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CAR-T設(shè)計(jì)的核心是蛋白工程

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近日,吉利德宣布,擬以78億美元(溢價約80%)的價格收購細(xì)胞療法公司Arcellx。此前,吉利德旗下Kite Pharma與Arcellx合作,共同開發(fā)并銷售一種用于多發(fā)性骨髓瘤(MM)的實(shí)驗(yàn)性CAR-T療法(Anito-cel)。

Anito-cel已完成關(guān)鍵性2期注冊臨床研究(iMMagine-1),并獲得FDA受理上市申請,PDUFA目標(biāo)日期(審批決議截止日)為 2026年12月23日。

根據(jù)已披露的臨床數(shù)據(jù),Anito-cel展現(xiàn)出了優(yōu)于明星產(chǎn)品Carvykti的潛力(表1),這也是促使吉利德高價收購Arcellx的重要原因。


表1. Anito-cel與Carvykti臨床數(shù)據(jù)對比

如果比較Anito-cel與Carvykti的CAR設(shè)計(jì)可以發(fā)現(xiàn)兩者最大的不同是胞外的抗原結(jié)合部分:Carvykti選擇了兩個VHH串聯(lián),而Anito-cel則用了一個D-Domain蛋白(圖1)。


圖1. 不同BCMA CAR-T結(jié)構(gòu)比較

抗原結(jié)合部分的不同,很可能是導(dǎo)致兩款CAR-T在臨床上不同表現(xiàn)的根本原因。通過比較Anito-cel與Carvykti抗原結(jié)合部分的分子設(shè)計(jì),凸顯了蛋白工程在CAR-T設(shè)計(jì)中的核心地位。

1、Tonic Signaling

在CAR-T細(xì)胞療法中,抗原非依賴性信號(Tonic Signaling)被稱為T細(xì)胞的“慢性疲勞綜合征”。它是指CAR-T細(xì)胞在沒有接觸到腫瘤抗原的情況下,自發(fā)產(chǎn)生的持續(xù)性激活信號。這種現(xiàn)象是導(dǎo)致CAR-T療法失效(尤其是持久性差)的核心原因之一。

Tonic Signaling的根源在于CAR分子胞外結(jié)合域(通常是scFv)的結(jié)構(gòu)不穩(wěn)定,易自發(fā)聚集(Self-aggregation)。傳統(tǒng)的scFv由重鏈(VH)和輕鏈(VL)通過一段Linker連接(圖2A)。由于其疏水表面暴露或折疊不穩(wěn)定,scFv分子之間傾向于像磁鐵一樣互相吸引并聚集在一起。


圖2. (A) scFv;(B) VHH;(C) D-Domain結(jié)構(gòu)示意圖

當(dāng)胞外的結(jié)合域發(fā)生聚集,胞內(nèi)的信號域(如CD3和4-1BB/CD28)也會隨之靠攏并發(fā)生磷酸化。這欺騙了T細(xì)胞,讓它以為自己正在攻擊腫瘤。

這種持續(xù)的低水平背景信號對T細(xì)胞具有毀滅性影響:(1)引起早期耗竭(Exhaustion): T細(xì)胞長期處于“待機(jī)即工作”的狀態(tài),導(dǎo)致表型從記憶性向終末分化型轉(zhuǎn)變,高表達(dá)PD-1、LAG-3等抑制性受體;(2)擴(kuò)增能力受限:當(dāng)真正的腫瘤抗原出現(xiàn)時,這些已經(jīng)“疲憊不堪”的T細(xì)胞無法進(jìn)行強(qiáng)有力的克隆擴(kuò)增;(3)分化失衡:細(xì)胞過早失去干性(Stemness),導(dǎo)致其在體內(nèi)的存續(xù)時間(Persistence)大幅縮短。

在BCMA CAR-T的三劍客中,BMS的Abecma被公認(rèn)為擁有最高水平的Tonic Signaling,這也是其在臨床數(shù)據(jù)(尤其是PFS)上顯著落后于Carvykti和Anito-cel的結(jié)構(gòu)性根源。而Abecma使用的正是最傳統(tǒng)的scFv(源自鼠源抗體序列)。

Carvykti在CAR設(shè)計(jì)上串聯(lián)了兩個VHH(VHH1和VHH2)。雖然這極大提升了親和力,但在細(xì)胞膜表面的高密度表達(dá)下,VHH的β片層結(jié)構(gòu)(圖2B)以及這種長鏈串聯(lián)結(jié)構(gòu)比單價結(jié)構(gòu)有更高的概率發(fā)生物理碰撞或微簇化(Micro-clustering),使T細(xì)胞提前進(jìn)入耗竭狀態(tài)。

研究顯示,雖然Carvykti的Tonic Signaling極低,不足以讓T細(xì)胞迅速進(jìn)入耗竭狀態(tài)(這也是其PFS極長的原因),但在基底狀態(tài)下仍存在微弱的磷酸化信號。

Anito-cel的D-Domain是單鏈三α-螺旋(α3D)結(jié)構(gòu)(圖2C),由美國賓夕法尼亞大學(xué)的 William F. DeGrado教授團(tuán)隊(duì)于1999年計(jì)算并設(shè)計(jì)。α3D沒有scFv那種復(fù)雜的VH/VL界面和容易誘發(fā)聚集的Linker。在In Silico(計(jì)算機(jī)模擬)優(yōu)化過程中,Arcellx調(diào)整了D-Domain表面的電荷分布,使分子間產(chǎn)生靜電排斥而非吸引。臨床前對比顯示,表達(dá)D-Domain的CAR-T細(xì)胞在靜息狀態(tài)下的磷酸化水平極低,保持了極高的“初始/記憶”表型比例。

Tonic Signaling不僅影響療效,還與毒性相關(guān)。持續(xù)的信號可能導(dǎo)致基底水平的細(xì)胞因子(如IFN-γ)釋放,增加患者發(fā)生非特異性炎癥風(fēng)險。細(xì)胞在非腫瘤部位(如腦部)的慢性低水平激活,被認(rèn)為是Carvykti產(chǎn)生延遲神經(jīng)毒性(DNT)的誘因之一。

2、Koff

傳統(tǒng)的CAR-T往往追求極高的親和力,尤其是Carvykti的雙VHH(雙Epitope)設(shè)計(jì)以及產(chǎn)生的Avidity效果(Koff在10-4S-1數(shù)量級),一旦抓住腫瘤細(xì)胞就像“強(qiáng)力膠”一樣死死粘住,導(dǎo)致CAR-T的解離極其困難。

牢固的結(jié)合確保了T細(xì)胞能持續(xù)接收激活信號,從而誘導(dǎo)極深的臨床緩解(sCR達(dá)80%以上)。 但由于解離極慢,T細(xì)胞容易在表達(dá)極低水平 BCMA的非腫瘤組織(如大腦基底節(jié))中發(fā)生非特異性累積,這被認(rèn)為是造成Carvykti約10%延遲性神經(jīng)毒性的核心機(jī)制。

而Anito-cel的D-Domain被設(shè)計(jì)為“快進(jìn)快出”(Koff在10-2S-1數(shù)量級),它能迅速識別并結(jié)合BCMA觸發(fā)殺傷信號,但在完成任務(wù)后會快速解離。

因此,單個CAR-T細(xì)胞可以像“連環(huán)殺手”一樣,在極短時間內(nèi)連續(xù)攻擊多個腫瘤細(xì)胞,而不是被困在第一個目標(biāo)的殘骸上。這就是為什么它即使在劑量較低時,也能達(dá)到90%以上的總緩解率 (ORR)。

傳統(tǒng)CAR-T的長時間的強(qiáng)力結(jié)合會導(dǎo)致T細(xì)胞持續(xù)釋放超生理水平的細(xì)胞因子(如IL-6),形成失控的正反饋。Anito-cel的快解離特性限制了單次結(jié)合誘發(fā)的細(xì)胞因子釋放強(qiáng)度。這種“點(diǎn)到為止”的激活方式足以殺死腫瘤,但不足以引發(fā)嚴(yán)重的CRS(表2)。


表2. Anito-cel與Carvykti的機(jī)制對比

此外,血液中存在大量的游離BCMA,快解離的D-Domain不會被這些“游離靶點(diǎn)”永久鎖定,從而保持了在骨髓病灶中的滲透能力。

MM髓外疾病患者(EMD)通常預(yù)后極差,對常規(guī)CAR-T響應(yīng)較低。在Anito-cel iMMagine-1的EMD亞組中,24個月PFS率仍達(dá)57.5%。而Carvykti在EMD患者中的PFS僅8.1個月(CARTITUDE-1)。

3、免疫原性

在CAR-T療法中,免疫原性(Immunogenicity)是決定藥物“長效”的隱形防線。如果說療效決定了CAR-T能跑多快,那么免疫原性就決定了它能跑多遠(yuǎn)。

如果CAR分子(如鼠源scFv)被識別為異物,患者體內(nèi)會產(chǎn)生抗藥物抗體 (ADA) 。這些抗體像“導(dǎo)彈攔截系統(tǒng)”一樣,在CAR-T細(xì)胞還沒開始大規(guī)模殺傷腫瘤前就將其從循環(huán)中清除。

除了體液免疫(抗體),宿主的T細(xì)胞(CTL)也會攻擊表達(dá)異源蛋白的 CAR-T細(xì)胞。這種內(nèi)耗會導(dǎo)致CAR-T細(xì)胞無法達(dá)到預(yù)期的峰值濃度 (Cmax),直接削弱了對高腫瘤負(fù)荷患者的殺傷力。

Carvykti的VHH雖然經(jīng)過高度人源化,但其復(fù)雜的雙VHH結(jié)構(gòu)和Linker仍可能被免疫系統(tǒng)識別。在CARTITUDE-1研究中,約19%的患者出現(xiàn)了ADA。

D-Domain基于α3D合成蛋白,根據(jù)Arcellx披露的專利數(shù)據(jù),α3D本身在計(jì)算生物學(xué)評分中具有極低的固有免疫原性分?jǐn)?shù)。

Arcellx通過掃描整個D-Domain氨基酸序列,尋找可能與人類主要的HLA II類分子(MHC-II)高親和力結(jié)合的片段(即T細(xì)胞表位)。這種預(yù)測覆蓋了全球95%以上人口的各種等位基因,確保其在不同族裔中都具有極低的排異風(fēng)險。

Arcellx然后在D-Domain噬菌體展示庫的構(gòu)建階段,直接在DNA水平上通過定向誘變(Targeted Mutagenesis)替換掉那些高風(fēng)險的氨基酸(De-immunization)。 同時使用計(jì)算模型驗(yàn)證這些替換是否會破壞三螺旋結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性或降低對BCMA的親和力。如果一個變體的免疫原性分?jǐn)?shù)過高,它將在進(jìn)入臨床前被直接剔除。

最后通過第三方驗(yàn)證(如Abzena的EpiScreen平臺),通過將去免疫原化后的D-Domain與來自不同健康捐贈者的T細(xì)胞共同培養(yǎng),觀察其實(shí)際引發(fā)的T細(xì)胞增殖反應(yīng)。數(shù)據(jù)證明,D-Domain的免疫原性甚至可以低至重組人源化抗體(如Herceptin)水平。

Anito-cel的設(shè)計(jì)確保了其序列片段與人類MHC-II分子的親和力極低,從而切斷了被免疫系統(tǒng)“標(biāo)記”的路徑。臨床數(shù)據(jù)顯示,Anito-cel在回輸12-24個月后仍表現(xiàn)出極強(qiáng)的細(xì)胞活性。

根據(jù)iMMagine-1研究數(shù)據(jù),Anito-cel擴(kuò)增曲線表現(xiàn)出更好的穩(wěn)健性。由于“快解離”和“低免疫原性”的雙重作用,其細(xì)胞在體內(nèi)的表型更偏向于記憶性T細(xì)胞 (Memory T cells),這類細(xì)胞不僅擴(kuò)增能力強(qiáng),且在體內(nèi)存活時間更久。

而Carvykti則表現(xiàn)為“爆發(fā)式”擴(kuò)增,峰值極高,但由于其高親和力導(dǎo)致的持續(xù)刺激,部分細(xì)胞會較快進(jìn)入耗竭階段。

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