhàn)術彈道導彈（射程≤1000km），實現(xiàn)防空反導一體化；

配套系統(tǒng)也進行了全新升級：雷達升級為固態(tài)有源相控陣雷達（前代無源），集搜索/跟蹤/照射/敵我識別一體；對常規(guī)戰(zhàn)機探測≥250km，可同時跟蹤12批、攔截8批目標（前代跟蹤48、攔截6）—俄羅斯試圖按照這個思路改進SA-17，但是遇到了技術和材料、外部環(huán)境（制裁）的瓶頸，項目推進不盡如人意，所以，俄軍的中程防空系統(tǒng)面對烏克蘭的無人機群始終處于下風；

經(jīng)過改進和測試，中國人民解放軍自用（紅旗-16F）在2018—2021年完成方案設計、地面/靶場實彈測試（攔截戰(zhàn)機、巡航導彈、戰(zhàn)術彈道導彈靶標），通過軍方定型驗收；2022年，珠海航展以外貿(mào)FE型首次亮相，自用F型同步完成定型、進入小批量試裝；2023—2024年，中國陸軍防空部隊、海軍（054B護衛(wèi)艦）逐步列裝，形成初始作戰(zhàn)能力；央視軍事、《解放軍報》、俄羅斯軍工綜合體新聞網(wǎng)確認其已進入解放軍現(xiàn)役裝備序列，用于替換早期紅旗-16A/B，強化中遠程區(qū)域防空與反導能力 ；

巴陸軍2017年采購3個營LY-80（紅旗-16BE），2018交付、2021實戰(zhàn)部署、2022全面列裝，使用驗證良好。接著，巴方基于LY-80使用經(jīng)驗，2023年簽署紅旗-16FE采購合同；2024年完成首批交付、巴陸軍防空部隊接收，巴基斯坦《國防雜志》、Times of Islamabad、簡氏防務確認其為巴軍首個第四代防空反導系統(tǒng)；

巴軍在2024—2025年完成實彈測試、人員培訓、戰(zhàn)備值班，部署于印巴邊境、關鍵城市/港口，用于攔截印度“布拉莫斯”、“大地”等導彈與戰(zhàn)機，巴軍方官方確認其已正式入役、形成戰(zhàn)斗力；

總體而言，紅旗-16經(jīng)過快速更新和改進，已經(jīng)完全超越俄制SA-17系防空導彈，簡氏防務（Jane's）、Army Recognition在2022珠海航展確認FE型參數(shù)，于2024—2025持續(xù)跟蹤中、巴列裝進展，認定其為當前國際主流第四代中遠程防空反導系統(tǒng)之一。