在清朝的歷史中，前面提到過，蒙古人一直是備受滿清青睞和信任。為什么這樣呢？因?yàn)闈M族統(tǒng)治者認(rèn)為蒙古與滿洲一衣帶水，風(fēng)俗衣冠相同，有著共同的對(duì)手明朝。在曾經(jīng)強(qiáng)大的明朝面前，他們就像是一對(duì)抱團(tuán)取暖的難兄難弟。很有意思的是，雖然朝鮮人也是可以爭取的對(duì)象，但自努爾哈赤時(shí)期起，滿清自始至終也沒有將朝鮮人真正視為如同蒙古人一般同生共死、同甘共苦的好兄弟?；蛟S，這和朝鮮曾經(jīng)對(duì)明朝數(shù)百年以來的赤膽忠心有關(guān)吧，滿清心里一直記著這筆賬。

八旗制度是努爾哈赤創(chuàng)建的，初期大部分成員為滿洲人，又稱滿洲八旗。隨著對(duì)蒙古的不斷控制，將歸附的蒙古人編入八旗滿洲之內(nèi)，并沒有獨(dú)立成旗。后來，鑒于蒙古人對(duì)于清政權(quán)穩(wěn)固的重要性，皇太極將蒙古軍分為左右二營，各營將領(lǐng)同為固山額真，從此蒙古軍隊(duì)便正式成為獨(dú)立單位，自成一旗。再之后，天聰八年（1634年），皇太極又將蒙古軍分成了兩旗。天聰九年（1635年），隨著察哈爾各部降眾到來，皇太極正式將混編于滿洲八旗的蒙古軍分編為八旗。八旗蒙古自此正式成立，與八旗滿洲并列為后金的主要武裝力量。

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與蒙古八旗純系軍事組織不同的是，清朝還不斷加強(qiáng)對(duì)歸附蒙古各部的管理，一視同仁把清王朝的法律制度完全施行于蒙古各部。經(jīng)過一系列的措施，漠南蒙古各部已經(jīng)完全成為后金政權(quán)不可分割的一部分，極大地增強(qiáng)了后金的軍事、政治和經(jīng)濟(jì)力量，同時(shí)也嚴(yán)重的削弱了明朝的防御力量，這也是清王朝在入關(guān)之前能夠取勝明朝的一個(gè)關(guān)鍵因素。

在大清成就基業(yè)的軍事、政治力量中，除了滿洲八旗和蒙古八旗之外，還有一支極其重要的決定性的力量，一支決定清朝未來命運(yùn)的力量。

前面提到過，努爾哈赤起兵反明初期，對(duì)遼東地區(qū)漢族人的燒殺搶掠極其野蠻和慘絕人寰，但是隨著后金版圖的不斷擴(kuò)大，滿族人口相對(duì)較少的弊端不斷顯現(xiàn)，打仗的士兵、發(fā)展經(jīng)濟(jì)的勞動(dòng)力，都得需要有大量的人口做基墊。因此屠城式的殺戮政策因?yàn)樾蝿菟柚鸩竭M(jìn)行了改變，特別是對(duì)于勸降歸附的明朝士兵和漢族民眾編入滿洲八旗等相應(yīng)的安置。像最初撫順的李永芳，開原的金玉和，后金都仍然按照明軍的舊制，原來的將領(lǐng)統(tǒng)轄其歸附的各部，隸屬滿洲八旗。在拿下遼沈后，對(duì)于歸附的漢人按丁分撥給滿漢官員管轄。

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就事論事，雖然明軍在與后金軍對(duì)壘中經(jīng)常吃敗仗，但論其士兵的軍人素養(yǎng)自然還屬明軍。無論努爾哈赤還是皇太極都深知這一點(diǎn)，于是在軍隊(duì)建設(shè)方面，一方面不斷地加強(qiáng)學(xué)習(xí)明軍的優(yōu)點(diǎn)，另一方面直接將歸附的明軍按牛錄分編到后金軍中，協(xié)助滿洲八旗兵守城或作戰(zhàn)。在皇太極即位后，后金軍兩次在寧遠(yuǎn)、錦州被明軍用西洋大炮打敗，更使他深切感覺到利用漢人掌握這種先進(jìn)武器很有必要。因此，將能夠熟練掌握火炮、長槍的漢兵充實(shí)到長槍和火炮部隊(duì)中，進(jìn)一步增強(qiáng)了部隊(duì)的戰(zhàn)斗能力。

隨著漢軍數(shù)量的不斷擴(kuò)大，八旗滿洲和八旗蒙古漸漸無法容納，于是創(chuàng)建漢軍八旗提上了日程。

天聰五年（1631年），明將孔有德、李九成在山東宣布起義叛明，在遭到明軍的強(qiáng)力鎮(zhèn)壓后退守登州，決計(jì)突圍投奔后金。天聰六年（1632年）十一月，孔有德、耿仲明攜帶家眷，率萬余名士兵分乘數(shù)百只戰(zhàn)船，撤出登州，投奔后金。

孔有德、耿仲明叛明有其內(nèi)在原因。第一，孔有德、耿仲明均為遼東人，此前曾是毛文龍的部下，彼此交往很密切。毛文龍?jiān)谄u被袁崇煥軍令處斬后，孔、耿被山東登萊巡撫孫元化征用。第二，身處異地他鄉(xiāng)寄人籬下的孔、耿與孫元化在用兵上產(chǎn)生矛盾，在被孫元化派往遼東增援時(shí)，在吳橋縣遭遇大雪，沒吃沒喝軍心混亂，士兵們便搶掠百姓財(cái)物，這時(shí)正好遇到孫元化派遣去塞外購買馬匹的參將李九成，孔有德和他經(jīng)過密議，確定叛明。

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孔、耿率領(lǐng)龐大的隊(duì)伍投奔后金，對(duì)皇太極來說是一個(gè)巨大的鼓舞，可以說更加堅(jiān)定了他實(shí)現(xiàn)宏偉目標(biāo)的信心和決心，同時(shí)也增加了對(duì)漢軍的信任和倚重?？?、耿歸順后，皇太極隆禮相待，按孔、耿叛明時(shí)的自封號(hào)，正式宣布封孔有德為都元帥，耿仲明為總兵，賜給敕印。同時(shí)為他們營建府第，保持他們軍隊(duì)的編制，旗下漢兵沒有遭受滿人歧視之感，這一措施得到了廣大漢軍的擁護(hù)。不久，孔、耿率軍便協(xié)同八旗滿洲攻克了旅順城。

皇太極稱皇帝后，將漢人組成的部隊(duì)特許孔有德、耿仲明以及尚可喜三人獨(dú)立分管，權(quán)力同八旗旗主的類同。天聰七年（1633年）七月，皇太極在漢軍中抽調(diào)1580人，組成一騎漢軍，令漢官馬光遠(yuǎn)統(tǒng)領(lǐng)。這是正式建立漢軍旗八旗之始，到皇太極去世的前一年，漢軍八旗徹底完成建制，旗色、名稱、官員設(shè)置一如八旗滿洲之制，唯一不同的是，八旗漢軍旗主皇帝可以隨時(shí)撤換，八旗滿洲旗主則是世襲。

總的來說，孔、耿、尚的叛明，令明牽制后金的遼東沿海防線土崩瓦解，給整個(gè)大明朝造成了嚴(yán)重的政治影響和心理影響。

漢軍八旗的創(chuàng)建有力地增強(qiáng)了清朝的武裝力量，加深了對(duì)漢族廣大人民進(jìn)一步控制，同時(shí)也是對(duì)漢族歷史地位給予了某種肯定，一定程度上緩解了滿、蒙、漢三族之間的矛盾，對(duì)于后來清朝奪取整個(gè)大明江山具有重要意義。