1996年，人革黨丟權(quán)后開會整頓，前領(lǐng)導(dǎo)集體辭職，恩赫巴亞爾被推上主席位。他學(xué)歐洲社會黨套路，改革黨內(nèi)機(jī)制，加強(qiáng)培訓(xùn)，拉年輕人入黨，黨員從8萬漲到15萬。建影子內(nèi)閣盯對手弱點(diǎn)，1997年選舉翻盤，人革黨重掌議會。2000年大選拿72席，他當(dāng)總理到2004年，手握經(jīng)濟(jì)外交大權(quán)，推動礦業(yè)開發(fā)，但資金流向官員多，基層沒沾光。國外出訪頻繁，俄羅斯美國日本大學(xué)給他名譽(yù)博士，民眾覺得他愛體育，像摔跤籃球，形象還行。

2004年轉(zhuǎn)任國家大呼拉爾主席，2005年總統(tǒng)選舉得票超半，當(dāng)上蒙古第三任總統(tǒng)。上臺就喊美國是第三鄰國，想避開中俄影響，拉西方投資。2005年小布什訪蒙，兩人簽經(jīng)濟(jì)援助和軍事合作協(xié)議，蒙古拿了資金，但礦業(yè)熱潮中腐敗傳聞四起。恩赫巴亞爾涉嫌低價(jià)賣國有酒店給親戚，挪公款搞私人項(xiàng)目，貧富差距拉大，民眾不滿聲漸起。他家族在首爾買房產(chǎn)，子女移民，為后路埋伏筆。

2009年總統(tǒng)選舉，恩赫巴亞爾敗給民主黨額勒貝格道爾吉，成為首位沒連任的蒙古總統(tǒng)。下臺后沒閑著，2012年4月12日開記者會，甩300頁材料，指責(zé)對手涉2008年選舉騷亂。那騷亂因舞弊鬧得街頭沖突，死幾人，國家緊急狀態(tài)。他的舉動像反撲，但次日反貪局突襲家門，抓走他，罪名濫用職權(quán)，具體是總理時(shí)賤賣國有資產(chǎn)，總統(tǒng)時(shí)挪電視資金。

2013年8月，額勒貝格道爾吉總統(tǒng)赦免他，理由健康問題，但還掛緩刑，得定期匯報(bào)。釋放后低調(diào)，但擔(dān)心再被追責(zé)，黨友幫著盤算。韓國那邊有房產(chǎn)和關(guān)系，沒引渡條約，成了首選。2014年10月6日，從醫(yī)院溜走，直飛首爾，蒙古政府反應(yīng)過來已晚，發(fā)通緝令，韓國不理。他選擇韓國，一是佛教紐帶，二是早年投資房產(chǎn)，三是家人已入籍。

逃亡后，恩赫巴亞爾在首爾低調(diào)住公寓，偶爾參加佛教活動，寫回憶錄，過普通日子。蒙古司法尷尬，2017年缺席判他四年，但執(zhí)行不了。人革黨影響力下滑，2016年大選輸慘。額勒貝格道爾吉穩(wěn)坐，但經(jīng)濟(jì)難題沒解，礦業(yè)仍靠鄰國。恩赫巴亞爾親美政策拿援助，卻沒改變蒙古地緣困境，國家司法權(quán)威遭質(zhì)疑。