1977年8月，紀(jì)登奎在黨的“十一大”上當(dāng)選為中央政治局委員，1978年2月，他在五屆人大一次會議上被任命為國務(wù)院常務(wù)副總理，達(dá)到了自己政治生涯的巔峰。

紀(jì)登奎

但隨著“真理標(biāo)準(zhǔn)”大討論的開展和“兩個(gè)凡是”被否定，形勢對紀(jì)登奎越來越不利了。1978年10月，中央任命段君毅為河南省委第一書記、省革委會主任、省軍區(qū)第一政委。在河南當(dāng)了18年“一把手”的劉建勛從此銷聲匿跡，紀(jì)登奎兼任的河南省委書記、省革委會副主任的職務(wù)也被免去了。

段君毅上任后，首先主持召開了河南省委常委擴(kuò)大會議，會議提出1978年冬至1979年春，全省各級黨組織必須集中力量抓好3件事，其中第一件就是放手發(fā)動群眾，聯(lián)系河南實(shí)際，深入揭批林彪、“四人幫”，繼續(xù)揭批在河南推行林彪、“四人幫”路線的幾個(gè)主要人物的嚴(yán)重錯誤和罪行，迅速認(rèn)真地平反冤假錯案，進(jìn)一步落實(shí)黨的干部政策和知識分子政策，抓緊調(diào)整、充實(shí)、加強(qiáng)各級領(lǐng)導(dǎo)班子。會議期間，河南許多在“運(yùn)動”中挨整的干部要求點(diǎn)名批判紀(jì)登奎。

12月1日上午，段君毅根據(jù)省委常委擴(kuò)大會議的意見，給李先念寫信說：

我們準(zhǔn)備開一次全省電話會議，宣布否定所謂“七˙二五中央表態(tài)”，為受迫害的干部群眾平反昭雪，揭發(fā)批判劉建勛同志的錯誤。對劉建勛同志的說法，中央已有指示，對紀(jì)登奎同志怎樣說，需要斟酌。鑒于河南“運(yùn)動”中的很多問題，都是在紀(jì)登奎同志的直接指揮下干的，他的錯誤超過劉建勛，群眾的氣很大。因此我們建議，在揭批中，紀(jì)登奎同志的問題可以和劉建勛同志的問題一起提，但不登報(bào)，不廣播。

段君毅

中央很快批準(zhǔn)了河南省委的建議。12月18日至22日，黨的十一屆三中全會在北京召開，會議決定停止使用“以階級斗爭為綱”等錯誤口號，全面系統(tǒng)地糾正“運(yùn)動”的錯誤。12月19日，紀(jì)登奎在會上作了《我的初步檢討》。

紀(jì)登奎首先檢討了自己在“運(yùn)動”初期，在河南說過許多錯話，做過不少錯事，在不少場合講過許多支“派”的話，在錯誤處理鄭州大學(xué)黨委書記王培育的問題上，也是有責(zé)任的；在發(fā)槍問題上，不但同意，而且跟著講了一些所謂“武裝左派”“槍換肩”，軍隊(duì)支左要“調(diào)屁股”的謬論，犯了支一派壓一派的錯誤，打擊了許多老干部，造成許多冤案、錯案，傷害了很多地方、軍隊(duì)干部和群眾，應(yīng)負(fù)有重大責(zé)任。

紀(jì)登奎還檢討了北京天安門事件發(fā)生后，他批給劉建勛材料的錯誤；粉碎“四人幫”后，打電話給劉建勛，不要限制大字報(bào)上街，可以游行，但要好人帶頭，警惕壞人鬧事?lián)屍?。紀(jì)登奎說：“我在中央工作，又在河南兼任省委書記職務(wù)，河南的問題，我應(yīng)負(fù)有不可推卸的責(zé)任?！?/p>

紀(jì)登奎講話

最后紀(jì)登奎提出：

鑒于我所犯的錯誤，已不適宜目前我所擔(dān)負(fù)的工作。因此，我誠懇地請求中央批準(zhǔn)我不再搞常務(wù)副總理，不再分管政法、農(nóng)業(yè)、工資改革等工作。我認(rèn)為，這樣有利于大局，有利于黨的事業(yè)。
我將進(jìn)一步認(rèn)真檢查錯誤，總結(jié)經(jīng)驗(yàn)教訓(xùn)，并多讀點(diǎn)書，搞點(diǎn)調(diào)查研究，決心改正自己的錯誤。在以華國鋒同志為首的黨中央領(lǐng)導(dǎo)下，努力工作，以功補(bǔ)過，為實(shí)現(xiàn)四個(gè)現(xiàn)代化貢獻(xiàn)力量。

盡管紀(jì)登奎提出了辭職，但鄧小平?jīng)]有同意。十一屆三中全會只免去了紀(jì)登奎的北京軍區(qū)政委一職，依然保留了他中央政治局委員、國務(wù)院常務(wù)副總理的職位。

1980年2月，中央政治局召開會議，陳云在會上說：

當(dāng)前，思想僵化，林彪、“四人幫”的極左傾向依然在我們一些同志的思想中作怪，比如汪東興、紀(jì)登奎、陳錫聯(lián)、吳德4位同志，就是這樣的人，黨內(nèi)外群眾和干部檢舉、控訴他們問題的信件，雪片似的寄到中紀(jì)委。這4位同志繼續(xù)留在中央政治局，對黨的形象極為不利，我還是建議他們能主動辭去自己的職務(wù)。

陳云

不久以后，黨的十一屆五中全會在北京召開，紀(jì)登奎在會上再次向中央提出了辭職的請求。1980年4月，第五屆人大常委會第十四次會議正式免去了紀(jì)登奎的國務(wù)院副總理的職務(wù)。