同治十年（1871年）俄國以 “代收伊犁” 為名，派兵侵占了伊犁九城，到光緒元年（1875年）三月正式照會清政府聲稱 “伊犁為俄國暫時管理，若清廷無力收復新疆，俄國將永久占據”。

整個新疆除了哈密、巴里坤等地還在清軍手中，其他地區(qū)都被沙俄和阿古柏占據，阿古柏甚至建立了所謂的 “哲德沙爾汗國”，還得到了英國的暗中支持，從印度運來大批軍火，揚言要 “統一新疆”。事實上這時的新疆已基本從清朝分裂出去。

更為憂心忡忡的是此時的大清內部的 “海防” 與 “塞防” 之爭愈演愈烈，有人主張 “放棄新疆，專注海防”，甚至說 “新疆不復，于肢體之元氣無傷”。若不盡快定下主意，新疆恐怕就真的保不住了。

左宗棠知道當時日本吞并琉球，下個目標直指朝鮮，大清的海防壓力巨大，國家難以拿出錢來同時支撐海防和塞防。但他更清楚，新疆丟失，陜甘就成了前線，蒙古、直隸也將暴露在列強兵鋒之下，所謂 “心腹之患”，終將從海疆蔓延到西北內陸。

左宗棠寫了一個奏折《復陳海防塞防及關外剿撫糧運情形折》強調新疆的重要性，他有三點主張，第一，新疆是西北屏障，“重新疆者，所以保蒙古；保蒙古者，所以衛(wèi)京師”，若新疆丟失，蒙古、直隸將無險可守；第二，海防與塞防并非對立，可 “分緩急，別主次”，當前可先集中力量收復新疆，同時在沿海修建炮臺、訓練水師，待新疆平定后，再全力加強海防；第三，陜甘已具備支撐塞防的基礎，屯墾糧食可供應西征軍，稅銀可補充軍餉，無需完全依賴朝廷撥款。

左宗棠收復新疆的決心很堅定，不過奏折遞到京城后，立刻引發(fā)了更大的爭論。李鴻章在朝堂上反駁說：“當前日本虎視東南，沙俄覬覦東北，若不加強海防，恐遭列強從海上入侵。而新疆地處偏遠，氣候惡劣，收復難度極大，即使收復，也需耗費大量軍餉駐守，得不償失?！?/p>

李鴻章的觀點得到了不少大臣的認同，有些人認為“新疆土地貧瘠，不如東南富庶”，有些人認為 “西征軍已耗費軍餉數百萬兩，若繼續(xù)進軍，恐拖垮朝廷財政”。

軍機大臣兼總理衙門大臣文祥站了出來，拿著左宗棠的奏折說：“左大人在陜甘經營多年，熟悉西北局勢，他說陜甘能支撐塞防，就一定有把握。而且新疆若丟，列強必將得寸進尺，到時候不僅西北危急，東南海疆也將孤立無援，所謂‘海防’，也將成為空談?！蔽南樽鳛檎邔樱脑捠怯蟹至康?，隨后，他又列舉了左宗棠在陜甘的功績：平定陜甘之亂、推行屯墾水利、整頓吏治稅收，每一件都做得有聲有色，證明左宗棠不僅會打仗，更會治理地方，由他負責收復新疆，確實讓人放心。

經過反復的爭論，慈禧太后終于認識到新疆的重要性。她反復閱讀左宗棠的奏折，又詢問了陜甘的財政和糧食狀況，最終決定支持左宗棠的 “海防塞防并重” 主張，下旨任命左宗棠為欽差大臣，督辦新疆軍務，全權負責收復新疆事宜，同時從國庫撥款兩百萬兩白銀，作為西征軍軍餉，還允許左宗棠向外國銀行借款，以補充軍餉不足。

消息傳到蘭州，左宗棠終于松了口氣。哈密是新疆的門戶，收復它對于收復整個新疆意義重大。他立刻讓人將朝廷的旨意傳達給正在玉門關待命的劉錦棠，讓他率軍繼續(xù)西進，火速馳援哈密；同時讓人加快糧草、軍火的籌備，從陜甘各地調運糧食、槍支、火炮，經河西走廊運往前線。

光緒元年五月，劉錦棠率領的西征軍抵達哈密，成功解除了白彥虎對哈密的圍攻。捷報傳到京城，朝廷上下一片歡騰，這是一次久違的勝利。自鴉片戰(zhàn)爭以來清廷對外作戰(zhàn)是屢戰(zhàn)屢敗，清廷的自信心大受打擊，這次的勝利讓朝廷信心增強。不少原本支持 “海防” 派的大臣，也開始轉變態(tài)度，認為收復新疆有望。慈禧太后再次下旨，加撥三百萬兩白銀軍餉，并下令沿海各省協助左宗棠籌集糧草、軍火，支援新疆戰(zhàn)事。

身處前線的左宗棠冷靜的分析局勢，沙俄強大阿古柏相對弱小，制定了先打軟柿子再啃硬骨頭的方針。六月初，左宗棠抵達肅州。此時，劉錦棠已率領西征軍主力從哈密北上，向烏魯木齊進發(fā)；高連升在肅州籌備的糧草、軍械，正通過駱駝隊源源不斷地運往前線；劉典在蘭州調度的民夫，也陸續(xù)抵達河西走廊，加入糧道運輸的隊伍。

從光緒二年（1876 年）攻克古牧地、收復烏魯木齊，到光緒三年（1877 年）南下攻克達坂城、吐魯番，再到年末收復喀什噶爾、葉爾羌、和田，兩年時間里，西征軍用馬蹄和火槍，一點點將叛亂勢力趕出了新疆，除了沙俄占據的伊犁，新疆全境已重新回到大清的版圖。

擺在大清面前的最大問題就是從沙俄手里收回伊犁。