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Science丨DNA折紙疫苗實現(xiàn)“精準(zhǔn)免疫”,突破HIV廣譜抗體研發(fā)瓶頸

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撰文丨


生成廣譜中和抗體( broadly neutralizing antibodies ,bnAbs)是 HIV 疫苗設(shè)計的核心目標(biāo)1,但胚系編碼的 bnAb 前體在人類免疫庫中免疫顯性弱且數(shù)量稀少,難以通過初次疫苗接種穩(wěn)定擴(kuò)增2,3。目前常用多價抗原展示于蛋白質(zhì)納米顆粒的策略雖能增強(qiáng) B 細(xì)胞應(yīng)答,但支架蛋白自身會引發(fā)抗體反應(yīng),其是否干擾稀有 bnAb 前體擴(kuò)增尚不明確4

為解決蛋白質(zhì)支架可能引發(fā)的“抗支架反應(yīng)”對目標(biāo)表位特異性 B 細(xì)胞的競爭抑制,本研究利用 DNA 折紙技術(shù)構(gòu)建免疫惰性支架,通過精確展示抗原,探究支架特異性應(yīng)答對 bnAb 前體擴(kuò)增的影響。近日,麻省理工學(xué)院生物工程系Darrell J. Irvine團(tuán)隊與Mark Bathe團(tuán)隊合作,共同在 Science 上發(fā)表了題為

DNA origami vaccines program antigen-focused germinal centers
的文章。文章 設(shè)計并優(yōu)化了展示 HIV 胚 系靶向 免疫原( eOD-GT8 )的 DNA 折紙病毒樣顆粒( DNA-VLPs ),在對比實驗中證明其能更有效地引導(dǎo)抗原聚焦的生發(fā)中心( Germinal center , GC )反應(yīng),并顯著擴(kuò)增稀有 bnAb 前體 B 細(xì)胞,而避免引發(fā)支架特異性抗體應(yīng)答 。


為了測試 DNA-VLPs 是否能夠有效展示并遞送 HIV 胚 系靶向 抗原 eOD-GT8 ,研究團(tuán)隊合成 了直徑約 40 nm 的二十面體 DNA-VLPs ( d40-30mer ),并在其表面通過化學(xué) 偶 聯(lián)展示了 30 個 eOD-GT8 抗原。結(jié)果發(fā)現(xiàn),功能化后的顆粒保持了結(jié)構(gòu)完整性,并能有效激活表達(dá)胚系 VRC01 BCR 的 B 細(xì)胞(通過鈣信號檢測),而可溶性 eOD-GT8 單體則不能。 為了評估 DNA-VLPs 在體內(nèi)引發(fā)免疫反應(yīng)的能力 ,研究人員用 d40-30mer 對小鼠進(jìn)行初次 - 加強(qiáng)免疫。結(jié)果發(fā)現(xiàn),初次免疫后抗體反應(yīng)較弱,但加強(qiáng)免疫后, DNA-VLPs 誘導(dǎo)的抗體滴度比 eOD-GT8 單體高約 1 個數(shù)量級。同時,未檢測到針對 DNA 支架的抗體反應(yīng)。然而, 單次免疫后, d40-30mer 未能顯著增加生發(fā)中心 B 細(xì)胞或 T FH ( T follicular helper )細(xì)胞的數(shù)量,表明其作為初次免疫原效果不理想 。

為探究 d40-30mer 啟動 GC 反應(yīng)能力弱的原因 ,研究比較了其與蛋白納米顆粒 p60mer 在淋巴結(jié)中的分布。結(jié)果顯示, d40-30mer 主要滯留在淋巴結(jié)的被膜下竇和 髓竇 巨噬細(xì)胞區(qū)域,而 p60mer 則能通過凝集素途徑激活補(bǔ)體,進(jìn)而被濾泡樹突狀細(xì)胞捕獲并長期滯留于濾泡中。體外實驗證實, d40-30mer 與甘露糖結(jié)合凝集素( Mannose-binding lectin , MBL )和補(bǔ)體蛋白 C3 的結(jié)合能力顯著低于 p60mer 。 基于補(bǔ)體激活依賴于抗原密度的假設(shè) ,研究團(tuán)隊設(shè)計了一系列不同尺寸和抗原拷貝數(shù)( 30 或 60 個)的 DNA-VLPs 。結(jié)果顯示,抗原密度最高的 d30-60mer 在體外與 MBL/C3 的結(jié)合最強(qiáng),在體內(nèi)也能被濾泡樹突狀細(xì)胞( Follicular dendritic cells , FDCs )捕獲。 免疫后, d30-60mer 引發(fā)了比 eOD 單體高約 15 倍的抗原特異性 GC B 細(xì)胞頻率,且效果是 p60mer 的約 3 倍,表明高抗原密度是驅(qū)動 DNA-VLPs 靶向濾泡并擴(kuò)增抗原特異性 B 細(xì)胞的關(guān)鍵 。

由于 DNA-VLPs 本身不提供 T 細(xì)胞表位 ,研究者將通用輔助 T 細(xì)胞表位 PADRE 融合到 eOD-GT8 的 C 端。結(jié)果顯示, d30-60mer-PADRE 顯著增強(qiáng)了早期抗 eOD 抗體反應(yīng),并增加了 GC B 細(xì)胞和 Tfh 細(xì)胞的頻率。雖然其引發(fā)的 GC 總體規(guī)模仍小于 p60mer ,但其中抗原特 異性 GC B 細(xì)胞的頻率和總數(shù)均顯著高于 p60mer ,說明 引入合成 T 細(xì)胞幫助可優(yōu)化 DNA-VLPs 引發(fā)的 GC 反應(yīng) 。

為了在更接近人類的生理背景下評估 DNA-VLPs 能否避免支架競爭并實現(xiàn) “ 免疫聚焦 ” ,研究使用人源化 VH1-2 小鼠模型進(jìn)行免疫。結(jié)果顯示, DNA-VLP ( d30-60mer-PADRE )引發(fā)的 GC 中,近 60% 的 GC B 細(xì)胞是 CD4bs 表位特異性的 。 而 p60mer 引發(fā)的 GC 中,同時存在大量(約 13% )支架特異性 B 細(xì)胞,其表位特異性 B 細(xì)胞僅占約 20% 。 DNA-VLP 免疫將表位特異性與脫靶 B 細(xì)胞的比例提高了 25 倍 。 通過 BCR 測序分析免疫后 GC B 細(xì)胞的克隆組成,研究發(fā)現(xiàn),與 p60mer 相比, DNA-VLP 免疫能更有效地富集具有 VRC01 類 bnAb 前體特征的 B 細(xì)胞克?。ㄈ鐢y帶關(guān)鍵 CDRL3 基序 CQQYXX )。這些前體細(xì)胞在 DNA-VLP 組中出現(xiàn)的頻率更高, 且更多 克隆攜帶 5 個氨基酸長度的 CDRL3 ,這與天然 bnAb 的結(jié)構(gòu)特征更接近,表明 DNA-VLPs 在啟動稀有 bnAb 譜系方面更具優(yōu)勢 。


DNA-VLPs 的原子模型

(粉色:優(yōu)化的 DNA-VLP 的分子模型,展示了 60 個 eOD-GT8-PADRE 拷貝。金色: PADRE ,泛 HLA DR 結(jié)合表位)

綜上,該文章展示了 通過合理設(shè)計的 DNA-VLPs 能夠作為一種免疫惰性、抗原展示精準(zhǔn)的疫苗平臺,在體內(nèi)有效靶向 B 細(xì)胞濾泡并引發(fā)強(qiáng)烈且高度抗原聚焦的生發(fā)中心反應(yīng)。與傳統(tǒng)的蛋白質(zhì)納米顆粒相比, DNA-VLPs 成功避免了支架特異性抗體反應(yīng)的產(chǎn)生,從而顯著減少了生發(fā)中心內(nèi)競爭性 B 細(xì)胞的干擾,使得稀有、低免疫顯性的廣泛中和抗體前體 B 細(xì)胞在單次免疫后得以高效擴(kuò)增與富集 。對疫苗設(shè)計領(lǐng)域具有重要推進(jìn)意義,尤其為針對 HIV 等難治性病原體的廣譜中和抗體疫苗研發(fā)提供了新策略。

https://doi.org/10.1126/science.adx6291

制版人: 十一

參考文獻(xiàn)

1. B. F. Haynes et al., Strategies for HIV-1 vaccines that induce broadly neutralizing antibodies.Nat. Rev. Immunol.23, 142–158 (2023). doi: 10.1038/s41577-022-00753- w;pmid : 35962033 .

2. R. K. Abbott, S. Crotty, Factors in B cell competition and immunodominance.Immunol. Rev. 296, 120–131 (2020). doi: 10.1111/imr.12861; pmid: 32483855 .

3. J. G. Jardine et al., HIV-1 broadly neutralizing antibody precursor B cells revealed by germline-targeting immunogen.Science351, 1458–1463 (2016). doi: 10.1126/ science.aad 9195; pmid: 27013733 .

4. G. D. Victora, M. C. Nussenzweig, Germinal centers.Annu. Rev. Immunol.40, 413–442 (2022). doi: 10.1146/annurev-immunol-120419-022408; pmid: 35113731 .

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