陽歷已經進入2026年，陰歷蛇年還沒進入2025年臘月。在這個冬天已經到來，春天快要開始的時間，我們再做一次單細胞21天打卡學習。許諾果友的空間組和上游分析教程因為各種原因擱置，深感抱歉。馬年，我們一定會呈現給大家。書歸正傳，說回單細胞。說句實在話，都2026年了，如果還不懂單細胞，就跟幾年前不知道生信一樣，已經落伍了。

當然，更大的困惑是，我們知道了生信，學會了代碼，但是仍然不能開展一個課題，發(fā)表哪怕一篇論文！換句話說，“學了這么多代碼，卻連一篇論文都發(fā)不了"。簡直是過去常說的那句“讀了那么多書，卻仍然過不好人生！”的翻版！當溫州醫(yī)科大學的本科生可以發(fā)表40多篇論文，這就說明生信論文發(fā)表周期是快于傳統的基礎研究論文的。問題不是生信，而在于做生信分析的人。

生信不是全能的，寫代碼也并不是做科研！有句話說，有道無術，術尚可求；有術無道，止于術。用在科研上，這里的道就是科研思維，這里的術就是寫代碼或者生信分析。很多小伙伴可能學會了寫代碼，做生信分析，但就是沒有掌握科研思維，或者片面點說，沒有掌握生信思維，而只是學到了一些代碼，有的甚至代碼也沒學好。

歡迎加入，單細胞21天打卡學習！

因此，想做課題，發(fā)論文，最重要的反而不是代碼，而是科研思維。思維這個東西本身就是形而上的，看不見、摸不著，但卻真真切切地存在，像風、像電，是科學，而非玄學。只要是科學，他就有規(guī)律，就可以被我們學習，就有方法。最好的科研思維培訓，既不在大佬們的會議分享或課堂上，也不在一系列培訓課上（包括我們的集訓課和周末論壇），而在于每一個實際推進、實際落地的課題之中。說白了，就是經典文獻！

會議主題：單細胞學習總動員

會議時間：2026/01/11 19:00-20:00

發(fā)起主持：芒果師兄

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#會議號：612-439-406

經典文獻之所以經典，就在于他們把形而上的科研思維具象化了。我們從經典文獻中提煉出科研元素，然后自由組合，實踐落地，就能做出新課題了。因此，這次單細胞21天打卡學習，我們從“一篇頂百篇”的10篇經典文獻開始。本次解讀，我們換個視角，可能會帶給大家耳目一新的感覺。

如果說生信分析有啥用，那就是，沒課題的時候幫著找課題，沒機制的時候幫著找機制。如果說生信分析怎么做，上面三句話就夠了。近期被這句話點醒：在單細胞、多組學的背景下，對腫瘤微環(huán)境中關鍵免疫細胞亞群的深入研究變得至關重要。忽然發(fā)現，好多經典文獻就是這樣做的，只是當時已惘然。

經典文獻101。2020年Cancer Cell雜志上題為Cooperation between Constitutive and Inducible Chemokines Enables T Cell Engraftment and Immune Attack in Solid Tumors的研究論文。該研究首先篩選并驗證趨化因子CCL5和CXCL9與腫瘤中CD8+ T 細胞的浸潤相關。再通過一系列實驗鑒定和確認CCL5來源于腫瘤細胞，CXCL9則源于單核細胞和樹突狀細胞，是被干擾素-γ誘導表達的。Fig3的結論是CXCL9可能與腫瘤中淋巴細胞的募集有關，且CXCL9主要由腫瘤相關巨噬細胞和樹突狀細胞產生。Fig1~Fig3屬于表型探究，Fig4屬于機制探究，Fig5~Fig7屬于臨床意義探究。

精讀文獻102。2018年5月，Immunity雜志發(fā)表題為Co-inhibitory Molecule B7 Superfamily Member 1 Expressed by Tumor-Infifiltrating Myeloid Cells Induces Dysfunction of Anti-tumor CD8+ T Cells的研究論文。阻斷PD-1/PD-L1通路可使部分腫瘤中的CD8+ T 細胞恢復活力，但有些腫瘤抗PD-1治療總體反應率僅為 20%~30% ，表明可能存在驅動 T 細胞耗竭的其他機制。B7H4在多種實體瘤被發(fā)現，且與患者預后和腫瘤中 T 細胞的浸潤負相關。因此，B7H4是腫瘤免疫療法一個有希望的候選靶點。

精讀文獻103，尋找新型免疫檢查點分子。通訊作者是陳列平教授。自1990年代開始一直致力于免疫共刺激、共抑制分子的免疫調控機制及其在腫瘤和其他疾病中的轉化研究。2019年1月，在Cell雜志上發(fā)表題為Fibrinogen-like Protein 1 Is a Major Immune Inhibitory Ligand of LAG-3的研究論文，基于cDNA文庫質粒高通量轉染，并通過結合實驗和阻斷實驗，首次發(fā)現并證明，纖維介素蛋白1（FGL1)是LAG-3的抑制性功能配體，揭示其在腫瘤免疫中的作用。

精讀文獻104，CRISPR文庫高通量篩選體系、驗證策略。2021年9月，Nature雜志發(fā)表題為Inter-cellular CRISPR screens reveal regulators of cancer cell phagocytosis的研究論文。該研究通過CRISPR文庫雙篩選系統，在巨噬細胞中使用全基因組篩選，發(fā)現并鑒定G蛋白偶聯受體GPR84增強了對APMAP缺陷腫瘤細胞的吞噬作用，揭示了對抗體誘導吞噬作用易感腫瘤的內在調節(jié)因子。

芒果文獻105，外泌體 PD-L1 與腫瘤免疫逃逸。2018年8月，Nature雜志發(fā)表題為Exosomal PD-L1 contributes to immunosuppression and is associated with anti-PD-1 response的論文；2019年4月，Cell雜志發(fā)表題為Suppression of Exosomal PD-L1 Induces Systemic Anti-tumor Immunity and Memory的論文。兩篇論文的核心是腫瘤細胞釋放外泌體PD-L1，并通過淋巴系統或血液流到淋巴結，遠程影響并阻止免疫細胞的抗腫瘤作用。因此，外泌體攜帶的PD-L1不是關閉腫瘤表面的免疫反應，而是在免疫細胞到達腫瘤之前就抑制了免疫細胞。

芒果文獻106，可溶性蛋白PCSK9與腫瘤免疫逃逸。2020年11月，Nature期刊發(fā)表題為Inhibition of PCSK9 potentiates immune checkpoint therapy for cancer的論文。該研究發(fā)現，腫瘤細胞通過分泌 PCSK9 抑制腫瘤細胞MHC-I類分子抗原肽的呈遞，同時抑制殺傷性 T 細胞表面TCR的表達，從而抑制抗腫瘤免疫。通過基因刪除或PCSK9抗體抑制劑的功能缺失實驗，可增加MHC-I類分子在腫瘤細胞表面的表達，從而促進細胞毒性 T 細胞在腫瘤內的浸潤。

芒果文獻107，如何用9例臨床樣本發(fā)頂刊？2023年12月，Cell期刊發(fā)表題為Human inherited CCR2 deficiency underlies progressive polycystic lung disease的論文，描述了單核細胞趨化因子受體CCR2完全缺乏引起人類肺部疾病的表型，并闡明其中的機制和臨床價值。這篇只有 9 例樣本的遺傳病研究，可以說是問題來自臨床，解決來自科研，應用回歸臨床的典范。這項研究最難的點在于，作者是如何想到把 9 例肺泡蛋白沉積癥、進行性多囊肺病和復發(fā)性感染患者的樣本進行全外顯子測序的。

芒果文獻108，張澤民團隊經典論文（單細胞+干濕結合）！2022年12月，Nature雜志發(fā)表題目為Liver tumour immune microenvironment subtypes and neutrophil heterogeneity的研究論文。文章運用單細胞測序技術描繪了原發(fā)肝癌的免疫微環(huán)境景觀并進行分型，重點關注其中的腫瘤相關中性粒細胞（TAN）。

芒果文獻109，建模型，選表型，定基因，頂刊是這么玩的！2023年12月，Cell雜志發(fā)表題為Prolonged sleep deprivation induces a cytokine-storm-like syndrome in mammals的研究論文。研究發(fā)現，睡眠不足可能會導致嚴重的病理生理后果，甚至誘發(fā)死亡！在長達4天熬夜之后，生物體表現出嚴重的炎癥反應，約有80%死亡。表型、基因之間的關系，通過模型驗證！

芒果文獻110篇，生信推動實驗，實驗引導生信，干濕結合文章！2021年8月，Cell雜志發(fā)表題為CXCR6 positions cytotoxic T cells to receive critical survival signals in the tumor microenvironment的研究論文，通過單細胞測序＋濕實驗驗證，深入闡釋CXCR6 T 細胞在抗腫瘤免疫中的關鍵作用。這篇文章就妙在，單細胞推動實驗，實驗又引導生信，兩者相互成就，是非常好的干濕結合文章。機制部分并不好做，但作者通過生信分析+數據挖掘，確定DC3與CXCR6 T 細胞的互作及其機制。值得借鑒！

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