許多人在歌頌洪秀全的太平天國反清事跡的時候，并沒有意識到太平天國對中華文明造成了多大的破壞，這種破壞不只是讓江南地區(qū)的千年積蓄淪為廢墟那么簡單。

洪秀全為避免天京被圍，派太平軍支持西南和西北地區(qū)的穆斯林群體崛起，并為他們提供火器，幫助訓(xùn)練，將當?shù)啬滤沽置癖娢溲b起來，使他們具備叛亂的能力。

那么為什么洪秀全會專門找到穆斯林群體并提供幫助呢？這是因為，洪秀全所創(chuàng)立的基督拜上帝教，許多的教義都和伊斯蘭教比較相似，例如信奉獨一神、認主獨一、反對偶像崇拜、禁止祭祀祖先、甚至將漢人信奉的眾神都污蔑為“邪神”等。

伊斯蘭教的這些教義，都與洪秀全的基督拜上帝教不謀而合，兩者惺惺相惜，視對方為榮辱與共的反清兄弟，而洪秀全為杜文秀提供的軍火，更使得回軍對太平軍感恩戴德，積蓄百年終于等來了機會。

洪秀全的太平軍在江南的軍事行動，導(dǎo)致西南地區(qū)的大量綠營軍隊被迫調(diào)走，兵力由此空缺，這給了杜文秀叛亂的機會。

1856年，在太平軍的援助下，杜文秀率領(lǐng)穆斯林軍隊很順利的就攻克了云南的大理，宣布“遙奉太平天國南京之號召，驅(qū)逐清妖”，表示完全接受和服從太平天國的調(diào)遣，在大理建立了伊斯蘭政權(quán)，并大力推廣阿拉伯語和傳播伊斯蘭教(這是因為伊斯蘭教必須用阿拉伯語閱讀)。

此后杜文秀在云南地區(qū)一路高歌猛進，與太平天國的翼王石達開部遙相呼應(yīng)，其勢力在巔峰時期，一度控制了滇西地區(qū)的53座州縣，幾乎占據(jù)大半個云南省。

但是對太平天國來說，只扶持一個伊斯蘭教政權(quán)遠遠不夠，所以在1859年的時候太平天國又從天京派人來到云南地區(qū)，扶持了穆斯林聚居區(qū)的李藍伊斯蘭教叛亂。

太平天國扶持的手段也很簡單，就是先通過香港走私英國的軍火，再把軍火送到云南的穆斯林地區(qū)給當?shù)厝撕唵斡?xùn)練，這樣一支能與清軍作戰(zhàn)的軍隊便誕生了。

李永和、藍朝柱等云南穆斯林將軍隊組織好以后，為響應(yīng)太平天國的號召，舉起“順天”旗，起義隊伍為“順天軍”，意思是順從天國號召的軍隊，按照太平天國的中央指示作為前線部隊，率先攻打四川。

1860年，順天穆斯林大軍和太平軍一起作戰(zhàn)攻克四川40余州縣，與石達開部太平軍合力攻陷長寧縣城，此后兩軍一直并肩戰(zhàn)斗，藍朝柱還受封為太平天國“文王”，率部進入陜西，與太平軍英王陳玉成叔父陳得才部聯(lián)合進攻陜西漢中，并與關(guān)中地區(qū)的陜回穆斯林軍隊聯(lián)合作戰(zhàn)，企圖控制川陜地區(qū)，甚至是整個西北陜甘之地。

1862年，陜甘地區(qū)也爆發(fā)了回軍叛亂，起初他們的勢力還十分弱小，手中火器寥寥無幾，在和陜甘當?shù)氐臐h人團練作戰(zhàn)當中，他們并不占上風(fēng)，雙方一直僵持。

但很快，太平天國的扶王陳得才就率太平西征軍援助陜西回軍的叛亂，渭南回軍領(lǐng)袖洪興、禹祥等人與太平軍成功接頭，引導(dǎo)其繞過西安直趨渭南。太平軍在陜甘穆斯林的武裝配合下攻陷渭南縣城，隨后東進連克華州、華陰，形成“回軍為向?qū)В杰姙橹髁Α钡淖鲬?zhàn)模式。

1863年，云南李藍回軍，陜甘回軍在潼關(guān)至西安間截獲清軍協(xié)餉銀二十萬兩，極大的支援了太平軍圍攻西安的行動，雙方的緊密合作使太平軍和穆斯林的聯(lián)軍，在陜甘地區(qū)迅速擴充至二十萬人，回軍也從最初的幾千人，擴軍至數(shù)十萬之眾。

在太平軍的援助下，回軍得以突破清軍的局部防守，一度控制渭南、華州等關(guān)中地區(qū)，甚至聯(lián)合太平軍威脅西安、漢中，影響力從陜甘局部擴展到更大范圍，吸引了更多穆斯林參與，隊伍規(guī)模繼續(xù)擴張，發(fā)展壯大為規(guī)模龐大的回軍十八大營！

在聯(lián)合作戰(zhàn)期間（如渭南之戰(zhàn)、圍攻漢中），太平軍將繳獲的清軍武器（如鳥槍、長矛、火炮）分發(fā)給回軍，幫助他們提升戰(zhàn)斗力，將城內(nèi)清軍軍械庫的物資與回軍共享，增強回軍在西北的實力。

太平軍幫助陜甘回軍攻城略地，做出巨大貢獻，又是發(fā)錢、又是給他們送武器、還教導(dǎo)他們?nèi)绾问褂?、幫助他們完善作?zhàn)部署和軍事制度，使得陜甘回軍與漢軍之間的實力平衡被打破，陜甘回軍又通過英國、土耳其和俄國，獲得了更多先進武器，至此西北百姓任人宰割，許多人在這個過程中，被迫改信了伊斯蘭教。

1864年，天京陷落，太平天國天王洪秀全已于6月病逝，其子洪天貴福（幼天王）在忠王李秀成等護送下突圍，后在江西被清軍俘獲，不久遇害，標志著太平天國核心政權(quán)的徹底滅亡，許多太平軍殘部往云南方向逃竄，成為杜文秀麾下的部隊。

例如，原太平軍將領(lǐng)李福猷等人在轉(zhuǎn)戰(zhàn)過程中，與杜文秀勢力進行聯(lián)系，其部眾中一些人后來加入了杜文秀的回軍，為其提供軍事支持和作戰(zhàn)經(jīng)驗，這些太平軍舊部的加入，增強了杜文秀的軍事實力。

所以在太平天國滅亡后，曾經(jīng)由太平天國一手喂養(yǎng)壯大的西南和西北回軍，成為繼太平天國以后最強大的地方宗教政權(quán)。

為日后伊斯蘭教扎根西南和西北地區(qū)，控制西北甘青寧馬家軍的壯大，以及信仰伊斯蘭教的廣西桂系軍閥首領(lǐng)白崇禧勢力的崛起，做出了不可磨滅的巨大貢獻。

正是太平天國的全力支持，一手造成了清末時期聲勢浩大，震驚全國的伊斯蘭教軍事集團的崛起。

曾經(jīng)數(shù)百年的時間里，他們一直都未曾引發(fā)過這么大的動靜，原因是他們?nèi)松儆秩狈ο冗M的，具有殺傷力的武器，而太平軍為其提供的軍火則是雪中送炭，使他們第一次，以碾壓之勢擊潰了周邊與自己斗爭數(shù)百年的漢人百姓。

1931年，信仰基督教衛(wèi)理公會的蔣介石任命馬步芳為青海省主席，后又授予其陸軍上將軍銜，擔任西北軍政領(lǐng)袖，因為兩者都信仰同樣認主獨一的宗教信仰，這增加了彼此之間的認同感，蔣介石為馬家軍提供大量武器裝備和槍支彈藥，使原本裝備較差的馬家軍得以改善軍備，擁有了迫擊炮、機關(guān)槍等武器，提升了戰(zhàn)斗力。

正是在蔣介石和馮玉祥等基督徒的支持下，馬家軍才在西北站穩(wěn)腳跟，牢牢控制甘青寧地區(qū)數(shù)十年之久，對此蔣介石功不可沒，受到西北穆斯林軍閥的高度贊揚。