1949年國(guó)民黨在大陸敗了，鄭介民跟蔣介石去臺(tái)灣，那時(shí)他53歲，已經(jīng)有心臟病，但還得干活。蔣介石和蔣經(jīng)國(guó)整合特務(wù)，成立國(guó)家安全局，讓他當(dāng)首任局長(zhǎng)，一直管情報(bào)。

蔣介石用他對(duì)付毛人鳳，那時(shí)候還信任他。他重建臺(tái)灣情報(bào)網(wǎng)，擬反攻大陸方案，組織滲透大陸，還加了海島防御和跨海作戰(zhàn)內(nèi)容，給特務(wù)指導(dǎo)。但沒多久，就丟了信任，主要因?yàn)樗绹?guó)的關(guān)系和家里人海外的事。

抗日時(shí)，他就跟美國(guó)軍方搭上線，開羅會(huì)議后合作多，到臺(tái)灣還管跟中情局情報(bào)交換。開始蔣介石支持，后來美國(guó)對(duì)臺(tái)政策變，蔣介石就疑心他。鄭介民弟弟鄭挺鋒和兒子鄭心平在美國(guó)住，鄭心平還入了美國(guó)籍，當(dāng)外交官。蔣介石覺得這說明鄭介民有退路，不夠忠。

1959年，臺(tái)灣商人黃陽輝搞臺(tái)灣共和黨，主張獨(dú)立，蔣介石氣壞了，讓鄭介民查。他派人監(jiān)視黃陽輝，但因?yàn)槊绹?guó)護(hù)著，黃陽輝跑去美國(guó)。

同年12月11日，鄭介民在臺(tái)北北投自宅死，官方說心臟病突發(fā)。其妻子柯漱芳不信，在葬禮上公開說蔣介石毒殺了鄭介民。蔣介石派人吊唁兩次，還追贈(zèng)他一級(jí)上將。鄭介民死時(shí)62歲，弟弟鄭挺鋒去美國(guó)定居沒半年，共和黨案剛查完幾天，他就遭斥責(zé)。

鄭介民的死在情報(bào)圈引起議論，報(bào)紙傳聞各種版本，但官方堅(jiān)持心臟病。國(guó)家安全局繼任者陳大慶接手，繼續(xù)工作。他的理論書影響了后來特務(wù)訓(xùn)練，但國(guó)民黨內(nèi)部斗爭(zhēng)沒停。鄭介民一生搞情報(bào)，參與權(quán)力爭(zhēng)斗，到臺(tái)灣還卷進(jìn)去，最終這樣結(jié)束。

柯漱芳守寡，不再提這事。鄭介民墓在新北八里，碑上刻簡(jiǎn)歷。毛人鳳早他三年死，軍統(tǒng)舊人散了。蔣介石統(tǒng)治臺(tái)灣到1975年死。鄭介民的死說明國(guó)民黨猜忌多，他的海外聯(lián)系成了要命點(diǎn)。

情報(bào)系統(tǒng)演變，國(guó)家安全局?jǐn)U大職能。鄭介民的書塵封檔案，偶爾有人看。兒子鄭心平在美國(guó)外交圈混，繼續(xù)家族海外線。鄭介民的死成謎，涉及蔣介石的私話和毒殺，但沒確鑿證據(jù)。