在研究論文中，篩選是第一步。篩選策略主要是①芯片、RNA-seq或單細(xì)胞測(cè)序等高通量篩選；②借助CRISPR文庫(kù)進(jìn)行通量篩選；③通過(guò)推敲現(xiàn)象或表型得出猜想；④其他方法。篩選策略分為兩種，Gain-of-funtion (芯片和測(cè)序)和Loss-of-funtion (CRISPR文庫(kù))。這種邏輯論證，任何時(shí)候都經(jīng)得起推敲，絕不是灌水文章。

生信篩選論文，跟純生信論文不一樣，屬于科研論文。公共網(wǎng)站生信數(shù)據(jù)分析只是基本，還要會(huì)R 或者Python，懂基礎(chǔ)科研，具備醫(yī)學(xué)知識(shí)，這就構(gòu)成了生信篩選論文的四要素：①網(wǎng)頁(yè)數(shù)據(jù)分析，②R或Python，③基本實(shí)驗(yàn)技能和④醫(yī)學(xué)背景，即生信篩選論文套路：生信篩選+生信和濕實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證+臨床應(yīng)用。

通過(guò)PubMed檢索，我們可以看到，2025年已經(jīng)發(fā)表signature + Prognosis相關(guān)論文2367篇，從2020年開(kāi)始相關(guān)論文數(shù)目都在4000篇左右/每年。但是，Signature類文章的影響因子基本在5分以下，能上7、8分絕對(duì)是要做機(jī)制的，上10分的很少。

2025年10月，Int J Surg期刊發(fā)表題為Inositol metabolism shapes tumor aggressiveness and immune evasion in lower-grade glioma: an integrative analysis of bulk, single-cell, and spatial transcriptomics的生信文章，借助MSigDB數(shù)據(jù)庫(kù)和文獻(xiàn)篩選定義含有75個(gè)肌醇相關(guān)基因（IRGs）的Signature，構(gòu)建了INScore預(yù)后評(píng)分模型。通過(guò)6個(gè)獨(dú)立隊(duì)列（TCGA、CGGA、GEO等）的綜合分析發(fā)現(xiàn)，INScore高的患者，生存期顯著更短。

這是整篇文章的基礎(chǔ)

作者先統(tǒng)計(jì)了肌醇相關(guān)基因的預(yù)后指標(biāo)，然后通過(guò)一致性矩陣cluster分析，結(jié)合生存參數(shù)構(gòu)建了INScore模型。再結(jié)合臨床信息，將樣本分成INScore得分高和低的兩組。

肌醇代謝得分與促癌標(biāo)志物的關(guān)系

肌醇代謝得分與免疫特征的關(guān)系

從單細(xì)胞水平分析肌醇代謝的促癌特征

細(xì)胞通訊，鎖定單核細(xì)胞

實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證部分，包括WB、增殖曲線CCK-8、集落形成實(shí)驗(yàn)CFU和遷移實(shí)驗(yàn)，常規(guī)實(shí)驗(yàn)。通過(guò)LASSO回歸，從75個(gè)IRGs里挑出系數(shù)最大的IMPA2作為hub基因，進(jìn)行驗(yàn)證。

芒果之見(jiàn)：單細(xì)胞多組學(xué)時(shí)代，這種Signature基因做生信論文竟然能發(fā)表10分+文章，我們還是挺意外的。文章的思路并不難，Signature基因的確定也不復(fù)雜。通篇論文分析下來(lái)看，這篇文章主要還是因?yàn)閱渭?xì)胞+多組學(xué)的分析是亮點(diǎn)，同時(shí)濕實(shí)驗(yàn)也比較全面。這類文章，我們覺(jué)得5分以上有保證，但10分的話有點(diǎn)高攀了。當(dāng)然，這篇肌醇代謝為主的生信文章發(fā)表在外科學(xué)期刊上，有機(jī)會(huì)的成分，但思路貨真價(jià)實(shí)，值得借鑒。