1937年11月，上海失守之后，日軍分成幾路朝南京推進(jìn)。那時(shí)候，國民政府開始往西邊轉(zhuǎn)移，南京城里不少官員都走了。蕭山令當(dāng)時(shí)是憲兵副司令，他接手了多項(xiàng)工作，包括代理首都警察廳長、戰(zhàn)時(shí)南京市長、代理南京警備司令、防空司令，還有渡江總指揮這些職位。其他官員離開后，這些職責(zé)就落到他頭上，他得負(fù)責(zé)維持城里秩序和防御事宜。

11月26日，蕭山令正式擔(dān)任南京市長，同時(shí)兼管憲兵部隊(duì)。他手下有幾個(gè)憲兵團(tuán)，外加一些警察和保安力量，總共算起來有數(shù)千兵力。他把這些部隊(duì)分成幾個(gè)部分部署，一部分守在光華門一線，另一部分在清涼山陣地，還有一部分在下關(guān)負(fù)責(zé)渡江秩序，城內(nèi)巡邏的也有一隊(duì)，最后留出一部分作為機(jī)動力量，隨時(shí)支援需要的地方。

日軍推進(jìn)得快，12月1日就開始對南京發(fā)起全面進(jìn)攻。蕭山令指揮部隊(duì)在城外外圍陣地阻擊，憲兵部隊(duì)在清涼山和明故宮這些防區(qū)布防，利用地形和工事跟日軍打。12月6日，唐生智離開后，蕭山令代理首都衛(wèi)戍司令長官職務(wù)，繼續(xù)指揮防御。他下令部隊(duì)設(shè)立清涼山防區(qū)，包括從清涼山到草場門一帶，由憲兵團(tuán)把守，還有明故宮防區(qū)，也由憲兵團(tuán)負(fù)責(zé)。

12月8日，日軍突破了外圍防線，逼近城墻。蕭山令調(diào)整部署，讓部隊(duì)依托城墻和河道抵抗。12月9日，日軍攻占了光華門和附近的防空學(xué)校，蕭山令派憲兵營去增援通濟(jì)門的守軍。日軍飛機(jī)分批轟炸陣地，步兵和坦克跟進(jìn)進(jìn)攻，憲兵部隊(duì)抵抗后，日軍暫時(shí)后撤。那天晚上，清涼山情況緊急，蕭山令下令破壞水西門外的橋梁，憲兵部隊(duì)增援陸軍師，在城內(nèi)展開戰(zhàn)斗，縮短防線到淮清河和逸仙橋一帶。

12月10日，日軍第六師團(tuán)和第一百十四師團(tuán)進(jìn)攻雨花臺，憲兵部隊(duì)跟日軍第四十五聯(lián)隊(duì)打得激烈。蕭山令指揮憲兵第二團(tuán)和第十團(tuán)在雨花臺上新河和江東門一線抵抗，擊退了日軍多次沖鋒。部隊(duì)用自動武器射擊，擋住了日軍推進(jìn)。12月11日，唐生智報(bào)告雨花臺和安德門這些地方失守，憲兵部隊(duì)繼續(xù)在陣地跟日軍第四十五聯(lián)隊(duì)交火，死傷不少，但沒讓日軍輕易通過。

12月12日拂曉，日軍援軍到了，用炮擊水西門和清涼山陣地，裝甲部隊(duì)進(jìn)攻。蕭山令接到守軍突圍的命令，部署部隊(duì)多方向突圍。除了第八十三軍執(zhí)行突圍，其他部隊(duì)都往下關(guān)方向擁去。中午時(shí)分，雨花臺和紫金山陣地失陷，蕭山令率憲兵和憲警在儀鳳門外跟追擊的日軍打。部隊(duì)在城郊設(shè)伏，擊潰了日軍第四十五聯(lián)隊(duì)的一個(gè)大隊(duì)。后來因?yàn)闃蛄罕徽?，部?duì)轉(zhuǎn)向下關(guān)撤退。

那天晚上，撤退命令傳到蕭山令那里時(shí)，已經(jīng)比其他部隊(duì)晚了點(diǎn)。下關(guān)江邊亂成一團(tuán)，船只不夠用。蕭山令指揮部隊(duì)集結(jié)在花旗營待命，限時(shí)趕到江邊。部隊(duì)沿中山路出挹江門，路上被民眾和車輛堵住。到了江邊，缺乏船只，他就下令用木筏渡江，很多官兵落水。日軍騎兵追到，用機(jī)槍掃射軍民。蕭山令率沒渡江的部隊(duì)跟日軍沖殺，在儀鳳門外和下關(guān)江邊跟日軍巷戰(zhàn)，殺傷了日軍進(jìn)攻部隊(duì)。

12月13日清晨，日軍騎兵和海軍逼近江邊，蕭山令率部在江邊跟日軍打了好幾個(gè)小時(shí)。部隊(duì)彈藥用盡，全軍傷亡殆盡。蕭山令在下關(guān)江邊射殺自己，身體挺立在江水邊。南京在那天淪陷，日軍進(jìn)入城內(nèi)。憲兵部隊(duì)在整個(gè)過程中抵抗到最后，沒人投降。

南京城破后，日軍在城內(nèi)展開行動。因?yàn)閼棻筷?duì)在江邊多堅(jiān)持了半天，很多平民得以渡江逃生。蕭山令的部隊(duì)在保衛(wèi)戰(zhàn)中損失慘重，大部分官兵為國捐軀，僅有少數(shù)生還。國民政府后來追贈蕭山令陸軍中將銜位，并給遺屬發(fā)了撫恤。憲兵部隊(duì)在外圍陣地和城內(nèi)巷戰(zhàn)中，給日軍造成了殺傷，尤其在雨花臺和光華門這些地方，阻滯了日軍推進(jìn)。

整個(gè)保衛(wèi)戰(zhàn)從11月18日打響，到12月13日結(jié)束，中國軍隊(duì)在南京外圍和城內(nèi)跟日軍交火。蕭山令從接手職責(zé)開始，就組織部隊(duì)構(gòu)建工事，維持治安，掃除間諜。在戰(zhàn)斗中，他多次派兵增援薄弱環(huán)節(jié)，比如在通濟(jì)門和明故宮陣地。日軍用飛機(jī)和坦克進(jìn)攻時(shí)，憲兵部隊(duì)用手頭武器還擊，堅(jiān)持了幾天。

撤退階段，部隊(duì)在下關(guān)組織渡江，用拆下來的材料扎筏子，分批運(yùn)人過江。日軍艦艇進(jìn)入江面，封鎖了部分渡口，炮擊不斷。憲兵部隊(duì)分成幾班，一班維持秩序，一班扛材料，一班在岸邊阻擊追兵。江邊戰(zhàn)斗中，部隊(duì)跟日軍騎兵和裝甲部隊(duì)交鋒，用近身武器搏斗。

1984年7月21日，民政部頒發(fā)革命烈士證明書給蕭山令。2014年，他的名字進(jìn)了國家級抗日英烈名錄。在南京挹江門外的一個(gè)公園，有塊石碑標(biāo)記他率部陣亡的地方。保衛(wèi)戰(zhàn)中，蕭山令指揮的不是一線野戰(zhàn)軍，而是憲兵和警察力量，他們在城防崩潰后，還在江邊掩護(hù)撤退。

話說回來，那場戰(zhàn)斗暴露了不少問題，比如命令前后不一致，部隊(duì)各自為政。蔣介石下達(dá)撤退預(yù)令后，唐生智還喊死守，導(dǎo)致混亂。官員們紛紛離開，只剩蕭山令挑起擔(dān)子。他從代理多個(gè)職位開始，就得處理防御和撤離事宜。憲兵部隊(duì)在清涼山防區(qū)和明故宮防區(qū)守了十多天，給日軍殺傷，但自己也付出代價(jià)。

12月9日那天，日軍投勸降書，蕭山令讓人回?fù)?，沒接受。部隊(duì)在陣地用步槍和機(jī)槍射擊，擋住日軍波次進(jìn)攻。明故宮遭到攻擊后，部隊(duì)激戰(zhàn)一小時(shí)，退到河橋一線。晚上巷戰(zhàn)中，憲兵給日軍重大打擊。12月12日，日軍炮擊陣地，憲兵修補(bǔ)工事，準(zhǔn)備接戰(zhàn)。

突圍命令下來后，部隊(duì)擁向下關(guān)，交通堵塞，很多人在門洞被擠。蕭山令組織殘部在江邊防線，掩護(hù)渡江。日軍從陸水兩路夾擊，部隊(duì)在灘頭上困住，跟日軍血戰(zhàn)。整個(gè)過程，憲兵沒退縮，堅(jiān)持戰(zhàn)斗到彈盡。

蕭山令的結(jié)局是自殺殉國，遺體不知去向。國民政府追晉他中將，認(rèn)可了他的貢獻(xiàn)。憲兵部隊(duì)在保衛(wèi)戰(zhàn)中，參與了從外圍阻擊到城內(nèi)抵抗，再到撤退掩護(hù)的全過程。他們配備的武器包括沖鋒槍，在近距離作戰(zhàn)中發(fā)揮作用。