隆武二年十二月（1647年1月），鄭成功在烈?guī)Z（小金門），以“忠孝伯招討大將軍罪臣國姓”之名誓師反清。 隆武三年（1647年）七月，鄭成功會同鄭彩部隊攻打海澄，失敗。八月，成功又與鄭鴻逵部合圍泉州城，清軍漳州副將王進(jìn)率援軍至，鄭軍不敵敗退。 隆武四年（1648年），南明浙江巡撫盧若騰等人來歸，鄭成功蓄積實力后再次出擊，攻克同安縣。同安，現(xiàn)在歸廈門管，是廈門市同安區(qū)。

清廷為徹底鎮(zhèn)壓閩南反清勢力，派遣靖南將軍陳泰、浙閩總督陳錦、福建提督趙國祚等率軍進(jìn)攻同安。福建同安成為南明勢力（尤其是鄭成功軍隊）與清軍反復(fù)爭奪的戰(zhàn)略要地。由于雙方拉鋸戰(zhàn)頻繁，同安縣城曾有“三日歸明、三日歸清”的民諺。

南明知縣葉翼云聯(lián)合守將邱縉、林壯猷等率軍民頑強(qiáng)抵抗。清軍傷亡慘重，傳說一名貝勒（高級將領(lǐng)）被鄭成功軍隊炮火擊斃，其夫人（福晉）悲憤之下調(diào)集圍攻漳州的清軍增援，揚言破城后“雞犬不留”。

此時，鄭成功的軍隊主力在圍攻泉州，清軍援軍抵達(dá)泉州附近后，鄭軍主力也撤退回到海上。鄭成功救援同安的艦隊因風(fēng)向不利受阻，同安縣城徹底失去援兵。八月二十六日，同安城因寡不敵眾被攻破，葉翼云等官員全部殉國。清軍下令屠城七日，前三天即殺害軍民四萬余人，血染溪流，尸骸塞道，婦孺老幼無一幸免，守城將士悉數(shù)殺身成仁。屠城第四日，一隊清兵在“剎口廟”附近發(fā)現(xiàn)嬰兒啼哭爬向母親尸體，士兵惻隱之心觸動，清帥被迫下令封刀。后人建“剎口廟”來紀(jì)念此事。

同安屠殺與“嘉定三屠”“揚州十日”等事件齊名，成為清初鎮(zhèn)壓漢人反抗的典型案例。每年農(nóng)歷八月廿六日，同安百姓祭祀“陷城祖”，悼念遇難祖先。廈門地區(qū)有一種風(fēng)俗，就是“正月初三不拜年”?！俺跻辉纾醵?，初三睡到飽”，正月初三既不出去拜年又忌諱他人來拜訪。這一習(xí)俗源自明朝嘉靖四十年(1561年)正月的倭寇破城，這年的除夕倭寇來攻打同安縣城，縣令譚維鼎因率兵協(xié)防泉州府城，城內(nèi)軍民自發(fā)組織保衛(wèi)戰(zhàn)斗，防衛(wèi)力量不足，到正月初二被倭寇攻破，倭寇劫掠燒殺，百姓受害深重，初三日百姓重拾被毀的家園，收斂被殺害的親人。以后百姓到初三日為親人作祭，年復(fù)一年逐漸形成習(xí)俗。

這一習(xí)俗又受清軍入同安時的屠城影響更加升華。這次屠城同安城內(nèi)十室九空，這種慘絕人寰的屠殺給同安百姓以莫大的震撼。這一慘絕人寰的史實又因為清政府的迫害和壓制，人們不敢聲言，將先前正月初三的祭亡日更加拓展，升華為廈門地區(qū)春節(jié)的特殊習(xí)俗。

在廈門的朋友可以詢問一下身邊的人，這個風(fēng)俗的起源就是清代同安慘案的慘痛回憶。因為被殺了三天，第四天才封刀，所以初三日還在殺，不能拜年賀喜，是悲慘日。

清軍只有梵天寺的出家人沒殺。后來這些被殺的人是由梵天寺的僧人出面安葬的。梵天寺住持無疑和尚收尸合葬于寺東北一里之地，建亭“無祠亭”。這些被安葬的人不是埋在梵天寺。是埋在現(xiàn)在的老城區(qū)的城西。以前的城西有個名字叫“后壁墓”就是出了名的亂葬崗。八十年代在城區(qū)改造時挖出了大量的骨骸其中很多就是那次屠殺的遇難者。

清政府為掩蓋暴行，將埋葬死者的“萬人坑”偽稱“萬善同歸所”。不同記載存在差異，主流說法為四萬余人，亦有記載稱五萬。屠殺指揮者，除陳錦外，福建提督趙國祚等也參與指揮。

《同安縣志》記載，“順治五年三月，鄭成功據(jù)同安，于輪山筑寨守衛(wèi)。七月，清將佟國器、陳錦、李率泰率兵圍攻同安，八月二十六日城陷，明縣令葉翼云、教諭陳鼎、守將邱縉、林壯猷死難，清軍屠城四日，兵民死難五萬余。僧無疑率徒集尸萬余具焚葬于輪山左，后立碑日'同歸所’”