公元1644年（明崇禎十七年，清順治元年，大順永昌元年，大西天命三年），李自成攻破北京之后，明思宗朱由檢在煤山上吊自殺，存在了近300年的明朝滅亡了。

在崇禎帝自殺的三年前，萬歷皇帝朱翊鈞的小兒子福王朱常洵一家人在洛陽被殺，只有福王世子朱由菘一人逃出；襄陽王朱翊銘一家也被張獻(xiàn)忠滅門；其余大小諸王也在農(nóng)民起義的打擊下死的死逃到逃?？梢哉f，明清交替之時，朱明王朝的宗室成員絕對是哀鴻遍野。

不過，朱明宗室并沒有被趕盡殺絕，所以其余存活下來的后代都到哪兒去了呢？

部分朱明宗室南下，建立南明政權(quán)

1644年4月初，福王世子朱由菘與潞親王朱常淓、崇親王朱常渲和周王世孫一起逃亡到淮安。

同年4月中旬，朱由菘就被鳳陽總兵馬世英迎至南京。由于明朝實行兩京制，所以當(dāng)北京被闖軍攻陷之后，南京依然留有一整套完整的行政機構(gòu)。到了5月4日，南京的的官員們就推舉朱由菘作為監(jiān)國。朱由崧在當(dāng)了監(jiān)國僅僅10余日后，就在15日時在群臣的擁立下稱帝建制，并改元弘光。這是朱明宗室所建立的第一個南方政權(quán)，由此也拉開了18年的南明歷史。

弘光政權(quán)被滅后，又有杭州的潞王朱常淓（1645年）、金陵的崇禎太子朱慈烺（可能是貌似太子的王之明。1645年）、撫州的益王朱慈（1645年）、紹興的魯王朱以海（1645－1653年）、桂林的靖江王朱亨嘉（1645年）等監(jiān)國政權(quán)先后建立。

其中，1645年6月，唐王朱聿鍵在鄭芝龍等人的支持下，在福州稱帝，年號隆武，這就是南明第二個稱帝個隆武帝。隆武政權(quán)持續(xù)時間也不長，很快就覆滅了。隆武帝朱聿鍵死后，其弟唐王朱聿鐭（1646年）繼位于廣州，改明年為紹武元年，是為邵武帝；桂王朱由榔（1646－1662年）稱帝于肇慶，改元永歷，是為明昭宗。

此外，還有說法是韓王朱本在闖將郝永忠（又名郝?lián)u旗）的支持下，在1646年稱帝，年號定武。定武政權(quán)一直堅持到了1664年（康熙三年），成為南明王朝持續(xù)時間最長的一個政權(quán)。

南明宗室大部分都死于抗清斗爭

1646年11月18日永歷稱帝后，這個政權(quán)就不斷遭受清軍的攻擊，所以從肇慶不斷向西撤退，一路上先后敗退至全州、武岡、南寧等地。在此期間，一大批忠于朱明或者對清廷不滿的將領(lǐng)們帶兵頑強抵抗，使得永歷帝的南明軍隊沒有像此前各個政權(quán)那樣快速瓦解。

但是永歷政權(quán)內(nèi)部派系斗爭不斷，使得他們的局勢不斷惡化。到了1657年（清順治十四年，南明永歷十一年），大將孫可望兵敗投降。次年，也就是1658年（清順治十五年，南明永歷十二年）清軍分兵三路對云南發(fā)起攻擊，而且云貴等地很快陷落。永歷帝朱由榔在大將李定國的保護(hù)下且戰(zhàn)且退，最終逃到了緬甸。后來，緬甸國王在吳三桂的逼迫下，將永歷帝綁在了他面前，被殺害于云南昆明。

與永歷帝一同遇害的還包括，末代吉王朱慈煃等明朝宗室，不過他們是死在了緬甸，隨扈的宗室無一幸存。自此，南明永歷政權(quán)覆滅，朱明宗室也大多死于非命。

最后一支明朝宗室覆滅于臺灣

前文所提及的定武政權(quán)朱本，自1646年在鄂西山區(qū)開展反清斗爭堅持斗爭了近20年。但是到了1663年（康熙二年，定武十八年），郝?lián)u旗率兵在攻打四川巫山時被吳三桂擊敗，他本人也在兵敗被俘后慘遭殺害。在失去最大的依仗之后，1664年（康熙二年，定武十八年）定武帝朱本也兵敗被殺。

由于定武帝到底是朱明宗室，還是農(nóng)民軍為斗爭需要而采取的權(quán)宜之計無法確認(rèn)，所以很多人不承認(rèn)朱本是南明皇帝，也對定武政權(quán)不予承認(rèn)。不過，郝?lián)u旗營中確實曾有幾位藩王，一位是“東安王”朱盛蒗（楚藩宗室），一位是“通山王”朱蘊釨（亦為楚藩宗室），另一位是“韓王”朱璟溧（出自韓王宗室，但非明朝冊封）。所以，隨著定武政權(quán)的覆滅，他們的命運也可想而知。

如果說定武帝無法確認(rèn)真?zhèn)?，那么魯王朱以海?dān)任監(jiān)國的政權(quán)絕對是正宗朱明皇族。在其兄魯王朱以派自縊殉國后，朱以海在堅持斗爭一段時間后，甚至在1648年（魯監(jiān)國三年，清順治五年）曾一度取得收復(fù)了閩東北三府一州二十七縣的佳績。但最終還是抵抗不住清軍的攻勢，南逃到廈門依附于鄭成功。之后，又隨著鄭成功輾轉(zhuǎn)進(jìn)入臺灣，之后又流落在海外，最終在1662年（康熙元年）病逝在金門。

在魯王朱以海病逝后不久，遼王后裔寧靖王朱術(shù)桂到臺灣監(jiān)軍，同行包括魯王世子朱弘桓、瀘溪王朱慈爌、巴東王朱尊江等諸明朝宗室及同鄉(xiāng)仕紳等八百多人。公元1683（康熙二十二年），施瑯收費臺灣之后，朱術(shù)桂與隨侍在側(cè)的五位王妃自殺殉國。自此，朱明宗室的幾乎消亡，他們的抗清斗爭也就此結(jié)束。