故事來到了潛伏者在保衛(wèi)者的武器研究所奪取了神秘的超級戰(zhàn)士血清和綠巨人遺體后，他們將其運往了自己一個位于地下的生化實驗室，在這個地區(qū)，潛伏者開展了對強化血清的研發(fā)，目的是更好強化人體，隨著一段時間的研究后，他們終于開發(fā)出來了初代版本的強化血清，準備尋求一部分人來進行人體試驗。

很快，一群傭兵就被示意來到進行強化血清的實驗，他們開始被注射了強化血清，原本，在研究員看來，這些被注射了強化血清的人勢必會得到身體上的強化，可試驗卻大大出乎了他們的預(yù)料，因為他們發(fā)現(xiàn)了一個非?？膳碌氖虑?，就是這些注射了強化血清的傭兵們開始變得異常暴躁，并且他們完全不受任何控制。

而且更要命的地方是這些人開始肆無忌憚攻擊其他人，但凡被他們抓傷的人，也很快會被感染成新的感染體，此時，研究員們很快便呼叫了救援，企圖鎮(zhèn)壓這些不受控制的感染體，但要命的事情出現(xiàn)了，就是參與鎮(zhèn)壓的士兵們發(fā)現(xiàn)，他們非但救不了其他人，甚至很多士兵還反過來被他們感染成了同類，瞬間整個實驗室就被生化幽靈占領(lǐng)了。

故事來到了生化幽靈危機爆發(fā)的一年多以后，生化幽靈早已遍布了整個世界各地，各地都爆發(fā)了生化危機，保衛(wèi)者和潛伏者早已正式聯(lián)起手共同應(yīng)對這場生化危機，可是，也因為生化幽靈的巨大的戰(zhàn)爭價值，讓不少人動起了歪心思，他們抓捕了一些生化幽靈，并且對這些生化幽靈進行了改造，企圖將其打造成能夠控制的軍事武器。

經(jīng)過他們的科研人員的研發(fā)改造后，新一代的生化幽靈出現(xiàn)了，當然，為了測試這種生化幽靈的戰(zhàn)斗力，于是，他們將其投放到了聯(lián)合作戰(zhàn)部隊作戰(zhàn)的前線陣地上面，事情也跟他們預(yù)想的一樣，即便配備了重型火力的聯(lián)合部隊，被這種新型生化幽靈打得找不到北，這群人躲在背后也獲得了非常不錯的一手數(shù)據(jù)。

自從二代生化幽靈出現(xiàn)在戰(zhàn)場過后好幾年，此時，人們已經(jīng)開始習慣了生化幽靈的情況，也琢磨出來了應(yīng)對的辦法和策略，可就在這個時候，一個新的神秘組織Blitz再次開始開發(fā)新一代的生化幽靈，他們在一個神秘的東方國度開展了此次項目的研發(fā)，他們將一種神秘的僵尸基因血液注入到生化幽靈里面，使得這些生化幽靈獲得更加強大的感染能力。