另一邊N也在四處救援被等離子隊抓捕的寶可夢，在與小智等人再次相遇后他們還一同展開行動，同時小智讓大木博士召回了噴火龍并進(jìn)行遠(yuǎn)程傳輸。接著小智的噴火龍還與艾莉絲的快龍展開了一場巔峰對決，就這樣噴火龍再度回歸小智身邊。

之后大家遇到了N先生的同伴巴貝娜與荷蓮娜，原來三人曾被等離子隊的首領(lǐng)魁奇思收養(yǎng)利用，不過他們發(fā)現(xiàn)了魁奇思的陰謀后就脫離了等離子隊。

接著大家來到了此行目的地龍螺旋之塔，這里有著一顆光明石傳聞是萊希拉姆的另一種形態(tài)。就在這時等離子隊襲擊而來，他們想要復(fù)活操控萊希拉姆以此獲得神之力量，隨即兩方爆發(fā)了激烈的交鋒。過程中皮卡丘被電波操控失去意識，無奈之下N交出了光明石以此為條件讓等離子隊中斷電波。

此刻獲得光明石的等離子隊開始復(fù)活儀式，在漫天的烈焰中萊希拉姆從光明石中現(xiàn)出身形，見狀魁奇思通過電波機(jī)器操控了萊希拉姆，同時他還不守諾言的再度用電波控制了皮卡丘等寶可夢。千鈞一發(fā)之際皮卡丘靠著與小智的羈絆恢復(fù)神智，火箭隊也幫助皮卡丘攔下了其他被操控的寶可夢。

隨即皮卡丘用強(qiáng)力的電勁破壞了電波發(fā)射裝置，因此等離子隊的陰謀被成功瓦解國際刑警將其逮捕。就此風(fēng)波告一段落萊希拉姆也返回云層，而N先生則是選擇與兩位女伴再次展開旅行。

一段時間后小智決定通過水路返回關(guān)東地區(qū)，這個航線會經(jīng)過杰可羅拉群島，艾莉絲和天桐也繼續(xù)陪同小智進(jìn)行最后的冒險。在杰可羅拉群島中大家見到了許多新奇的寶可夢領(lǐng)略了無數(shù)美麗的風(fēng)光，也留下了數(shù)不盡的歡聲笑語。小智甚至又培育出了一只巴大蝶并且與對方揮淚作別，同時眾人還結(jié)識了來自卡洛斯地區(qū)的新朋友三色堇。

不過天下沒有不散的宴席，再長的航行也終有靠岸的一天。不知不覺間大家來到了枯葉市彼此也到了分別之時，一路的相伴他們都互相從對方身上學(xué)到許多。今天艾莉絲將前往煙墨道館進(jìn)行修行，天桐也會在關(guān)東地區(qū)獨自歷練，于是眾人選擇在動車站分手。

當(dāng)車門關(guān)上的一刻也意味著新旅途的開啟，之后小智與三色堇一同返回真新鎮(zhèn)，再一次見到母親，再一次見到曾經(jīng)的寶可夢同伴。小智的心間涌起了對未來的無限熱情，他的夢想沒有改變，他要成為世界第一的寶可夢大師。

下一站將會是三色堇的故鄉(xiāng)卡洛斯地區(qū)，小智立志要在那里的聯(lián)盟大賽中獲得冠軍。對此母親雖然不舍，但也同樣希望能夠早日聽到兒子奪冠的歡呼。她為小智做好了新的衣服與新的帽子，這份守護(hù)將會永遠(yuǎn)陪伴小智。

就此神奇寶貝第四部超級愿望落下尾聲，即將揭開的會是卡洛斯地區(qū)的冒險以及甲賀忍蛙。后續(xù)的故事更加精彩，我們不見不散。謝謝大家，拜拜！