第二天小智正式向宇康先生提出挑戰(zhàn)，比賽場(chǎng)地為遠(yuǎn)古叢林，規(guī)則為3V3。第一個(gè)對(duì)手是狡猾天狗蜥蜴王，輕松擊敗對(duì)方。第二個(gè)對(duì)手為妙蛙花，強(qiáng)大的實(shí)力下小智的赫拉克羅斯當(dāng)即不敵。見(jiàn)狀小智派出大王燕，利用影分身和燕返戰(zhàn)勝妙蛙花。隨即宇康派出王牌寶可夢(mèng)念力土偶，它可以引動(dòng)各種自然之力并用破壞死光擊敗了大王燕。

這時(shí)在旁觀戰(zhàn)的亞希達(dá)表示念力土偶的實(shí)力非同小可，對(duì)此小智再度派出蜥蜴王進(jìn)行最后決戰(zhàn)。突然烏云蔽日，天降驟雨，這是叢林專屬的氣候。由于失去陽(yáng)光的能量，蜥蜴王的實(shí)力打了對(duì)折。得此空隙念力土偶?xì)⒄械鏊畾?，狂風(fēng)猛攻不休。連環(huán)的進(jìn)攻讓蜥蜴王傷痕累累，但是它的戰(zhàn)意仍舊高昂，小智也決不放棄。

就此在蜥蜴王的陽(yáng)光烈焰之下念力土偶被徹底擊敗，于是小智成功獲得第五枚徽章精神徽章。一番旅途后大家來(lái)到第六個(gè)對(duì)戰(zhàn)設(shè)施對(duì)戰(zhàn)塔開(kāi)啟挑戰(zhàn)，此處的首領(lǐng)名為莉拉，比賽規(guī)則為3V3。莉拉與寶可夢(mèng)之間通過(guò)精神進(jìn)行交流，第一個(gè)上場(chǎng)的胡地就先后擊敗了龍蝦小兵和肯泰羅，而作為壓軸的皮卡丘則是被第二只寶可夢(mèng)巨金怪擊敗。

不過(guò)這樣的失敗沒(méi)有讓小智氣餒，經(jīng)過(guò)修整和治療，他開(kāi)始與寶可夢(mèng)進(jìn)行心靈交流的特訓(xùn)。接著與寶可夢(mèng)心意相通的小智再度挑戰(zhàn)莉拉，這次龍蝦小兵被胡地精神控制陷入混亂，但是小智通過(guò)讓龍蝦小兵進(jìn)出精靈球從而解除混亂，隨之而來(lái)的泡沫光線一舉擊敗了胡地。

之后莉拉派出巨金怪收割殘血的龍蝦小兵，見(jiàn)狀小智召喚肯泰羅迎戰(zhàn)。只見(jiàn)肯泰羅的猛撞對(duì)決巨金怪的流星拳，氣場(chǎng)激蕩之下兩只寶可夢(mèng)同時(shí)倒地失去戰(zhàn)力。隨即比賽進(jìn)入決戰(zhàn)，皮卡丘面對(duì)太陽(yáng)伊布，這只伊布的氣勢(shì)十分驚人，亞希達(dá)看見(jiàn)后趕忙夸贊莉拉一定能夠取勝。

聞言皮卡丘施展電光一閃和十萬(wàn)伏特與伊布死斗不休，戰(zhàn)斗過(guò)程極為激烈，賽場(chǎng)被電氣磁場(chǎng)沖擊得燈光全滅，最終皮卡丘用出高壓電擊徹底戰(zhàn)勝了太陽(yáng)伊布。借此小智收獲了第六枚徽章能力徽章，總算他完成了第一階段任務(wù)，可以挑戰(zhàn)最終的對(duì)戰(zhàn)金字塔。通過(guò)這段時(shí)間的相處莉拉還對(duì)小智芳心暗許，然而一根筋的小智對(duì)此全然沒(méi)有反應(yīng)。

隨后大家繼續(xù)旅途，過(guò)程中小遙集齊五枚緞帶徽章可以挑戰(zhàn)豪華慶典。與此同時(shí)火箭隊(duì)經(jīng)歷了一場(chǎng)內(nèi)訌，他們?yōu)閷掖蔚氖』ハ嘭?zé)怪武藏和喵喵更是氣得離開(kāi)隊(duì)伍，可是長(zhǎng)久以來(lái)的羈絆絕非輕易可以斬?cái)??？粗种械氖澄镞鬟飨氲搅嗽?jīng)三人彼此依偎的畫(huà)面，最終在喵喵的撮合下武藏和小次郎重歸于好，三者互相道歉并決定攜手走過(guò)未來(lái)的風(fēng)風(fēng)雨雨。

另一邊小智等人總算找到了對(duì)戰(zhàn)金字塔并遇見(jiàn)首領(lǐng)神代，金字塔所在之地乃是波特蘭蒂斯的遺跡，這個(gè)國(guó)家曾經(jīng)想要利用鳳王的力量統(tǒng)治世界，然而由于激怒了鳳王整個(gè)國(guó)家慘遭覆滅，意外之下小智在遺跡中被波特蘭蒂斯國(guó)王的靈魂操縱。

這么多年過(guò)去國(guó)王仍舊想要稱霸世界，因此為了阻止國(guó)王神代要求進(jìn)行寶可夢(mèng)對(duì)決，雙方分別派出了雷吉洛克和蜥蜴王。戰(zhàn)斗中小智被寶可夢(mèng)的叫聲喚醒神志，他在意識(shí)中讓皮卡丘對(duì)自己施展十萬(wàn)伏特，強(qiáng)烈的電氣沖擊讓國(guó)王的邪惡靈魂離體而出，見(jiàn)狀神代用遺跡的精靈球吸收了國(guó)王的靈魂危機(jī)解除。

接著神代要求小智鍛煉自己的靈魂以免被邪惡侵蝕，而他則是駕駛著對(duì)戰(zhàn)金字塔去往下一個(gè)被發(fā)現(xiàn)的遺跡，故而小智還需要旅途的磨練才能再次挑戰(zhàn)對(duì)戰(zhàn)金字塔。路上小遙來(lái)到石英高原參加了華麗大賽的豪華慶典，這次她的成績(jī)更進(jìn)一步取得四強(qiáng)，不過(guò)從小遙傷心的淚水中可以看出她的夢(mèng)想遠(yuǎn)遠(yuǎn)不止于此。

之后經(jīng)過(guò)一路的磨練小智收服了一只長(zhǎng)尾怪手，接著他就再次找到對(duì)戰(zhàn)金字塔和正在調(diào)查遺跡的神代先生。由于另有要事在身神代決定先和小智進(jìn)行1V1比試，這場(chǎng)戰(zhàn)斗神代派出了雷吉斯奇魯，而小智則是專門取回了煤炭龜屬性克制對(duì)方，但是神代憑借與雷吉斯奇魯?shù)哪跖浜铣晒魯∶禾魁敗?/p>

在神代的教導(dǎo)下小智首次知曉要培養(yǎng)出自己的戰(zhàn)斗風(fēng)格，而這需要訓(xùn)練家與寶可夢(mèng)同心協(xié)力方能完成。當(dāng)夜神代連夜出發(fā)抓捕遺跡中指示的寶可夢(mèng)。