上期說到小智結(jié)束神奧地區(qū)的冒險，在告別了小光和小剛后他來到了合眾地區(qū)，同時武藏等人也根據(jù)老板的要求前往合眾地區(qū)執(zhí)行任務(wù)。這次老板的目標(biāo)就是要統(tǒng)治合眾地區(qū)，對此任務(wù)武藏等人全都一反常態(tài)變得嚴肅而專業(yè)。

小智這邊遇到了紅豆杉博士，對方會為新手提供寶可夢，分別是火系暖暖豬、水系小球獺以及草系葉藤蛇。而小智還意外見到了一個傳說中的寶可夢捷克羅姆，對方的雷電一度使皮卡丘失去了放電的能力，因而小智在與修帝選手的對決中落敗。

好在捷克羅姆很快就再次出現(xiàn)吸收了皮卡丘超負荷的雷電，因此皮卡丘恢復(fù)健康，小智也決定要在此進行歷練。合眾地區(qū)的聯(lián)盟大賽同樣需要集齊8枚道館挑戰(zhàn)的徽章，就這樣小智帶著皮卡丘開始了新地區(qū)的冒險之旅。很快他就遇到了第一只合眾寶可夢并開啟收服之路。

就此小智結(jié)識了立志成為龍系大師的艾莉絲，兩人一同上路，途中小智先是收服了一只咕咕鴿，再是收服了從研究所中一直跟隨自己的小球獺。之后他們還遇到了一只佩戴墨鏡的黑眼鱷，對方因為想和皮卡丘進行戰(zhàn)斗開始跟蹤小智的行動。

接著小智來到了合眾地區(qū)的對戰(zhàn)俱樂部，這里可以為寶可夢訓(xùn)練家提供場地進行對戰(zhàn)練習(xí)。在這里小智救助了一只被主人拋棄的暖暖豬，受此感動暖暖豬加入了小智的隊伍。

第二天眾人抵達了第一座道館三曜道館，小智選擇向三位館主進行BO3的挑戰(zhàn)。第一場戰(zhàn)斗暖暖豬擊敗了炎爆猴，第二場對決遇弱則弱的皮卡丘輸給了冷水猴。好在最終的決賽中小球獺擊敗了椰菜猴，于是小智順利收獲第一枚徽章挑戰(zhàn)徽章。

同時三曜道館的館主天桐決定和小智一起冒險，他想要成為頂尖的寶可夢侍酒師，因而頭頂一片綠的天桐希望通過冒險不斷磨礪自己。隨即合眾地區(qū)三人組宣告成立開始旅行。

另一邊火箭隊四處開展邪惡的行動，他們在有目的的尋找某些東西意圖借此稱霸合眾。小智這邊通過戰(zhàn)斗收服了一只葉藤蛇，不過他的寶可夢都還有待提升實力，因為在與修帝的第二次5V5對決中，小智只擊敗了對手的兩只寶可夢落敗收場。

接著大家繼續(xù)上路，途中他們幫助清理了一所幼兒園中破袋怪收藏的雜物，因此幼兒園老師贈予了小智一枚寶可夢蛋作為謝禮。之后眾人來到了第二座道館七寶道館進行挑戰(zhàn)，第一次挑戰(zhàn)小球獺和暖暖豬先后被守望鼠和約克犬擊敗，不過小智沒有氣餒而是在對戰(zhàn)俱樂部中進行特訓(xùn)，多日后他再次登門挑戰(zhàn)。

這次約克犬已經(jīng)進化成為哈蒂犬實力更上一層，好在受訓(xùn)后的小球獺和暖暖豬學(xué)會了新的技能，小球獺用水流噴射戰(zhàn)勝了守望鼠，暖暖豬用硝焰沖鋒正面碰撞擊潰哈蒂犬，于是小智收獲了第二枚徽章基礎(chǔ)徽章，戰(zhàn)后小智的寶可夢蛋孵化出了一只滑滑小子。

第二天大家繼續(xù)上路，小智先是通過感化收服了一只蟲寶包，再是遇到了先前跟蹤自己的黑眼鱷，這只黑眼鱷十分特別，原本冷酷的它竟會因為失去墨鏡而變得膽小，一番波折后它向皮卡丘提出了對決的要求，戰(zhàn)斗中黑眼鱷進化為混混鱷，不過小智指揮皮卡丘仍舊將混混鱷擊飛天際。

當(dāng)然這樣的遭遇不會讓混混鱷氣餒，小智和皮卡丘也做好了再次面對混混鱷挑戰(zhàn)的準備。