關(guān)于上海戰(zhàn)役指揮問題，有人認為陳毅參加了具體指揮。主要依據(jù)是：此時陳毅已被任命為第三野戰(zhàn)軍司令員兼政委，粟裕不再任代司令員兼政委，而是第三野戰(zhàn)軍第一副司令員兼第二副政委，加之有些戰(zhàn)役命令陳毅也署名，并在戰(zhàn)役期間作出了一些重要指示。故而認為陳毅是事實上的指揮。帥克認為，這種說法是值得商榷的。

首先，對一場戰(zhàn)役的指揮，通常包括戰(zhàn)前的戰(zhàn)役籌劃、戰(zhàn)時的實時指揮控制等。而根據(jù)中央軍委和總前委的指示，上海戰(zhàn)役主要由三野前指負責組織籌劃和指揮（粟裕一直任三野前委書記）。當時，陳毅和鄧小平、饒漱石等則一直坐陣于丹陽，以總前委的名義實施戰(zhàn)略層面上的統(tǒng)籌指揮。

粟裕和參謀長張震是于1949年5月7日將圍攻上海的作戰(zhàn)部署呈報給中央軍委和總前委的。中央軍委于8日復電同意。同日，粟裕即率三野指揮機關(guān)進駐蘇州。10日，發(fā)出《第三野戰(zhàn)軍淞滬戰(zhàn)役作戰(zhàn)命令》。12日，上海戰(zhàn)役正式打響。

針對上海戰(zhàn)役外圍戰(zhàn)斗打得激烈殘酷，傷亡較大的實際，粟裕和張震于16日給部隊發(fā)了一道關(guān)于攻擊永久設(shè)防陣地的戰(zhàn)術(shù)指示，指出敵守備特點及我應(yīng)采取的對策，各攻擊部隊據(jù)此調(diào)整部署改變打法，加快了攻堅步伐。

5月21日，以三野司令員兼政委陳毅、副司令員兼第二副政委粟裕、第一副政委譚震林、參謀長張震的名義，下達了對上海的總攻擊令。此時陳毅和譚震林兩人分別在丹陽和杭州。實際上是由粟裕、張震起草下達的命令。中央軍委于22日復電同意粟裕的攻擊命令。

在戰(zhàn)役期間，陳毅和饒漱石等一直在丹陽，主要是籌劃上海市接管等有關(guān)事宜。據(jù)《陳毅傳》和《陳毅年譜》記載，陳毅和饒漱石是于5月25日從丹陽乘火車先到的蘇州，26日晚抵達上海的。此時，上海戰(zhàn)役已基本結(jié)束，主要是和守將劉昌義的談判問題（此時湯恩伯已逃）。在戰(zhàn)役的后期，陳毅曾于23日給有的軍長打過電話，要求他們“注意軍政全勝，盡量減少上海人民的損失”。陳毅的這些指示，嚴格來講，只能算是戰(zhàn)場上的指示要求，算不上具體的指揮。

再看《粟裕軍事文集》，上海戰(zhàn)役期間關(guān)于對上對下的作戰(zhàn)往來電報，主要是他和張震與中央軍委及各部隊之間的往來電報，每封電報同時報總前委。據(jù)《第三野戰(zhàn)軍京滬杭戰(zhàn)役陣中日記》記載：僅5月25日一天之內(nèi)，粟裕就對9、10兩兵團的作戰(zhàn)發(fā)出3次具體指示。

綜上，上海戰(zhàn)役的具體組織指揮是清楚明確的，那就是在中央軍委和總前委的統(tǒng)一領(lǐng)導下，由三野前委書記、副司令員粟裕和參謀長張震具體負責指揮的。

上海戰(zhàn)役結(jié)束的第二天，即28日下午2時，陳毅以上海市首任市長的身份，率領(lǐng)軍管會所屬軍事、政治、財經(jīng)、文教等各接管委員會的主要干部，走向了市府大廈，正式接管市政府。上海從此開啟了新的一頁。