1646年10月，南明隆武皇帝于福建長(zhǎng)汀被清軍俘獲并遇害，南明朝廷又一次陷入絕境。此前，福建的鄭芝龍降清，被清朝貝勒博洛誘騙押往北京，致使福建失守，湖南、江西亦相繼淪陷，清軍主力正步步緊逼兩廣。整個(gè)南明王朝風(fēng)雨飄搖，此時(shí)，清軍入關(guān)不過(guò)兩年，北京的多爾袞已經(jīng)開(kāi)始做夢(mèng)，只要再狠踹一腳，這花花江山就拿到手了！

禍不單行，同年11月，唐王朱聿鍵（紹武帝）在廣州、桂王朱由榔（永歷帝）在肇慶先后稱帝，形成二帝并立局面，令本已風(fēng)雨飄搖的南明更加混亂。面對(duì)清軍壓境，兩派勢(shì)力不思共同對(duì)敵，反而各自強(qiáng)調(diào)自己正統(tǒng)地位，開(kāi)始爆發(fā)內(nèi)戰(zhàn)。永歷帝朱由榔是崇禎的堂弟，血脈關(guān)系更親近，法統(tǒng)更正，他派人勸說(shuō)朱聿鍵降級(jí)為藩王，朱聿鍵不干。于是，11月29日，朱聿鍵糾集一幫廣東海盜勢(shì)力，與朱由榔的一萬(wàn)多南明正規(guī)軍在廣東三水縣大戰(zhàn)一場(chǎng)，紹武海盜軍大敗。永歷南明軍輕敵，乘勝追擊中反而中了海盜們的誘敵深入之計(jì)，全軍覆沒(méi)。

勝者紹武帝開(kāi)始在廣州張燈結(jié)彩慶祝勝利，然而，由佟養(yǎng)甲、李成棟率領(lǐng)的清兵已取潮州、惠州，臨近廣州，紹武政權(quán)渾然不知。十二月十五日，李成棟精選清兵300人，混入廣州城，內(nèi)應(yīng)脫去頭上的偽裝，露出辮子，揮刀大呼“大清兵到”，并斬殺一人，廣州便滿城奔潰。朱聿鐭拖了一條被子混在乞丐當(dāng)中，打算爬城墻逃走，但被追騎趕上抓獲，后自縊而殉國(guó)，結(jié)束了其四十天的統(tǒng)治。廣州內(nèi)的二十四個(gè)明朝藩王則全數(shù)被殺。

戰(zhàn)場(chǎng)失利的永歷帝意外成為南明唯一君主，但旋即面臨清軍從湖南、廣東兩路的夾擊，被迫倉(cāng)皇出逃。自12月底逃離肇慶始，永歷帝輾轉(zhuǎn)梧州、桂林、全州、柳州等地，一路驚惶。途中又遭到李自成余部郝?lián)u旗的劫掠、地方守將追捕威脅及土司搶劫，連衣服都被扒個(gè)干凈，狼狽不堪，形同流亡乞兒，南明覆滅似已指日可待。

就這樣逃了整整一年，就在南明與永歷帝瀕臨絕境之際，天下形勢(shì)卻驟然逆轉(zhuǎn)。1648年正月，清江西總兵金聲桓因?yàn)椴粷M多爾袞只給他一個(gè)總兵的職務(wù)，自認(rèn)為應(yīng)該可以當(dāng)個(gè)兩廣總督。經(jīng)過(guò)密謀，突然在南昌舉兵反正，殺掉江西所有的旗兵及滿清官吏，率江西歸明。

三月，甘肅甘州的世襲土司米喇印、部將丁國(guó)棟起事。因?yàn)槎酄栃枏?qiáng)迫他們剃發(fā)，米喇印不肯，遂決定反清。起義軍一口氣殺掉了清朝甘肅巡撫張文衡、甘肅總兵劉良臣、涼州副總兵毛鑌、肅州副總兵潘云騰、甘涼道林維造、西寧道張鵬翼，攻破蘭州，殺同知趙沖學(xué)、知縣趙翀。清政府在甘肅的統(tǒng)治幾乎全部瓦解。

這還不算完，進(jìn)入四月，剛殺了紹武帝不過(guò)一年，榮升清兩廣提督的李成棟突然也殺光兩廣的旗兵，宣布反正，響應(yīng)江西金聲桓。李成棟這個(gè)人挺復(fù)雜，不僅殺了紹武帝，還殺了紹武帝他哥隆武帝，兩撅名皇。如此大功，也不知多爾袞咋想的，李成棟想要封爵當(dāng)個(gè)總督，清廷只給了他兩廣提督，接受佟養(yǎng)甲節(jié)制。心里不服氣的李成棟就猶豫不決，預(yù)備反叛。正好此時(shí)，他的一個(gè)小妾也勸說(shuō)他不要跟著滿清混，要認(rèn)清自己的民族地位，并且以死相諫，竟然自殺了。李成棟深受觸動(dòng)，遂主動(dòng)找到永歷帝，投附了南明。

1648年年底，大同總兵姜瓖在晉陜反正，舊部云集響應(yīng)。早在1647年，湖北的王光泰與其弟王昌因兄長(zhǎng)王光恩被清廷誣陷逮捕，率部反清，攻占襄陽(yáng)、鄖陽(yáng)，擊殺清軍將領(lǐng)孫定遼，并接受南明永歷政權(quán)封號(hào)。聽(tīng)說(shuō)姜瓖反正，積極尋求北上山西，互相呼應(yīng)。四川的譚文、譚詣等殺總督李國(guó)英，歸附永歷。廣西的瞿式耜等也趁機(jī)收復(fù)失地，與廣東形成呼應(yīng)。

此即明清之際著名的“戊子五鎮(zhèn)三藩之亂”（或稱“七省綠營(yíng)兵變”），眾多降清明將紛紛倒戈。

短短一年間，清朝一統(tǒng)在望的格局被徹底粉碎。抗清力量重振旗鼓，各地烽煙再起。李過(guò)、高一功率大順軍余部重返湖南，鄭成功在閩海頻繁出擊。原本流亡無(wú)依的永歷朝廷，竟一躍成為名義上統(tǒng)轄滇、黔、桂、粵、贛、湘、川等七省的中興核心。

清朝猝不及防，陷入多地平叛的困境，耗費(fèi)兩年多至1650年方基本鎮(zhèn)壓此次大規(guī)模叛亂。但其深遠(yuǎn)影響持續(xù)發(fā)酵：兩廣得而復(fù)失，鄭氏在福建坐大，孫可望的大西軍鞏固云貴并開(kāi)始擴(kuò)軍。這直接導(dǎo)致了1652年大西軍川湘桂大反攻、鄭成功克漳州等新一輪反清高潮，嚴(yán)重撼動(dòng)清廷統(tǒng)治。正因?yàn)檫@一次七省綠營(yíng)兵變，給了永歷政權(quán)很大的機(jī)會(huì)，一直延宕到1661年才由緬甸被遣送回云南，被吳三桂勒死。

至少有相當(dāng)一部分在1644年真的投降了大清的明軍、農(nóng)民軍將領(lǐng)在1648年后悔了。以至于在南明政權(quán)已經(jīng)窮途末路、大清一統(tǒng)天下幾乎勢(shì)不可擋的狀態(tài)下，放著開(kāi)國(guó)功臣不做，都要和清朝決裂，重新去擁護(hù)那個(gè)看起來(lái)已經(jīng)毫無(wú)希望的大明。

更為嚴(yán)峻的后果是，為彌補(bǔ)兵力不足，清廷被迫啟用長(zhǎng)期雪藏的吳三桂集團(tuán)，任命其為平西王，命其率軍入陜鎮(zhèn)壓反清勢(shì)力。這才給了吳三桂機(jī)會(huì)，從北方一路殺到云南，最后坐大，到了康熙年間，掀起了三藩之亂。