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Advanced Science|巴洛沙韋骨架的“跨界改造”獲得具有體內(nèi)外強(qiáng)效抗HSV-1活性的pUL15C抑制劑

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單純皰疹病毒(HSV)為人群中感染率最高的致病DNA病毒之一,分為HSV-1與HSV-2兩種亞型。其中HSV-1主要引發(fā)口唇皰疹,也可導(dǎo)致眼部感染(皰疹性角膜炎)甚至致命性的中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染(皰疹性腦炎);HSV-2則以生殖器皰疹為主要病癥,并與新生兒感染及HIV傳播風(fēng)險升高密切相關(guān),F(xiàn)行臨床一線藥物(阿昔洛韋、伐昔洛韋及泛昔洛韋等)均通過競爭性抑制病毒DNA聚合酶而阻斷復(fù)制,然而該策略僅可縮短發(fā)作期1–2天,且在免疫抑制患者中耐藥株檢出率逐年上升。盡管2020年后上市的普瑞利韋(pritelivir)通過靶向解旋酶-引物酶復(fù)合體提供了新作用機(jī)制,但抗病毒譜與耐藥屏障仍有限,臨床亟需結(jié)構(gòu)新穎、靶點(diǎn)獨(dú)特、可覆蓋耐藥株的下一代藥物。


近日,西班牙馬德里自治大學(xué)Luis Menéndez-Arias教授聯(lián)合山東大學(xué)展鵬/劉新泳團(tuán)隊(duì)在國際權(quán)威期刊Advanced Science》(影響因子?:14.3,中科院1區(qū)Top期刊)上發(fā)表題為“Discovery of a Baloxavir-Inspired Endonuclease lnhibitor That Prevents Herpes Simplex Virus 1 Replication in Cell Culture and In Vivo”的研究論文。研究團(tuán)隊(duì)作者以HSV-1末端酶(terminase)pUL15C亞基為切入點(diǎn),借鑒已上市抗流感藥物巴洛沙韋酸(baloxavir acid)的螯合機(jī)制,運(yùn)用“優(yōu)勢結(jié)構(gòu)再定位”策略,設(shè)計(jì)并合成了一系列多環(huán)吡啶酮衍生物,最終獲得高活性候選物L(fēng)N-7。該化合物通過阻斷病毒DNA的切割與包裝,在細(xì)胞及動物層面均表現(xiàn)出顯著抗病毒活性,且對阿昔洛韋耐藥株保持敏感性,為首個針對HSV基因組包裝環(huán)節(jié)的抗病毒候選分子。


HSV-1末端酶由pUL15、pUL28與pUL33三種亞基組成,是病毒將長串聯(lián)體DNA切割成單體并注入衣殼的“分子馬達(dá)”。其中,pUL15的C端(pUL15C)兼具核酸內(nèi)切酶活性與序列特異性識別功能,其晶體結(jié)構(gòu)(PDB code: 4IOX)顯示該域?qū)儆诮饘匐x子依賴性酶家族,催化核心通過雙金屬離子機(jī)制水解磷酸二酯鍵,與流感病毒PA核酸酶及HIV整合酶具有相似的拓?fù)涮卣。鑒于巴洛沙韋酸可螯合PA亞基的Mg2?/Mn2?從而阻斷cap-snatching過程,作者推測其多環(huán)吡啶酮母核亦可能移植至pUL15C抑制劑設(shè)計(jì)。保留母核金屬螯合核心并對下方三芳環(huán)系統(tǒng)進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化,經(jīng)兩輪“設(shè)計(jì)-合成-評價”循環(huán),最終發(fā)現(xiàn)候選化合物L(fēng)N-7。

為解析作用模式,研究團(tuán)隊(duì)以HSV-1 pUL15C晶體結(jié)構(gòu)(PDB code:4IOX)為模板,結(jié)合人巨細(xì)胞病毒同源蛋白pUL89C(PDB code: 6EY7)補(bǔ)充活性位點(diǎn)Mn2?離子,并通過分子動力學(xué)模擬重建缺失的603–613與686–704柔性環(huán)區(qū),構(gòu)建獲得LN-7–pUL15C復(fù)合物穩(wěn)定模型。模擬結(jié)果顯示,LN-7的多環(huán)吡啶酮三羰基系統(tǒng)通過三個氧原子與Mn2?形成五元螯合環(huán),同時其聯(lián)苯側(cè)鏈與Phe512及Arg695分別產(chǎn)生π-π堆積與陽離子-π相互作用,從而立體阻擋DNA底物進(jìn)入催化中心。定點(diǎn)突變實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步證實(shí),F(xiàn)512A或R695A突變均導(dǎo)致酶活性喪失,提示上述殘基雖非底物接觸位點(diǎn),卻通過“門控”機(jī)制調(diào)控抑制劑結(jié)合,為后續(xù)結(jié)構(gòu)優(yōu)化提供明確方向。


藥代動力學(xué)與安全性評估表明,LN-7在雄性SD大鼠中口服吸收良好,絕對生物利用度為48.4 %,消除半衰期(t1/2,po = 5.54 h)與低血漿清除率(Cl < 5 mL·min?1·kg?1)支持一日一次給藥;組織分布容積(Vd > 2 L/kg)提示藥物可廣泛到達(dá)潛在潛伏部位。連續(xù)5天灌胃75 mg·kg-1·d-1的急性毒性實(shí)驗(yàn)未觀察到動物死亡、體重下降或肝腎功能指標(biāo)異常,主要臟器未見組織病理學(xué)改變,初步治療指數(shù)> 1000。體內(nèi)藥效學(xué)采用BALB/c小鼠HSV-1全身感染模型,在預(yù)防性(感染前1 d給藥)與治療性(感染后2 h給藥)兩種方案下,LN-7均能將肺、腦及嗅球中的病毒滴度降低1–2 log??(p < 0.01),療效與等劑量阿昔洛韋相當(dāng);與阿昔洛韋聯(lián)合應(yīng)用未出現(xiàn)毒性疊加,提示其具備單藥或聯(lián)合治療開發(fā)潛力。


綜上,LN-7作為首個靶向HSV基因組包裝過程的小分子抑制劑,兼具明確的機(jī)制、良好的體外活性、藥代動力學(xué)特征、安全性及體內(nèi)藥效,為HSV感染(尤其耐藥毒株感染)的治療提供新型候選藥物。本研究涉及的“優(yōu)勢結(jié)構(gòu)再定位”策略與針對新冠、猴痘、基孔肯雅病毒等新發(fā)與再發(fā)病毒藥物研發(fā)的首選策略——“老藥新用”(即,首先篩選已知的同家族病毒抑制劑)異曲同工,拓展了快速發(fā)現(xiàn)原創(chuàng)抗病毒藥物研發(fā)的新途徑。

Luis Menéndez-Arias教授與山東大學(xué)展鵬/劉新泳團(tuán)隊(duì)在基于靶標(biāo)(聚焦金屬酶)的抗病毒藥物研究領(lǐng)域具有長期的緊密合作,運(yùn)用優(yōu)勢結(jié)構(gòu)聚焦庫構(gòu)建與表型篩選發(fā)現(xiàn)多類高效低毒的HIV RNase H抑制劑,在Drug Resist Updat、Acta Pharm Sin B、Drug Discov Today、J Mol Biol、Chem Soc Rev等共同發(fā)表文章19篇,共同主編專著《Antiviral Drug Discovery and Development》,申報國際專利1項(xiàng)。

本研究是雙方前期合作的深化與拓展。西班牙馬德里自治大學(xué)博士研究生Sabina Andreu、山東大學(xué)博士后唐凱以及山東大學(xué)碩士研究生周加慧為第一作者。該工作得到國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、山東實(shí)驗(yàn)室項(xiàng)目等資助。

原文鏈接:https://doi.org/10.1002/advs.202508006

附:山東大學(xué)藥學(xué)院抗病毒藥物研發(fā)團(tuán)隊(duì)招聘博士后啟事https://www.pharm.sdu.edu.cn/info/1051/20123.htm

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