沒(méi)錯(cuò)，第一個(gè)反應(yīng)是有內(nèi)鬼。因?yàn)樯奖舅褂玫碾妶?bào)采用的是戰(zhàn)略級(jí)密碼，這種密碼僅有海軍大臣、軍令總長(zhǎng)以及各司令長(zhǎng)官有權(quán)使用。山本自認(rèn)為這套密碼絕不可能被破譯，除非有人故意泄露了他的行程。海軍方面立刻成立調(diào)查組，并隨即做出三項(xiàng)指示：

第一，立即派出搜救人員，活要見(jiàn)人，死要見(jiàn)尸；

第二，嚴(yán)格封鎖消息；

第三，懷疑通訊密碼可能已被美軍破譯，著手展開(kāi)調(diào)查。

這一思路其實(shí)非常正確。調(diào)查人員嚴(yán)格審查了所有知悉山本行程的人員，包括聯(lián)合艦隊(duì)司令部、第八艦隊(duì)司令部的軍官，以及負(fù)責(zé)發(fā)送和接收相關(guān)電文的通信人員，但并未發(fā)現(xiàn)任何泄密證據(jù)。所有相關(guān)人員背景清白、忠誠(chéng)可靠。

不過(guò)，有一個(gè)人始終無(wú)法核查，他就是聯(lián)合艦隊(duì)航空參謀市井舍治，山本乘坐飛機(jī)的主要航線正是由他規(guī)劃的。然而，市井舍治本人也在事故中喪生，根本無(wú)法對(duì)其進(jìn)行審問(wèn)。作為聯(lián)合艦隊(duì)司令部成員，他加害山本五十六的可能性幾乎為零。

日本人寧愿猜測(cè)有內(nèi)鬼，也始終沒(méi)料到是自己的密碼被破譯了。因?yàn)樗麄儗?duì)這套密碼極具信心，且在山本出事前三周剛剛更換了亂數(shù)表，更覺(jué)得密碼絕無(wú)被破譯的可能。

為了驗(yàn)證密碼是否真的被破譯，日軍還搞了一次“釣魚執(zhí)法”：他們用同樣的加密方式發(fā)報(bào)，稱東南艦隊(duì)司令長(zhǎng)官將按某條路線、于某時(shí)某分抵達(dá)某地，隨后真的安排了飛機(jī)按此路線飛行。

這份電報(bào)同樣被美軍成功破譯。精明的美國(guó)人一眼就看穿了日軍的伎倆。他們深知這套密碼的重要性，不僅沒(méi)有實(shí)施攔截，反而在擊斃山本后，持續(xù)派遣少量飛機(jī)進(jìn)行低空偵察，將擊斃山本的行動(dòng)偽裝成一次意外事件。沒(méi)想到，日本人竟然真的信了。

日軍最終的調(diào)查結(jié)果，是將此次事件定性為意外。日本航空專家也分析了美軍的行動(dòng)細(xì)節(jié)，尤其是P-38戰(zhàn)斗機(jī)群精準(zhǔn)的伏擊時(shí)機(jī)與地點(diǎn)。他們注意到，美軍機(jī)群是從瓜島起飛的，這個(gè)航程已經(jīng)達(dá)到了P-38的續(xù)航極限，必須經(jīng)過(guò)精確計(jì)算才能勉強(qiáng)執(zhí)行任務(wù)。

在他們看來(lái)，如果美軍預(yù)先得知了山本的行程，絕不會(huì)采取這種毫無(wú)把握的方式，畢竟只需幾十秒的誤差，整個(gè)行動(dòng)就會(huì)失敗。因此，日軍將美軍的行動(dòng)解釋為：美軍巡邏機(jī)偶然發(fā)現(xiàn)了山本座機(jī)，隨即呼叫遠(yuǎn)程戰(zhàn)斗機(jī)前來(lái)攔截，并非有預(yù)謀的作戰(zhàn)行動(dòng)。

綜合各類調(diào)查報(bào)告后，日軍最終得出結(jié)論：山本遇襲確實(shí)是一場(chǎng)意外。此前，尼米茲還曾擔(dān)心日本人會(huì)意識(shí)到密碼被破譯，一旦更換密碼，后續(xù)作戰(zhàn)將陷入被動(dòng)。沒(méi)想到日本人竟自行找借口，徹底打消了對(duì)密碼的懷疑。那么，美國(guó)人為何能如此迅速地破譯日本海軍的密碼？

首先，美國(guó)破譯日軍密碼本就有基礎(chǔ)，中途島海戰(zhàn)時(shí)期便已打下了扎實(shí)的底子。中途島戰(zhàn)敗后，日本人并未意識(shí)到是密碼被破譯，只是出于安全考慮更換了密碼。

不過(guò)，美國(guó)人的運(yùn)氣格外好：1943年1月，一艘盟軍軍艦擊沉了一艘日本潛艇，而這艘潛艇上恰好攜帶了最新的密碼本。日軍有嚴(yán)格規(guī)定，緊急情況下必須銷毀所有密碼本。但由于潛艇是被突然擊沉的，船員根本沒(méi)有足夠時(shí)間完全執(zhí)行銷毀程序。

日軍后續(xù)也曾試圖摧毀潛艇殘骸，且他們認(rèn)為潛艇沉沒(méi)的水深超過(guò)70米，這個(gè)深度根本無(wú)法進(jìn)行打撈，密碼本理應(yīng)已被銷毀。可他們顯然低估了美國(guó)人的決心與打撈技術(shù)，美軍潛水員在黑暗渾濁的潛艇殘骸中反復(fù)搜尋，最終真的找到了這本關(guān)鍵的密碼本。

山本出行時(shí)，兩架飛機(jī)共搭載了聯(lián)合艦隊(duì)司令部的9名高級(jí)軍官，最終7人死亡、2人受傷，聯(lián)合艦隊(duì)的指揮系統(tǒng)頓時(shí)陷入癱瘓。第二艦隊(duì)司令長(zhǎng)官近藤信竹格外焦急，在山本五十六死后第三天，他依舊沒(méi)有等來(lái)大本營(yíng)的回復(fù)。

當(dāng)時(shí)，山本此前發(fā)動(dòng)的所羅門群島空戰(zhàn)仍在持續(xù)，一天也沒(méi)有停歇；而下一步計(jì)劃在吉爾伯特群島附近開(kāi)展的軍事行動(dòng)，也因缺少簽字審批陷入停滯。近藤信竹不知道是否該繼續(xù)執(zhí)行這些計(jì)劃，畢竟重大軍事行動(dòng)牽一發(fā)而動(dòng)全身。更讓他擔(dān)憂的是，據(jù)情報(bào)分析，美軍在北太平洋也即將有軍事動(dòng)作。

俗話說(shuō)，“軍不可一日無(wú)帥”。聯(lián)合艦隊(duì)已經(jīng)連續(xù)三天沒(méi)有司令長(zhǎng)官。在與山本司令部的殘余參謀成員溝通后，近藤信竹以第二艦隊(duì)司令長(zhǎng)官的名義，向海軍大臣和軍令總長(zhǎng)發(fā)報(bào)，希望能暫時(shí)代理聯(lián)合艦隊(duì)的指揮權(quán)。

但此時(shí)卻面臨一個(gè)棘手的問(wèn)題，山本的大將旗還在東南艦隊(duì)，自4月3日山本前往前線后，東南艦隊(duì)司令部便一直懸掛著這面大將旗。在日本海軍中有一個(gè)傳統(tǒng)，誰(shuí)的旗幟級(jí)別高，就聽(tīng)誰(shuí)的指揮。而近藤信竹的軍銜只是中將，如果讓中將旗指揮大將旗，無(wú)異于直接暴露大將司令官出事的事實(shí)。

可當(dāng)時(shí)山本死亡的消息仍是絕對(duì)機(jī)密，近藤信竹只能焦急地等待大本營(yíng)的指示。幾天后，古賀峰一被任命為聯(lián)合艦隊(duì)新任司令官，這一困境才得以解決。

4月21日，山本等人的遺體在布因火化；兩天后，他的骨灰被運(yùn)回了位于特魯克的旗艦“武藏”號(hào)。5月17日，載著山本骨灰的“武藏”號(hào)戰(zhàn)列艦從特魯克起航，于5月21日駛?cè)霒|京灣。同日下午，日軍大本營(yíng)正式發(fā)布了山本的死訊，并將山本的國(guó)葬儀式安排在1943年6月5日。

葬禮在東京日比谷公園舉行，整個(gè)葬禮的花費(fèi)相當(dāng)于當(dāng)時(shí)半架零式戰(zhàn)斗機(jī)的造價(jià)。不知道山本五十六自己如果有選擇的話，是愿意用這筆錢造飛機(jī)，還是給自己辦這樣一場(chǎng)葬禮？