上海
在一系列的生信分析和數(shù)據(jù)挖掘過程中，差異分析往往是第一步，|FoldChange| >2，p<0.05是我們想要的結(jié)果。即使是用 R 處理GEO、TCGA和CCLE等平臺(tái)的數(shù)據(jù)做分析，甚至是用 R 處理自測(cè)芯片或測(cè)序的數(shù)據(jù)做分析，沒有差異也是枉然。
前面我們分享了用 R 處理GEO數(shù)據(jù)，只是展示了特定基因的差異，沒有做火山圖。這次，我們參考別人的代碼，整理了火山圖繪制，內(nèi)容參考：
https://erikaduan.github.io/posts/2021-01-02-volcano-plots-with-ggplot2/
首先繪制簡(jiǎn)單的火山圖。
vol_plot # Visualise simple volcano plot 
增加標(biāo)注線
linetype = "dashed") 
增加刻度線
xlim(-8,8) 
上調(diào)和下調(diào)基因增加配色。
limits = c(-8, 8)) 
標(biāo)注興趣基因
limits = c(-8, 8)) 
此外，GEPIA數(shù)據(jù)庫(kù)中的差異基因也可以下載下來，用于火山圖繪制。這里，我們以GBM中的整合素基因家族為例，分享用GEPIA數(shù)據(jù)繪制火山圖的方法。
limits = c(-8, 8)) 
視頻講解已經(jīng)在周末直播中分享過，感興趣的小伙伴可以試試喲~
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