1644年5月。大順軍西撤，扼守山西，蜻蜓不敢輕易南下。山東，河北等地的大順地方政權(quán)被明朝官紳顛覆。濟(jì)南，山東和豫東地區(qū)有兩三個(gè)月處于無政府的局面。

五月二十五月日，清廷派明朝的祥臣方大猷前往山東進(jìn)行招撫。

6月21日清軍進(jìn)入德州，”濟(jì)王”朱帥炊及其部下仍然想要拒絕降清。但他的部下皆為烏合之眾，又得不到史可法的援助。德州知州張有芳害怕地方受牽連，四處游說。朱帥炊被迫解散部眾，歸順清廷。至此，清軍在兵力不足的情況下輕易拿下山東大批州縣。

由于清兵有限，接管山東之后，多爾袞便將清軍召回，準(zhǔn)備合攻太原等地的大順軍。而那時(shí)的洪荒朝廷偏安江左，并沒有趁清軍離開時(shí)，收復(fù)及時(shí)收復(fù)失地。相反，清方的王鏊永、方大猷僅憑清朝聲威就接管山東各州縣。

然山東仍有許多地方不愿意恢復(fù)清朝，自發(fā)地組織抗清，如在省會濟(jì)南不遠(yuǎn)的新泰縣，在大順政權(quán)委派的縣令周祚鼎的帶領(lǐng)下，6次拒絕王鏊永，方大猷的招降。

面對山東各地的抗清農(nóng)民起義，清朝官員束手無策。清朝的接管僅僅是名義上的，但統(tǒng)治力量很薄弱。

其中最有名的就是青州之變。原于大順軍失聯(lián)的一支軍隊(duì)，在旗鼓趙應(yīng)元和投降大順的原明朝官員楊王林的率領(lǐng)下來到青州。他們于1644年九月二十九日以入城拜會為名，進(jìn)入青州城內(nèi)。王鏊永以為趙應(yīng)元等人是來降清的，不料趙應(yīng)元卻把他給殺了。

趙應(yīng)元反清并不是為了做皇帝，而是擁立明朝。他于十月初八日扶持衡王，卻不知這位所謂的衡王早已在七月時(shí)降清了。趙應(yīng)元招兵買馬，增強(qiáng)抗清力量。

王鏊永被殺，清廷山東巡撫方大猷惶恐，連忙請求清廷多派些清兵過來協(xié)助。清廷派了人過來，又聯(lián)合降清的明朝官員當(dāng)說客進(jìn)入青州城勸降趙應(yīng)元。面對清廷的誘降，趙應(yīng)元上了當(dāng)，在宴席上被擊殺，他的部下也悉數(shù)被殺。

與山東毗鄰的河南省也面臨著復(fù)雜的形勢。由于大順軍的西撤，這塊地被各方勢力爭奪，既有大順政權(quán)，也有原明朝的官紳，還有清廷、地方土賊等。大順實(shí)際控制的地區(qū)只剩豫西等部分地區(qū)。

1644年五月至十月，清廷主力沒有南下，隨著大順軍的西撤，大順對山東和河南等地的逐漸喪失控制權(quán)。

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