同治十一年（1872年）正月，左宗棠派清軍主力進攻河州太子寺，企圖一舉殲滅馬占鰲部。馬占鰲深知清軍勢大，硬拼難以持久，于是制定了“誘敵深入、設(shè)伏殲敵”的戰(zhàn)術(shù)。

他下令義軍在太子寺外圍修筑堡壘，故意示弱，引誘清軍進入預(yù)設(shè)的埋伏圈。清軍果然中計，貿(mào)然進軍，陷入義軍的包圍之中。激戰(zhàn)中，清軍主將傅先宗被義軍擊斃，清軍全線潰敗，太子寺戰(zhàn)役以義軍大勝告終。

勝利后的馬占鰲并沒有多少喜悅。他清楚地知道，清廷國力雖衰，但瘦死的駱駝比馬大，僅憑河州一地的義軍，難以對抗全國的清軍。而長期戰(zhàn)亂也讓回民深受其害，田園荒蕪、民不聊生，繼續(xù)戰(zhàn)爭只會讓回民的處境更加艱難。

左宗棠也在思考鎮(zhèn)壓策略，連續(xù)的軍事失利讓他意識到，單純依靠武力無法徹底平定回民起義，必須尋找“以回制回”的突破口。

就在此時，馬占鰲主動派使者前往清軍大營，表達投降的意愿。左宗棠大喜過望，立即同意談判。

談判中，馬占鰲提出了三個條件：

一是保全河州回民的生命財產(chǎn)；

二是保留部分義軍編制，改編為清軍；

三是由回族上層管理河州的回民事務(wù)。

左宗棠為了盡快穩(wěn)定西北局勢，全部答應(yīng)了這些條件。

同治十一年二月，馬占鰲率領(lǐng)義軍正式降清，清廷授予他游擊銜，其部下馬悟真、馬永瑞等也分別獲得官職，義軍被改編為三旗馬隊，歸河州鎮(zhèn)總兵節(jié)制。

馬占鰲的降清，成為清廷“以回制回”政策的開端。清廷通過接納馬占鰲，不僅瓦解了回民起義的重要力量，還獲得了一個能夠有效管控西北的代理人。

馬占鰲降清后，清廷通過扶持馬占鰲等回族上層，讓他們替代官府管理回民事務(wù)，同時利用他們的軍事力量鎮(zhèn)壓殘余的起義勢力，實現(xiàn)西北的穩(wěn)定。

清廷對馬占鰲的義軍采取了“改編留用”的策略，將其部編為三旗馬隊，兵力約三千人，仍由馬占鰲擔(dān)任督帶，馬悟真、馬永瑞分任左右旗官帶，馬海晏擔(dān)任督標(biāo)中營管帶。

這支軍隊名義上是清軍，實則保持了高度的獨立性，軍官任免、士兵招募均由馬占鰲說了算，成為馬家的私人武裝。

同治十一年下半年，馬占鰲率領(lǐng)馬家軍配合清軍，鎮(zhèn)壓了河州周邊的殘余起義勢力，攻克了多個義軍據(jù)點。隨后，他又率軍前往西寧，協(xié)助清軍鎮(zhèn)壓馬桂源領(lǐng)導(dǎo)的回民起義。馬家軍熟悉當(dāng)?shù)氐匦魏突孛窳?xí)俗，作戰(zhàn)勇猛，屢立戰(zhàn)功，成為清廷鎮(zhèn)壓西北回民起義的重要力量。

通過參與鎮(zhèn)壓，馬家軍不僅獲得了清廷的嘉獎，還借機擴充了實力。清廷為了鼓勵馬家軍，不斷給馬占鰲等人晉升官職，馬占鰲從游擊逐步升任總兵、提督，其部下也多有升遷。

同時，馬家軍在鎮(zhèn)壓過程中，收編了部分潰散的義軍，兵力從三千人擴充到五千余人，武器裝備也得到了改善，成為西北一支不可忽視的軍事力量。

為了穩(wěn)定西北，清廷將河州等地的回民事務(wù)管理權(quán)交給了馬占鰲等人。馬占鰲被任命為河州鎮(zhèn)總兵，不僅掌控軍事大權(quán)，還參與地方行政事務(wù)。

此外，清廷還將河州的部分經(jīng)濟權(quán)力下放給馬占鰲，允許他征收部分賦稅，用于軍隊開支和地方建設(shè)。

馬占鰲利用這些權(quán)力，積極發(fā)展地方經(jīng)濟，鼓勵回民開墾荒地、發(fā)展貿(mào)易，河州逐漸成為西北的商業(yè)重鎮(zhèn)，馬家也通過掌控經(jīng)濟資源，積累了大量財富，進一步鞏固了自己的地位。

清廷對回民的宗教活動始終保持警惕，而馬占鰲作為回族宗教領(lǐng)袖，成為清廷管控回民宗教活動的重要依托。清廷規(guī)定，河州的清真寺修建、宗教首領(lǐng)任免、教義傳播等事務(wù)，必須經(jīng)馬占鰲同意后才能上報官府審批，馬占鰲實際上擁有了宗教事務(wù)的初審權(quán)。

馬占鰲積極配合清廷的宗教管控政策，他下令拆毀了部分新教清真寺，查禁了新教典籍，禁止新教傳播。同時，他扶持順從清廷的老教門宦，任命自己的親信擔(dān)任清真寺阿訇，通過宗教影響力約束回民的行為。清廷通過馬占鰲，將宗教管控的觸角延伸到回民社會的最底層，實現(xiàn)了對回民宗教活動的有效控制。

馬占鰲去世后，其長子馬安良繼承了他的職位和勢力。馬安良延續(xù)了父親“效忠清廷、以回制回”的策略，不斷擴大馬家軍的規(guī)模和影響力。而光緒二十一年（1895年）爆發(fā)的河湟事變，成為馬家勢力進一步擴張的重要契機。

河湟事變是由伊斯蘭教新老教派之爭引發(fā)的回民起義，起義軍迅速攻占了循化、河州、西寧等地，西北局勢再次陷入動蕩。清廷派董福祥督辦甘肅軍務(wù)，鎮(zhèn)壓起義。董福祥知道馬家軍的實力和影響力，于是邀請馬安良率領(lǐng)馬家軍參與鎮(zhèn)壓。

馬安良接到命令后，立即率領(lǐng)馬家軍出征。他采取“分化瓦解、各個擊破”的策略，首先勸說部分起義軍將領(lǐng)投降，然后集中兵力攻打頑固抵抗的起義軍據(jù)點。

馬家軍在鎮(zhèn)壓過程中表現(xiàn)突出，先后攻克了河州康家崖、西寧南川等重要據(jù)點，斬殺了起義軍首領(lǐng)馬永琳、韓努力等，為平定河湟事變立下了汗馬功勞。

河湟事變后，馬安良被升為總兵銜副將，所部馬家軍從五營擴充到十營，兵力達一萬余人。馬安良的親信馬福祿、馬福祥兄弟也因戰(zhàn)功升任記名提督、游擊等職，各自掌控了一部分軍隊。

此外，清廷還將西寧、固原等地的部分軍政大權(quán)交給了馬家勢力，馬安良掌控河州、馬福祿掌控固原、馬福祥掌控中衛(wèi)，馬家勢力的范圍從河州擴展到甘肅、寧夏、青海的廣闊區(qū)域。

此時的馬家軍，已經(jīng)從一支改編的義軍，成長為西北最強大的地方勢力之一，馬家軍閥的雛形正式形成。

清末，隨著辛亥革命的爆發(fā)，清廷統(tǒng)治搖搖欲墜，西北局勢陷入混亂。馬家勢力抓住這一歷史機遇，形成了“甘馬”“寧馬”“青馬”三大派系，成為名副其實的地方軍閥。

辛亥革命爆發(fā)后，甘肅的革命黨人發(fā)動起義，試圖推翻清廷在甘肅的統(tǒng)治。馬安良率領(lǐng)馬家軍堅決鎮(zhèn)壓革命黨起義，先后擊敗了蘭州、天水等地的革命黨人，保住了清廷在甘肅的統(tǒng)治。

雖然清廷最終滅亡，但馬安良通過鎮(zhèn)壓革命黨，鞏固了自己在甘肅的地位，成為甘肅最具影響力的軍事力量。

民國成立后，北洋政府為了穩(wěn)定西北局勢，承認(rèn)了馬家勢力的地位，任命馬安良為甘肅提督，馬福祥為寧夏護軍使，馬麒為青海鎮(zhèn)守使。

馬家勢力借助北洋政府的認(rèn)可，進一步擴大了自己的勢力范圍：馬安良掌控甘肅中部和西部，馬福祥掌控寧夏全境，馬麒掌控青海全境，形成了三足鼎立的格局。