無論是傳統(tǒng)的多細胞轉錄組測序還是單細胞轉錄組測序， 差異分析 可獲得一組樣本相對于另一組樣本表達顯著上調和下調的基因，從而研究這些差異基因的功能，包括富集通路或生物學過程。

熟悉的小伙伴都知道，課題立項的邏輯前提是 表達有差異，差異影響表型 ！我們常常說， 用差異分析的辦法篩選興趣基因做研究 ，是常用的生信套路之一，也是最容易生信入門的角度之一。即使是在頂刊，自測數(shù)據(jù)+公共數(shù)據(jù)的差異分析也很常見。

科研進入到 單細胞時代，差異分析的維度就不能局限于腫瘤與癌旁了，而應該擴展到腫瘤與癌旁中的細胞類群之間 。由于技術本身的局限和數(shù)據(jù)維度不同，以前針對傳統(tǒng)多細胞轉錄組測序數(shù)據(jù)開發(fā)的差異分析算法不一定適用于單細胞數(shù)據(jù)。但是，無論使用何種算法， 原本的差異表達都被賦予了新的定義 ！

2019年，J Clin Invest雜志發(fā)表了題為Blocking expression of inhibitory receptor NKG2A overcomes tumor resistance to NK cells的研究論文。該研究通過TCGA二代測序數(shù)據(jù)分析了HLA-E在腫瘤的表達，并探究了HLA-E與其受體NKG2A (KLRC1)在腫瘤表達的相關性，闡明腫瘤細胞通過HLE-A:NKG2A逃逸抗腫瘤免疫的分子機制。

2023年，Cancer Cell發(fā)表題為Immune checkpoint HLA-E:CD94-NKG2A mediates evasion of circulating tumor cells from NK cell surveillance的研究論文。該研究則利用單細胞測序的數(shù)據(jù)，通過細胞聚類分析，確定了循環(huán)腫瘤細胞 (CTC)表面de HLA-E與NK細胞上的CD94-NKG2A相互作用，從而逃避NK細胞的免疫監(jiān)視。

具體機制是 ，RGS18抑制CTC中AKT的磷酸化激活，從而抑制GSK3b Ser9位的磷酸化，維持GSK3b蛋白的穩(wěn)定。GSK3b通過CREB1 Ser133位的磷酸化促進CREB1的核轉移。CREB1結合細胞核內HLA-E基因啟動子區(qū)SXY位點，上調CTC表面HLA-E的表達和定位。循環(huán)腫瘤細胞表面的HLA-E與NK細胞上的CD94-NKG2A相互作用，激活NK細胞的凋亡信號通路，從而使CTC細胞逃避NK細胞的免疫監(jiān)視，為腫瘤轉移提供條件。

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