上期說(shuō)到小智結(jié)束合眾地區(qū)的冒險(xiǎn)，他與三色堇女士一同來(lái)到了卡洛斯地區(qū)，在此他結(jié)識(shí)了希特隆和柚麗嘉兄妹。經(jīng)過(guò)一番友好問(wèn)候，小智與希特隆準(zhǔn)備進(jìn)行寶可夢(mèng)對(duì)決，但是火箭隊(duì)的突然襲擊中斷了兩人的比試。依靠果然翁的鏡面反射，皮卡丘還被自己的電擊重創(chuàng)，不過(guò)它沒有投降，而是再度對(duì)著火箭隊(duì)用出電球猛攻。

然而回應(yīng)皮卡丘的仍舊是鏡面反射炸裂電球回?fù)舳鴣?lái)，這是小智與呱呱泡蛙的首次邂逅，在呱呱泡蛙的幫助下眾人瓦解了火箭隊(duì)的襲擊。之后小智找到了為新手提供寶可夢(mèng)的布拉塔諾博士，對(duì)方會(huì)提供焰耳狐、針栗鼠和呱呱泡蛙作為選擇。通過(guò)博士的治療，受傷的呱呱泡蛙恢復(fù)了健康，同時(shí)小智一直陪伴在呱呱泡蛙身旁悉心照料。

接著博士告訴大家關(guān)于寶可夢(mèng)的新階段進(jìn)化，這種進(jìn)化名為mega進(jìn)化，需要特殊的石頭和與訓(xùn)練家間的深刻羈絆，這是進(jìn)化之上的進(jìn)化，也有一定的持續(xù)時(shí)間。突然火箭隊(duì)再度襲擊而來(lái)，妄圖搶奪寶可夢(mèng)，過(guò)程中小智和呱呱泡蛙再度聯(lián)手趕走了火箭隊(duì)。

第二天小智告別了布拉塔諾博士，準(zhǔn)備開啟冒險(xiǎn)，這時(shí)充滿正義感的呱呱泡蛙卻出現(xiàn)在小智面前，原來(lái)它認(rèn)可了小智的實(shí)力，并想與其一同上路。就這樣小智收獲了卡洛斯地區(qū)的第一只寶可夢(mèng)，這只呱呱泡蛙將會(huì)是他今后最強(qiáng)的搭檔。

隨后希特隆和柚麗嘉也決定跟隨小智旅行，其實(shí)希特隆乃是密阿雷道館的館主，他在與小智的接觸過(guò)程中獲得了勇氣，因此他制造了一個(gè)機(jī)器人代為行使館主職責(zé)，從而他能帶著妹妹跟隨小智一同領(lǐng)略卡洛斯的風(fēng)光。

小智這邊三人在路上遇到了一只小箭雀，通過(guò)呱呱泡蛙戰(zhàn)勝對(duì)方，小智成功收服了它。接著大家就來(lái)到第一個(gè)道館白檀道館，戰(zhàn)斗過(guò)程中皮卡丘竟然敗給了溜溜糖球，小箭雀輸給了碧粉蝶，因此小智的首次挑戰(zhàn)慣例性落敗收?qǐng)觥?/p>

于是小智離開了道館，準(zhǔn)備為寶可夢(mèng)進(jìn)行特訓(xùn)，這時(shí)他在路邊遇到了一位少女訓(xùn)練家，對(duì)方名為莎莉娜，擁有焰耳狐作為初始寶可夢(mèng)。原來(lái)莎莉娜小時(shí)候曾在夏令營(yíng)中被小智救助過(guò)，從那時(shí)起她就對(duì)小智戀戀不忘，而今再次的命運(yùn)相遇她決定要和小智一同冒險(xiǎn)。

莎莉娜夢(mèng)想成為一名卡洛斯表演女王，并計(jì)劃參加寶可夢(mèng)表演大賽的三冠衛(wèi)星賽，多日后小智完成特訓(xùn)再次挑戰(zhàn)白檀道館。這次皮卡丘爆發(fā)了驚人的戰(zhàn)力，先是單打獨(dú)斗擊敗了溜溜糖球，再是通過(guò)小箭雀的消耗戰(zhàn)勝了碧粉蝶，隨即小智成功獲得第一枚徽章昆蟲徽章。

在告別了白檀道館后大家前往下一個(gè)目的地，途中眾人遇到了一只烏賊王，對(duì)方催眠操縱了君莎小姐的意識(shí)并從事著抓捕寶可夢(mèng)的勾當(dāng)。雖然小智等人成功解救了君莎小姐，不過(guò)烏賊王卻逃離無(wú)蹤，這一切似乎蘊(yùn)含著一個(gè)可怕的陰謀，同時(shí)小次郎也在這次風(fēng)波中得到了一只栗烏賊。

接著大家總算來(lái)到了第二個(gè)道館遙香道館進(jìn)行挑戰(zhàn)，第一場(chǎng)戰(zhàn)斗呱呱泡蛙擊敗了大巖蛇，第二輪交鋒皮卡丘戰(zhàn)勝了寶寶暴龍，于是小智順利獲得第二枚徽章巖壁徽章。之后眾人繼續(xù)上路并結(jié)識(shí)了卡洛斯地區(qū)的冠軍領(lǐng)袖卡露乃，對(duì)方還向小智展示了沙奈朵的mege進(jìn)化，這個(gè)進(jìn)化的條件需要寶可夢(mèng)攜帶超級(jí)石訓(xùn)練家攜帶鍵石，當(dāng)兩者的心意相通石頭共鳴時(shí)寶可夢(mèng)就能mega進(jìn)化，不過(guò)這個(gè)mega進(jìn)化在一段時(shí)間后就會(huì)恢復(fù)原狀。