撰文丨王聰

編輯丨王多魚

排版丨水成文

眾所周知，基因包含著制造蛋白質(zhì)的指令，根據(jù)“中心法則”，遺傳信息從 DNA 流向 RNA，再流向蛋白質(zhì)。但人類基因組只有 2% 編碼蛋白質(zhì)，其余 98% 屬于非編碼序列，它們的功能在很大程度上是未知的。

人類遺傳學(xué)的一個(gè)緊迫問題是了解這些非編碼的基因組區(qū)域的作用，實(shí)際上，這些區(qū)域雖然不編碼蛋白質(zhì)，但它們廣泛轉(zhuǎn)錄為 RNA，其中包括成千上萬的長鏈非編碼 RNA（lncRNA），這些 lncRNA 通常被剪接和多聚腺苷酸化，但通常不能翻譯成蛋白質(zhì)。在已注釋的 lncRNA 中，只有極少數(shù)（<1%）具有明確的功能作用。

近年來，基于 Cas9 的 CRISPR 干擾（CRISPRi）和 CRISPR 激活（CRISPRa）被用于篩選和鑒定功能性 lncRNA，雖然這些技術(shù)很有價(jià)值，但也往往遇到意料之外的上靶活性，也就是在預(yù)期的基因組位點(diǎn)結(jié)合，但會干擾附近的其他基因，此外，在 DNA 水平上擾動 lncRNA 位點(diǎn)，也可能抑制與 lncRNA 轉(zhuǎn)錄本無關(guān)的功能性 DNA 元件，導(dǎo)致篩選結(jié)果失真。相比之下，Cas13靶向編輯 RNA，而不會破壞附近的蛋白編碼基因和其他 DNA 調(diào)控元件。

2024 年 11 月 7 日，紐約大學(xué)Neville E. Sanjana團(tuán)隊(duì)在國際頂尖學(xué)術(shù)期刊Cell上發(fā)表了題為：Transcriptome-scale RNA-targeting CRISPR screens reveal essential lncRNAs in human cells 的研究論文。

該研究開發(fā)了一種基于CRISPR-Cas13的靶向 RNA 的轉(zhuǎn)錄組規(guī)模的 CRISPR 篩選技術(shù)，并使用該技術(shù)在來自不同組織的 5 種人類細(xì)胞（HAP1、HEK293T、K562、MDA-MB-231、THP1）中篩選鑒定了 778 個(gè)必需的 lncRNA，表明了許多 lncRNA 并非基因組中的“垃圾”，而且在人類癌癥和發(fā)育中發(fā)揮著必不可少的重要作用。

該研究建立了一種強(qiáng)大的篩選工具，可用于系統(tǒng)性研究非編碼轉(zhuǎn)錄本的功能貢獻(xiàn)，并為識別在任何表型或疾病中具有功能的 lncRNA 鋪平了道路。此外，該篩選工具具有廣泛適用性，并不局限于 lncRNA，還可以直接應(yīng)用于其他非編碼 RNA 的篩選，包括增強(qiáng)子 RNA（enhancer RNA）和環(huán)狀 RNA（circRNA）。

然而，2025 年 12 月 3 日，論文作者申請撤稿了這篇上線僅一年的論文。

撤稿聲明顯示，論文作者們近期發(fā)現(xiàn)，用于靶向長鏈非編碼 RNA（lncRNA）和蛋白編碼轉(zhuǎn)錄本的混合篩選 CRISPR 文庫，未經(jīng)過濾以去除人類轉(zhuǎn)錄組中其他位置可能存在的脫靶序列。作者們感謝Roland Rad博士的實(shí)驗(yàn)室提醒，并為此錯(cuò)誤致歉。在通過移除與蛋白編碼轉(zhuǎn)錄本或 lncRNA 存在最多 2 個(gè)錯(cuò)配的 CRISPR 向?qū)?RNA（gRNA）來對潛在脫靶進(jìn)行適當(dāng)過濾后，作者們重新分析了混合 CRISPR 篩選數(shù)據(jù)。此外，他們還更新了涉及使用具有潛在脫靶 gRNA 靶向的 lncRNA 的實(shí)驗(yàn)。更新后的分析和實(shí)驗(yàn)已作為預(yù)印本發(fā)布【2】。由于在正確的 gRNA 過濾后所鑒定出的必需 lncRNA 發(fā)生了變化，作者們希望撤回該論文，并對此可能造成的任何不便表示歉意。

在作者們致力于發(fā)表更正后研究的同時(shí)，他們希望更新后的預(yù)印本能夠有所幫助，并鼓勵(lì)學(xué)界同仁隨時(shí)提出任何問題。

論文鏈接：

1. www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(24)01203-0

2. http://doi.org/10.6084/m9.figshare.30370171